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2020 年度 実績報告書

革新的化学遺伝学による内在性代謝物の新機能の解明と応用

研究課題

研究課題/領域番号 19H05640
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

吉田 稔  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 副センター長 (80191617)

研究分担者 西村 慎一  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 講師 (30415260)
伊藤 昭博  東京薬科大学, 生命科学部, 教授 (40391859)
研究期間 (年度) 2019-06-26 – 2024-03-31
キーワード内在性代謝物 / 化学遺伝学 / 創薬標的分子 / 翻訳後修飾 / 代謝フェロモン
研究実績の概要

本研究では (1)エネルギー代謝、(2)低酸素応答、(3)アミノ酸代謝、(4)脂質代謝のそれぞれについて代謝物の新機能発見に迫る。なお、研究の進展に伴い、(5)タンパク質アシル化、(6)RNA代謝の化学遺伝学を加えてより広範に研究を推進した。
(1) エネルギー代謝の化学遺伝学: SIRT2の脱長鎖アシル化反応の生成物が脱アセチル化反応の内在性阻害因子であることを示すため、安定なアシルヒドラジド誘導体を合成し、阻害剤として働くことを示した。また、ミトコンドリアを活性化する化合物TLAMはホスホフルクトキナーゼPFK1を阻害してNADPHを増加させることによりROSを効率よく消去することがわかった。(2) 低酸素応答の化学遺伝学:低酸素応答を誘導するN-アシルドーパミンがオンコメタボライトである可能性を調べるため、がん細胞における生合成経路の解明を試み、ドーパミンアシル化酵素候補を同定した。(3) アミノ酸代謝の化学遺伝学:分裂酵母の窒素カタボライト抑制(NCR)を制御するフェロモン様因子NSFの受容・応答機構を解析するため、leu1変異と非必須遺伝子破壊を組み合わせた2重変異株ライブラリーを作製し、100余りの候補遺伝子を取得した。また、メチオニンがNCRを誘導することがわかった。(4) 脂質代謝の化学遺伝学:奇数鎖脂肪酸に対する感受性を規定する遺伝子を分裂酵母のケミカルゲノミクス法によって同定した。(5) タンパク質アシル化の化学遺伝学: Hippo経路の転写因子TEADのリジン残基の長鎖アシル化の内在性阻害剤の探索を実施し、ヒット化合物を得た。(6) RNA代謝の化学遺伝学:スプライシング調節薬SSAによる長鎖非コードRNAのMALAT1および一部のmRNAの小分子化を見出した。これはRNA代謝が変調して途中で切断され、ポリAが付加されたものであることが明らかになった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究は、化学遺伝的アプローチにより、代謝物の新機能と翻訳後修飾をはじめとする代謝制御機構の解明を目指している。2020年度は、これまでに確立した内在性代謝物ライブラリーを用いて、エネルギー代謝、低酸素応答、アミノ酸代謝、脂質代謝に加えてタンパク質アシル化とRNA代謝にも幅を広げて新しい代謝調節分子や内在性代謝物による代謝制御の解析を実施した。その結果、SIRT2脱長鎖アシル化反応生成物であるO-アシル-ADPリボースが内在性のSIRT2脱アセチル化阻害剤になっていることを証明するため、その安定な類縁体アシルヒドラジド誘導体を合成し、阻害剤となることを明らかにした。また、内在性代謝物ライブラリーを用いたスクリーニングからSIRT2や低酸素応答を誘導する新たな阻害物質、転写因子TEADの長鎖アシル化の阻害物質候補が得られており、それらの作用機序解析を開始した。さらにミトコンドリアを活性化する化合物によるエネルギー代謝変化、窒素カタボライト抑制を制御するフェロモン様因子、奇数鎖脂肪酸による分裂酵母生育抑制、スプライシング阻害によるポリA付加といったRNA代謝異常など、多くの興味深い現象のメカニズムについても解析が進んでいる。このように、当初の計画通り、おおむね順調に進展している。

