| 研究課題/領域番号 |
19J00346
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| 研究機関 | 高知大学 |
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研究代表者 |
高橋 迪子 高知大学, 自然科学系, 特別研究員(PD)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-25 – 2022-03-31
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| キーワード | 渦鞭毛藻ウイルス / 赤潮 / 海底堆積物 / 海底泥コア / 環境遡及ウイルス学 |
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| 研究実績の概要 |
2年目となる令和2年度は、高知県浦ノ内湾から採取した海底堆積物を用いて、渦鞭毛藻ウイルスHcRNAVの時系列分布を明らかにすることに成功した。浦ノ内湾ではHcRNAVの宿主であるHeterocapsa circularisquamaが1988年に発見されている。本研究では浦ノ内湾で採取した海底堆積物（表層～57-cm深を3-cmずつ切り分けた）を用いて年代測定とHcRNAVのMCPをターゲットとしたアンプリコンシーケンスに供した。その結果、HcRNAVは浦ノ内湾において宿主が発見された1988年よりもはるか前の1920年代から棲息していたことが明らかになった。さらに、HcRNAV由来配列から複数のバリアントが見出され、それらの時系列分布が明らかになった。これらの結果から、海底堆積物を用いて年代測定ならびに標的ウイルス探索を行うことで、水圏環境におけるウイルスの変遷の履歴を推定できることが示された。本成果はScience of the Total Environmentに掲載された (Takahashi et al., Sci. Total Env. 770, 145220 (2021))。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
現在までに、海底堆積物を試料として渦鞭毛藻ウイルスのMCP遺伝子の時系列分布の解析、ならびにdegenerate PCRを用いた渦鞭毛藻ウイルスとその近縁ウイルスの探索技術の構築を完了している。前者のテーマについては国際誌掲載済みであり、後者のテーマについては投稿論文の準備中である。また、学会等における成果発表が契機となり、関連の新規テーマが立ち上がり共同研究として始動することとなった。
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| 今後の研究の推進方策 |
(1) 構築したウイルス探索手法のロングコアへの適用
これまでに設計・構築したウイルス探索手法をロングコアへ適用し、人新世から現在に至るまでのウイルスの変遷の履歴を解析する。
(2) メタゲノム解析を用いた宿主―ウイルスの変遷の描出
海底堆積物からウイルスのみならず宿主、ひいてはウイルス－宿主の関係性を描出するため、メタゲノム解析を用いて両者の関係性を明らかにする。事前検討として、2019年に高知県浦ノ内湾で採取したコアからメタゲノムデータを取得している。これを用いて対象となるウイルスとその宿主配列を探索する。
(3) 研究成果の総合考察、論文発表
最終年度にあたるため、これまでの研究成果を取りまとめ論文として発表する。
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