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血管免疫芽球性T細胞リンパ腫(Angioimmunoblastic T-cell lymphoma: AITL)はT細胞リンパ腫の一つである。5年生存は約3割と稀少な難治性がんであり、革新的な治療方法の開発を目指して、研究を行う必要がある。私は、AITLモデルマウスを樹立し、解析を行なった。AITL腫瘍組織と野生型脾臓から細胞懸濁液を作製し、Chromium (10xGenomics)を用いて、シングルセル3’RNAシーケンス用のライブラリ作製(10xGenomics)を行い、産出されたraw dataをスーパーコンピューターSHIROKANEを用いて解析した。各クラスタで優位となるシグナル経路を解析(GSVA)したところ、腫瘍組織側で有意に増えているB細胞分画においてgerminal center B(GCB)細胞のpathwayがenrichしていた。がん細胞単独ではヌードマウスに移植しても生着しなかったが、このGCB細胞をFACSでソーティングし、がん細胞と共移植したところ、生着が得られた。さらにはがん細胞クラスタと各細胞集団間でのネットワーク解析(CellPhoneDB)を行い、相互作用に関わる分子を抽出したところ、このGCB分画とがん細胞分画との相互作用候補分子が抽出された。相互作用候補分子に対する阻害抗体で治療実験を行なったところ、生存の改善が得られた。AITL腫瘍発症マウスからがん細胞とGCB細胞をそれぞれ分取し、全エクソン解析を行った。腫瘍内で拡大しているGCB分画をFACSでソーティングし、全ゲノムバイサルファイト解析を行ったところ、プロモーター部位を含めた全エクソン部位、イントロン部位の全てで、腫瘍発症群でメチル化が亢進しているという結果となった。
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