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2021 年度 実績報告書

piRNA機構の動作原理の統合的理解

研究課題

研究課題/領域番号 19H05466
研究機関東京大学

研究代表者

塩見 美喜子  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (20322745)

研究期間 (年度) 2019-04-23 – 2024-03-31
キーワードpiRNA / トランスポゾン / PIWI / サイレンシング / 生殖
研究実績の概要

[RP-1]piRNA生合成因子Shu、Gasz/Daed複合体、Minoの解析を進めた。Shuは、piRNAに結合する前のPiwiに結合し、Yb bodyというpiRISC前駆体を形成する場に運び、そこに待機するSoYB/Vret複合体に引き渡す役割を担うことが明らかになった。DaedはGaszの安定性を高める因子であること、DaedのSAM ドメインの機能を明らかにした。Minoのミトコンドリアへの局在に必要なドメインを同定した。生殖系体細胞のpiRNA増幅はL(3)mbtが制御しているが、その補因子を同定しLint-Oと名づけた(Yamamoto-Matsuda et al. 2022)。[RP-2] piRNA生合成因子Papiのリン酸化がpiRNA生合成の制御に重要であること、また、そのリン酸化の責任因子がPar1であることを明らかにした(Yamada et al. 2022)。piRNA生合成因子Maelの機能解析を進めMaelはSpn-E、Qinと共に一群のnuageと呼ばれるオルガネラを形成し、piRNA生合成に寄与することを見出した(Namba et al. 2022)。piRNA生合成因子VasaのRNA結合と自己会合の両者がVasa bodyの形成に必須であることを見出した。Vasa bodyは相分離を介して形成される。また、VasaはpiRNAの前駆体となるトランスポゾン mRNAに好んで結合することが見出された。[RP-4] piRNA因子Armi とGasz/Daed複合体の立体構造解析を進めた。因子の精製条件の検討を行った。[RP-5] マウス胎児期生殖細胞のクロマチン動態に関与する因子としてMorc1を同定した。Morc1の有無によるクロマチン動態変化、RNA発現の変化を解析したところ、Miwi2との関連が見出された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

本年度は学術論文を6報発表した。1報は総説で、EMBO Reportsからの招待を受けて執筆した(Onishi et al. 2021)。令和2年度の実績報告書では、Lint-O変異体では脳腫瘍は見出されなかったと記載したが、その後の解析によりLint-O変異体も脳腫瘍を引き起こすことが判明した(Yamamoto-Matsuda et al. 2022)。L(3)mbtの欠損はLint-Oの不安定化を導くが、Lint-Oの欠損はL(3)mbtの不安定化を導かない。L(3)mbtはLint-O以外の因子、例えばLint-1とも結合し標的遺伝子の発現を制御する。Lint-O変異体ではL(3)mbtはLint-1やその他の補因子と機能しているにも関わらず脳腫瘍を形成したことから、L(3)mbtよりもLint-Oの方が脳腫瘍形成阻止の活性が強いことが示唆された。SpringerトランスポゾンのL(3)mbt遺伝子への挿入が新たなL(3)mbt isoformの発現に繋がっていること、また、Springerと宿主遺伝子間で異種間スプライシングが起こっていることを見出した。同現象が他の遺伝子でも起こっている可能性がある。新L(3)mbt isoformは従来のL(3)mbtに比べ分子量が小さいが機能は保存されており哺乳動物L(3)mbtへ高い相同性を示す。進化の過程の一端を表しているのかもしれない。Minoのミトコンドリアへの局在ドメインはalpha helixをとることが判明した。この領域はリン脂質の分解に働く因子に見られるが、Minoのドメインはその活性は失っているもののリン脂質には結合することが見出された。その性質がミトコンドリア局在に関わる可能性が考えられた。piRNA研究から思いもよらなかった方向性が派生しつつある。