今後の研究の推進方策

(1) エネルギー代謝の化学遺伝学:SIRT2は脱長鎖アシル化酵素活性を有し、一旦脱長鎖アシル化反応を行った酵素は、脱アセチル化酵素活性を失う。これは、反応生成物O-アシル-ADPリボースが脱アセチル化を阻害する一方、長鎖アシル化基質はそれを酵素から追い出すためであったが、その詳細なメカニズムは不明である。そこで基質、産物の酵素への親和性を定量するとともに、量子計算やシミュレーション等を用いてそのメカニズムを推論する。(2) 低酸素応答の化学遺伝学:N-アシルドーパミン産生がん細胞におけるN-アシルドーパミン生合成酵素を同定する。さらに、それを過剰発現あるいはノックダウンしたがん細胞の腫瘍形成能を検討し、N-アシルドーパミンがオンメタボライトであることを明らかにする。翻訳因子eIF5Aのハイプシン化が酸素濃度によって制御されることを検証する。さらに、その翻訳への影響をリボソームプロファイリングを用いて解明する。(3) アミノ酸代謝の化学遺伝学:窒素カタボライト抑制(NCR)を解除するNSFの応答機構を解析するとともに、新規フェロモン候補について単離精製を進める。さらに、NCRを誘導する内在性代謝産物としてメチオニンを見出したので、その機序についても解析する。(4) 脂質代謝の化学遺伝学:奇数鎖長脂肪酸は特異的に分裂酵母の細胞分裂異常を誘導することがわかった。そこで、細胞分裂に関わる因子を網羅的に探索するとともに脂質メタボローム解析を開始する。(5) タンパク質アシル化の化学遺伝学: NanoBiT法を用いて同定した転写因子TEADのリジン長鎖アシル化の内在性阻害剤候補について、実際に細胞内でアシル化を阻害しうるかどうかを検証する。(6) RNA代謝の化学遺伝学:スプライシング調節薬SSAによるRNA代謝全体への影響とイントロン翻訳物の生物学的意義について解析を進める。

  • 研究成果

    (46件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 5件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (27件) (うち国際学会 1件、 招待講演 7件)

  • [国際共同研究] University of Toronto(カナダ)

    • 国名
      カナダ
    • 外国機関名
      University of Toronto
  • [国際共同研究] University of Freiburg(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      University of Freiburg
  • [国際共同研究] Zhejiang University(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      Zhejiang University
  • [雑誌論文] Spliceostatin A interaction with SF3B1 limits U1 snRNP availability and causes premature cleavage and polyadenylation.2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshimoto, R., Chhipi-Shrestha, J.K., Schneider-Poetsch, T., Furuno, M., Burroughs, A.M., Noma, S., Suzuki, H., Hayashizaki, Y., Mayeda, A., Nakagawa, S., Kaida, D., Iwasaki, S., Yoshida, M.
    • 雑誌名

      Cell Chem. Biol.

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.03.002

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Mechanism-based inhibitors of SIRT2: structure-activity relationship, X-ray structures, target engagement, regulation of α-tubulin acetylation and inhibition of breast cancer cell migration.2021

    • 著者名/発表者名
      Nielsen, A. L., Rajabi, N., Kudo, N., Lundo, K., Moreno-Yruela, C., Baek, M., Fontenas, M., Lucidi, A., Madsen, A. S., Yoshida, M., Olsen, C. A.
    • 雑誌名

      RSC Chem. Biol.

      巻: 2(2) ページ: 612-626

    • DOI

      10.1039/D0CB00036A

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Chemical reversal of abnormalities in cells carrying mitochondrial DNA mutations.2021

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, H., Hatakeyama, H., Nishimura, H., Yokota, M., Suzuki, S., Tomabechi, Y., Shirouzu, M., Osada, H., Mimaki, M., Goto, Y., Yoshida, M.
    • 雑誌名

      Nat. Chem. Biol.

