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様々な環境要因によってDNAは損傷を受けており、複数の機構によってDNA損傷は修復されている。転写領域において、RNAポリメラーゼがDNA損傷と遭遇することが修復開始のシグナルになることがあるが、その詳細なメカニズムについては不明な点が多い。ここで、細胞内におけるDNA損傷とRNAポリメラーゼが遭遇しているゲノム上における部位特異的な現象を正確に評価する実験系が存在しないことが研究上の大きな課題となっている。本研究計画では、RNAポリメラーゼによる損傷認識機構を解明すべくDNA損傷に衝突したRNAポリメラーゼを評価する新しい実験系を開発し、DNA損傷認識機構の破綻に伴って生じるDNA修復以上疾患群の病態解明を目指す。
これまでに、光架橋オリゴを用いることでゲノム上における任意のDNA損傷を時間的・空間的に導入する新規技術を開発することに成功した。この技術で導入したDNA損傷部位と衝突したRNAポリメラーゼによって合成されているRNAを、RNA免疫沈降法にて検出することができた。このことは、ゲノム上におけるDNA損傷に衝突したRNAポリメラーゼの位置を同定することを意味する。
新規技術では紫外線を用いて任意の場所にDNA損傷を導入しているが、紫外線そのものがDNA損傷を発生させるため、可視光によるDNA損傷導入の開発を試みた。しかしながら可視光による特異的なDNA損傷導入技術の開発は成功に至らなかった。
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