今後の研究の推進方策

[RP-1] Gasz/Daed複合体の機能に関しては、DaedのSAM ドメインがArmiとの結合に寄与する可能性が見られており、その検証を行う。Daedはショウジョウバエにしか見られない。進化的な側面から、Daedのショウジョウバエ特異性の意義を明らかにする。Minoのミトコンドリア局在はリン脂質を介するものであることが示唆されたため、その検証実験を進める。L(3)mbtに結合する因子でLint-O以外の因子を同定する。L(3)mbtはVasa遺伝子の発現を抑制するがそれを指標に新たな因子を同定する。すでにL(3)mbtのIPによって候補因子は得られているため、その解析を進める。並行してLint-O変異体の解析をさらに展開する。[RP-2]現在、piRNA生合成因子Qinに関する研究を進めている。BmN4細胞が発現する大半のpiRNAはSpn-E依存的に生成されるが、一部のpiRNAの生成はQin特異的に起こる。この2つの生合成機構の違いを分子レベルで明らかにすると共に、Qin依存的に起こるpiRNA生合成の生理学的意義を理解する。Vasaは核と細胞質を行き来することが見出された。その生理学的意義を理解するための解析を進める。また、VasaのNLS及びNESを同定する。Rhiは生殖細胞のpiRNAクラスタを決定する因子であると報告されているが、その仕組みは不明であるため、それを解決する。[RP-4] piRNA因子Armi とGasz/Daed複合体の立体構造解析を進める。[RP-5]Morc1は4種類のドメインを持つが、各々のドメインの役割分担は不明であるため、その解析を進める。また、Morc1とMiwi2との相互作用実験を行う。

  • 研究成果

    (35件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (29件) (うち国際学会 3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] <scp>Lint‐O</scp> cooperates with L(3)mbt in target gene suppression to maintain homeostasis in fly ovary and brain2022

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto‐Matsuda Hitomi、Miyoshi Keita、Moritoh Mai、Yoshitane Hikari、Fukada Yoshitaka、Saito Kuniaki、Yamanaka Soichiro、Siomi Mikiko C
    • 雑誌名

      EMBO reports

      巻: 23 ページ: e53813

    • DOI

      10.15252/embr.202153813

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis2022

    • 著者名/発表者名
      Yamada Hiromi、Nishida Kazumichi M.、Iwasaki Yuka W.、Isota Yosuke、Negishi Lumi、Siomi Mikiko C.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 1518

    • DOI

      10.1038/s41467-022-29193-9

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Maelstrom functions in the production of Siwi-piRISC capable of regulating transposons in Bombyx germ cells2022

    • 著者名/発表者名
      Namba Yurika、Iwasaki Yuka W.、Nishida Kazumichi M.、Nishihara Hidenori、Sumiyoshi Tetsutaro、Siomi Mikiko C.
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 25 ページ: 103914~103914

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.103914

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] T-hairpin structure found in the RNA element involved in piRNA biogenesis2022

    • 著者名/発表者名
      Takase Naomi、Otsu Maina、Hirakata Shigeki、Ishizu Hirotsugu、Siomi Mikiko C.、Kawai Gota
    • 雑誌名

      RNA

      巻: 28 ページ: 541~550

    • DOI

      10.1261/rna.078967.121

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] piRNA‐ and siRNA‐mediated transcriptional repression in <i>Drosophila</i> , mice, and yeast: new insights and biodiversity2021

    • 著者名/発表者名
      Onishi Ryo、Yamanaka Soichiro、Siomi Mikiko C
    • 雑誌名

      EMBO reports

      巻: 22 ページ: e53062

    • DOI

      10.15252/embr.202153062

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ショウジョウバエ卵巣体細胞におけるpiRNA生合成の場Yb bodyへのPiwi局在化のメカニズムとその制御2022

    • 著者名/発表者名
      平形樹生、藤田あおい、巴裕美子、塩見美喜子
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] piRNA生合成機構におけるQinの分子機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      難波祐里香、西田知訓、小野幸輝、岩崎由香、鍛治屋麻子、浅井潔、塩見美喜子
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 脳腫瘍抑制因子L(3)mbtによるpiRNA増幅システムの制御機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      山田紘実、黒田李花子、塩見美喜子
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] ミトコンドリア上足場タンパク質Gasz/Daedヘテロ複合体のpiRISC成熟化への寄与の解析2022

    • 著者名/発表者名
      古賀結花、根岸茉由、藤澤達也、平形樹生、塩見美喜子
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] トランスポゾン抑制因子Morc1の相分離を介した顆粒形成メカニズムの解析2022

    • 著者名/発表者名
      礒田洋祐、山﨑啓也、中山弦、山中総一郎、塩見美喜子
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] DNA結合タンパク質Morc1はマウスゴノサイトにおいてレトロトランスポゾンにH3K9me3を導入する2022

    • 著者名/発表者名
      采女優太、中山弦、前田隆、塩見美喜子、山中総一郎
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Mechanism and regulation of Piwi localization to Yb bodies the piRNA biogenesis center in Drosophila ovarian somatic cells2022

    • 著者名/発表者名
      Shigeki Hirakata, Aoi Fujita, Yumiok Tomoe, Mikiko C. Siomi
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Characterization of the germline-specific DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of germ granules2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroya Yamazaki, Yurika NAMBA, Kazumichi M. Nishida, Ryo Murakami, Shogo Kuriyama, Asako Kajiya, Mikiko C. Siomi
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Maelstrom functions in the production of Siwi-piRISC capable of regulating transposons in Bombyx germ cells2022