      巻: 17(3) ページ: 335-343

    • DOI

      10.1038/s41589-020-00676-4

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 機能低下したミトコンドリアを活性化させる化合物の発見.2021

    • 著者名/発表者名
      小林大貴、吉田稔
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 39(6) ページ: 954-957

  • [雑誌論文] Splicing modulators elicit global translational repression by condensate-prone proteins translated from introns.2020

    • 著者名/発表者名
      Chhipi-Shrestha, J.K., Schneider-Poetsch, T., Suzuki, T., Mito, M., Khan, K., Dohmae, N., Iwasaki, S., and Yoshida, M.
    • 雑誌名

      bioRxiv,

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1101/2020.11.23.393835

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide survey of ribosome collision.2020

    • 著者名/発表者名
      Han, P., Shichino, Y., Schneider-Poetsch, T., Mito, M., Hashimoto, S., Udagawa, T., Kohno, K., Yoshida, M., Mishima, Y., Inada, T., Iwasaki, S.
    • 雑誌名

      Cell Rep.

      巻: 31(5) ページ: 107610

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.107610

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Piperidine-4-carboxamide as a new scaffold for designing secretory glutaminyl cyclase inhibitors.2020

    • 著者名/発表者名
      Dileep, K.V., Sakai, N., Ihara, K., Kato-Murayama, M., Nakata, A., Ito, A., Sivaraman, D.M., Shin, J.W., Yoshida, M., Shirouzu M., Zhang, K.Y.J.
    • 雑誌名

      Int. J. Biol. Macromol.

      巻: 170 ページ: 415-423

    • DOI

      10.1016/j.ijbiomac.2020.12.118

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of a selective RelA inhibitor based on DSE-FRET screening methods.2020

    • 著者名/発表者名
      Shiroma, Y., Fujita, G., Yamamoto, T., Takahashi, R.U., Kumar, A., Zhang, K.Y.J., Ito, A., Osada, H., Yoshida, M., Tahara, H.
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 21(23) ページ: 9150

    • DOI

      10.3390/ijms21239150

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure activity study of S-trityl-cysteamine dimethylaminopyridine derivatives as SIRT2 inhibitors: Improvement of SIRT2 binding and inhibition.2020

    • 著者名/発表者名
      Radwan, M.O., Ciftci, H.I., Ali, T.F.S., Koga, R., Tateishi, H., Nakata, A., Ito, A., Yoshida, M., Fujita, M., Otsuka, M.
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      巻: 30(19) ページ: 127458

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2020.127458

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Peanut skin extract ameliorates the symptoms of type 2 diabetes mellitus in mice by alleviating inflammation and maintaining gut microbiota homeostasis.2020

    • 著者名/発表者名
      Xiang, L., Wu, Q., Osada, H., Yoshida, M., Pan, W., Qi, J.
    • 雑誌名

      Aging (Albany NY)

      巻: 12(14) ページ: 13991-14018

    • DOI

      10.18632/aging.103521

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A novel GSK3 inhibitor that promotes self-renewal in mouse embryonic stem cells.2020

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, H., Nishimura, H., Kudo, N., Osada, H., Yoshida, M.
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      巻: 84(10) ページ: 2113-2120

    • DOI

      10.1080/09168451.2020.1789445

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] LUBAC accelerates B-cell lymphomagenesis by conferring resistance to genotoxic stress on B cells.2020

    • 著者名/発表者名
      Jo, T., Nishikori, M., Kogure, Y., Arima, H., Sasaki, K., Sasaki, Y., Nakagawa, T., Iwai, F., Momose, S., Shiraishi, A., Kiyonari, H., Kagaya, N., Onuki, T., Shin-Ya, K., Yoshida, M., Kataoka, K., Ogawa, S., Iwai, K., Takaori-Kondo, A.
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 136(6) ページ: 684-697

    • DOI

      10.1182/blood.2019002654

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Serine catabolism produces ROS, sensitizes cells to actin dysfunction, and suppresses cell growth in fission yeast.2020

    • 著者名/発表者名
      Kanou, A., Nishimura, S., Tabuchi, T., Matsuyama, A., Yoshida, M., Kato, T., Kakeya, H.
    • 雑誌名

      J. Antibiot (Tokyo)

      巻: 73(8) ページ: 574-580

    • DOI

      10.1038/s41429-020-0305-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rolling-circle replication in mitochondrial DNA inheritance: Scientific evidence and significance from yeast to human cells.2020

    • 著者名/発表者名
      Ling, F., Yoshida, M.
    • 雑誌名

      Genes (Basel)

      巻: 11(5) ページ: 514

    • DOI

      10.3390/genes11050514

    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemical diversity and mode of action of natural products targeting lipids in the eukaryotic cell membrane.2020

    • 著者名/発表者名
      Nishimura S, Matsumori N.
    • 雑誌名

      Nat. Prod. Rep.