    • 著者名/発表者名
      Yurika NAMBA, Yuka W. Iwasaki, Kazumichi M. Nishida, Hidenori Nishihara, Tetsutaro Sumiyoshi, Mikiko C. Siomi
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Analysis of the mechanism underlying Piwi-piRISC production via phasing in Drosophila ovarian somatic cells2022

    • 著者名/発表者名
      Yuica Koga, Mayu Negishi, Shigeki Hirakata, Mikiko C. Siomi
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis2022

    • 著者名/発表者名
      Hiromi Yamada, Kazumichi M. Nishida, Yuka W. Iwasaki, Yosuke Isota, Lumi Negishi, Mikiko C. Siomi
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Lint-O cooperates with L(3)mbt in gene regulation to maintain homeostasis in Drosophila ovary and brain2022

    • 著者名/発表者名
      Keita Miyoshi, Hitomi Yamamoto-Matsuda, Mai Moritoh, Hikari Yoshitane, Yoshitaka Fukuda, Kuniaki Saito, Soichiro Yamanaka, Mikiko C. Siomi
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
  • [学会発表] ヘテロ複合体足場タンパク質によるpiRNA前駆体ミトコンドリア繋留機構の解析2022

    • 著者名/発表者名
      古賀 結花
    • 学会等名
      第21回東京大学生命科学シンポジウム
  • [学会発表] piRNA biogenesis and its regulation in Drosophila2021

    • 著者名/発表者名
      Mikiko C. Siomi
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] ショウジョウバエ卵巣体細胞におけるPiwiタンパク質のYb body局在機構の解析2021

    • 著者名/発表者名
      平形樹生、巴裕美子、塩見美喜子
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] SiwiはPar-1キナーゼと協調して、PapiによるSiwi-piRISC生合成の自己抑制効果を解消する2021

    • 著者名/発表者名
      山田紘実、西田知訓、岩崎由香、礒田洋祐、根岸瑠美、塩見美喜子
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 生殖細胞においてMaelstromは転移因子を効率的に抑制するSiwi-piRISCの生合成に寄与する2021

    • 著者名/発表者名
      難波祐里香、岩崎由香、西田知訓、住吉哲太朗、塩見美喜子
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Characterization of the DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of germ granule, which is the piRNA biogenesis center in ovarian germ cells2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroya Yamazaki, Kazumichi M. Nishida, Ryo Murakami, Shogo Kuriyama, Asako Kajiya, Mikiko C. Siomi
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] ゴノサイト一過的なクロマチン弛緩を駆動する分子機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      名取達哉、関真秀、鈴木穣、塩見美喜子、山中総一郎
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] ヘテロ二量体足場タンパク質によるpiRISC前駆体ミトコンドリア繋留機構の解析2021

    • 著者名/発表者名
      古賀結花、根岸茉由、平形樹生、塩見美喜子
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] ゴノサイトにおいてDNAメチル化関連因子Morc1タンパク質が担う核内動態2021

    • 著者名/発表者名
      中山弦、塩見美喜子、山中総一郎
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] piRNAクラスターの選択性に関わる因子群の核局在と顆粒形成2021

    • 著者名/発表者名
      久保田博和、平形樹生、齋藤絡、塩見美喜子
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] piRNA生合成機構におけるQinの分子機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      西田知訓、難波祐里香、岩崎由香、鍛治屋麻子、塩見春彦、塩見美喜子
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 脳腫瘍抑制因子L(3)mbtによるpiRNA因子群の転写制御機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      山本瞳、山中総一郎、盛藤舞、吉種光、深田吉孝、塩見美喜子
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] ショウジョウバエLint-Oは体細胞において生殖細胞特異的遺伝子群の発現を抑制する2021

    • 著者名/発表者名
      三好啓太、山中総一郎、塩見美喜子、齋藤都暁
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis2021

    • 著者名/発表者名
      Hiromi Yamada
    • 学会等名
      EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of the DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of germ granules2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroya Yamazaki
    • 学会等名
      EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
    • 国際学会
  • [学会発表] Maelstrom ensures production of Siwi-piRISC capable of regulating transposon expression in germ cells2021

    • 著者名/発表者名
      Yurika Namba
    • 学会等名
      EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of the DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of nuage, which is the piRNA biogenesis center in ovarian germ cells2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroya Yamazaki
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [備考] 東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 塩見研究室

    • URL

      http://www-siomilab.biochem.s.u-tokyo.ac.jp/index.html

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公開日: 2023-12-25  

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