      巻: 37 ページ: 677-702

    • DOI

      10.1039/C9NP00059C

  • [雑誌論文] 血液脳関門透過性を有するヒストン脱アセチル化酵素阻害剤の探索.2020

    • 著者名/発表者名
      住吉孝明、平中誠弥、出口芳春、伊藤昭博、吉田稔
    • 雑誌名

      MEDCHEM NEWS

      巻: 30(1) ページ: 43-46

  • [学会発表] HP1αクロモドメインを用いたFRET型蛍光プローブによる細胞分裂中のヒストン修飾動態の観察2021

    • 著者名/発表者名
      佐々木和樹、鈴木律裕、中尾 洋一、吉田 稔
    • 学会等名
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [学会発表] 天然物化学ゲノミクスによる真核生物セントラルドグマの制御機構解析2021

    • 著者名/発表者名
      吉田稔
    • 学会等名
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] リジン長鎖アシル化修飾の新規機能2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤昭博
    • 学会等名
      日本薬学会第141年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞分裂過程におけるHP1αクロモドメインとヒストンH3の結合状態の経時観察2021

    • 著者名/発表者名
      佐々木和樹、鈴木律裕、中尾 洋一、吉田 稔
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
  • [学会発表] ステロール標的型天然物を用いた細胞極性とステロールの関係性の探索2021

    • 著者名/発表者名
      中尾拳典、菅長昭文、西村慎一、松山晃久、吉田稔
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
  • [学会発表] 糸状菌Acremonium persicinumが産生する抗真菌化合物ASP2397の生合成遺伝子の同定とシデロフォア機能の解析2021

    • 著者名/発表者名
      浅井良樹、西村慎一、平塚知成、河村優美、吉田稔
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
  • [学会発表] 奇数鎖脂肪酸は分裂酵母において細胞膜極性と細胞分裂に異常を引き起こす2021

    • 著者名/発表者名
      星川陽次郎、西村慎一、松山 晃久、Li Sheena、八代田 陽子、Boone Charles、吉田 稔
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
  • [学会発表] 分裂酵母のオキシリピンを介した窒素代謝に関わる細胞間コミュニケーションの解明2021

    • 著者名/発表者名
      橋本莉央、八代田陽子、大澤晋、平井剛、森山裕充、吉田 稔
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
  • [学会発表] 分裂酵母における窒素源としてのアミノ酸選択機構の解析2021

    • 著者名/発表者名
      田渕稔二、西村慎一、松山 晃久、吉田 稔
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
  • [学会発表] mTOR経路阻害でリー脳症モデルNdufs4 KOマウス寿命を延長する分子機構2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤孝、小林大貴、吉田稔
    • 学会等名
      J-mit 特別 オンラインシンポジウム
  • [学会発表] 機能低下したミトコンドリアを活性化させる化合物の発見とその応用2021

    • 著者名/発表者名
      小林大貴、畠山英之、伊藤孝、西村はる菜、横田睦美、鈴木禎史、苫米地由里、白水美香子、長田裕之、三牧正和、後藤雄一、吉田稔
    • 学会等名
      J-mit 特別 オンラインシンポジウム
  • [学会発表] ケミカルバイオロジー研究から見出されたリジンアシル化修飾研究の新展開2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤昭博
    • 学会等名
      発生工学研究センターセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 奇数鎖脂肪酸は分裂酵母において細胞分裂異常を引き起こす2020

    • 著者名/発表者名
      星川陽次郎、西村慎一、松山晃久、Sheena Li、八代田陽子、Charles Boone、吉田稔
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] A new paradigm of eukaryotic mitochondrial genetic inheritance revealed from studies on yeast mitochondrial DNA replication2020

    • 著者名/発表者名
      Ling Feng, Yoshida Minoru
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Splicing modulators elicit global translational repression by condensate-prone proteins translated from introns2020

    • 著者名/発表者名
      Chhipi Shrestha Jagat Krishna, Schneider-Poetsch Tilman, Suzuki Takehiro, Mito Mari, Khan Khalid, Dohmae Naoshi, Iwasaki Shintaro, Yoshida Minoru
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 生体膜を標的にする抗真菌化合物の探索と作用機序に関する研究2020

    • 著者名/発表者名
      西村慎一
    • 学会等名
      メディカルサイエンスセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Discovery of a small molecule that rescues phenotypes of cells carrying disease- related mitochondrial DNA mutations by inducing metabolic redirection2020

    • 著者名/発表者名
      Minoru Yoshida
    • 学会等名
      Target 2035 | a probe for every protein | Kick-off webinar series
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 分裂酵母Schizosaccharomyces pombeにおけるセリン代謝制御機構の化学遺伝学的解析2020

    • 著者名/発表者名
      佐々木 舞、西村慎一、松山晃久、八代田陽子、掛谷秀昭、吉田稔
    • 学会等名
      第20回東京大学生命科学シンポジウム
  • [学会発表] 奇数鎖脂肪酸は分裂酵母において細胞分裂異常を引き起こす2020

    • 著者名/発表者名
      星川 陽次郎、西村慎一、松山晃久、Sheena Li、八代田陽子、Charles Boone、吉田稔
    • 学会等名
      第20回東京大学生命科学シンポジウム
  • [学会発表] 分裂酵母の細胞間コミュニケーションにおけるシデロフォアの機能解析2020

    • 著者名/発表者名
      中村 優里、西村慎一、松山晃久、吉田稔
    • 学会等名
      第20回東京大学生命科学シンポジウム
  • [学会発表] Hippo経路におけるYAP-TEAD相互作用を標的とした阻害剤探索2020

    • 著者名/発表者名
      高瀬翔平、長田裕之、吉田稔、伊藤昭博、
    • 学会等名
      第24回日本がん分子標的治療学会学術集会
  • [学会発表] エピジェネティクスリーダータンパク質GAS41の阻害剤探索2020

    • 著者名/発表者名
      高瀬翔平、高橋未帆、園田健、菊地正樹、近藤恭光、梅原崇史、長田裕之、吉田稔、伊藤昭博
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会
  • [学会発表] 細胞膜ステロールを標的にする抗真菌化合物が引き起こす細胞壁異常の分子機構解析2020

    • 著者名/発表者名
      西村慎一
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会 シンポジウム「代謝物再興:生命機能におけるエピゲノムとダイナミズムの制御因子」
    • 招待講演
  • [学会発表] 化合物の標的分子同定のためのケミカルゲノミクス基盤の確立2020

    • 著者名/発表者名
      八代田陽子、Lien Pham、Sheena Li、Urvi Bhojoo、吉村麻美、木村寛美、河村優美、長田裕之、松本健、吉田稔、Jason Moffat、Charles Boone
    • 学会等名
      新学術領域研究「化学コミュニケーションのフロンティア」第7回公開シンポジウム
  • [学会発表] マイトトキシンの標的分子探索2020

    • 著者名/発表者名
      此木敬一、角替俊輔、八代田陽子、松本健、Katherine Chan、Amy Hin Yan Tong、Kamaldeep Kaur Aulakh、Andrea Habsaid、山下まり、Jason Mofft、Charles Boone、吉田稔、村田道雄
    • 学会等名
      新学術領域研究「化学コミュニケーションのフロンティア」第7回公開シンポジウム
  • [学会発表] 炭素鎖長15の脂肪酸とそのモノアシルグリセロールは分裂酵母の細胞分裂異常を引き起こす2020

    • 著者名/発表者名
      星川陽次郎、西村慎一、松山晃久、Sheena Li、八代田陽子、Charles Boone、吉田稔
    • 学会等名
      第62回日本脂質生化学会
  • [学会発表] リジン長鎖アシル化修飾による転写制御2020

    • 著者名/発表者名
      伊藤昭博
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
    • 招待講演

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公開日: 2021-12-27  

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