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2020 年度 実績報告書

多施設コホートを用いた特発性肺線維症における新規遺伝子多型の同定

研究課題

研究課題/領域番号 19J21080
研究機関京都大学

研究代表者

中西 智子  京都大学, 医学研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2019-04-25 – 2022-03-31
キーワード特発性肺線維症 / 全ゲノムシークエンス
研究実績の概要

日本人の多施設コホートにて線維化性間質性肺疾患(ILD)を218例集積し、全ゲノムシーケンスを行った。まず既知の特発性肺線維症(IPF)関連遺伝子内で病原性が予測される変異の有無を評価した。次に日本人コホートと他のデータを用いて、ILDに対してレアバリアント解析とゲノムワイド関連解析(GWAS)を施行し、既報のGWASの要約統計量と合わせてメタ解析を行った(症例8,730名/対照866,823名)。日本人の家族性ILD発端者44名中17名 (38.6%)、孤発性IPF162名中11名(6.8%) に既知IPF関連遺伝子に変異を同定した。レアバリアント解析により、ILDと新規の遺伝子との関連が認められ、GWASにより25個の関連座位(6つは新規)を同定した。本研究については現在投稿準備中である。
また、既存のProteome GWASとIPFに対するGWASを用いて、Mendelian Randomization(MR)を行いIPFの発症に起因する血中タンパク質の同定を目指した。計834タンパクについてスクリーニングしたところ、遺伝的にFUT3とFUT5という血中タンパクの量が少ない人でIPFの疾患感受性が高いことがわかった(血中タンパクの1SD変化あたりのオッズ比[OR]: 0.81, 95%信頼区間[95%CI]: 0.74-0.88, p=6.3x10-7,とOR: 0.76, 95%CI: 0.68-0.86, p=1.1x10-6)。さらに、候補となったFUT3とFUT5についてColocalization analysesという連鎖不均衡によるバイアスの評価や複数の感度解析を行い、FUT3の方がFUT5よりも、原因となっている事後確率が高いことが示唆された。本研究については査読付き欧文誌に発表した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

今年度中に概ね解析を終え、1報論文発表を行い、現在さらに別の論文投稿準備中である。

今後の研究の推進方策

来年度中に論文を投稿し、アクセプトを目指す。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 5件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 6件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] McGill University(カナダ)

    • 国名
      カナダ
    • 外国機関名
      McGill University
  • [国際共同研究] Imperial Collage London/University of Leicester(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      Imperial Collage London/University of Leicester
  • [国際共同研究] University of Colorado Denver/University of Colorado Denver(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      University of Colorado Denver/University of Colorado Denver
  • [雑誌論文] A Neanderthal OAS1 isoform protects individuals of European ancestry against COVID-19 susceptibility and severity2021

    • 著者名/発表者名
      Zhou Sirui*、Butler-Laporte Guillaume*、Nakanishi Tomoko*、...、Richards J. Brent
    • 雑誌名

      Nature Medicine

      巻: 27 ページ: 659~667

    • DOI

      10.1038/s41591-021-01281-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic Determinants of Antibody-Mediated Immune Responses to Infectious Diseases Agents: A Genome-Wide and HLA Association Study2020

    • 著者名/発表者名
      Butler-Laporte Guillaume、Kreuzer Devin、Nakanishi Tomoko、Harroud Adil、Forgetta Vincenzo、Richards J Brent
    • 雑誌名

      Open Forum Infectious Diseases

      巻: 7 ページ: -

    • DOI

      10.1093/ofid/ofaa450

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genomewide Association Study of Severe Covid-19 with Respiratory Failure2020

    • 著者名/発表者名
      The Severe Covid-19 GWAS Group
    • 雑誌名

      New England Journal of Medicine

      巻: 383 ページ: 1522~1534

    • DOI

      10.1056/NEJMoa2020283

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The undiagnosed disease burden associated with alpha-1 antitrypsin deficiency genotypes2020

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Tomoko、Forgetta Vincenzo、Handa Tomohiro、Hirai Toyohiro、Mooser Vincent、Lathrop G. Mark、Cookson William O.C.M.、Richards J. Brent
    • 雑誌名

      European Respiratory Journal

      巻: 56 ページ: 2001441~2001441

    • DOI

      10.1183/13993003.01441-2020

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The effect of angiotensin-converting enzyme levels on COVID-19 susceptibility and severity: a Mendelian randomization study2020

    • 著者名/発表者名
      Butler-Laporte Guillaume*、Nakanishi Tomoko*、Mooser Vincent、Renieri Alessandra、Amitrano Sara、Zhou Sirui、Chen Yiheng、Forgetta Vincenzo、Richards J Brent
    • 雑誌名

      International Journal of Epidemiology

      巻: 50 ページ: 75~86

    • DOI

      10.1093/ije/dyaa229

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] A genetic landscape of Pulmonary Fibrosis in Japanese population. ~ A Preliminary Study ~2021

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi T, Kamatani Y, Nagasaki M, Handa T, Hirai T, and Matsuda F
    • 学会等名
      1st International Symposium of CCII -Bioinformatics and its application to cancer and other diseases
    • 国際学会
  • [学会発表] Age-dependent impact of the major common genetic risk factor for COVID-19 on severity and mortality2021

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi T
    • 学会等名
      The meeting of the COVID-19 Host Genetics Initiative
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The Undiagnosed Disease Burden Associated with Alpha-1 Antitrypsin Deficiency.2020

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi T, Forgetta V, Handa T, Hirai T, Mooser V, Lathrop GM, Cookson WOCM, and Richards JB.
    • 学会等名
      American Thoracic Society International Conference
    • 国際学会
  • [学会発表] The Undiagnosed Disease Burden Associated with Alpha-1 Antitrypsin Deficiency.2020

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi T, Forgetta V, Handa T, Hirai T, Mooser V, Lathrop GM, Cookson WOCM, and Richards JB.
    • 学会等名
      20th American Society of Human Genetics
    • 国際学会
  • [学会発表] The Undiagnosed Disease Burden Associated with Alpha-1 Antitrypsin Deficiency.2020

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi T, Forgetta V, Handa T, Hirai T, Mooser V, Lathrop GM, Cookson WOCM, and Richards JB.
    • 学会等名
      20th Annual McGill Biomedical Graduate Conference
    • 国際学会
  • [学会発表] Deep clinical phenotyping to assess the effect of GWAS loci on COVID-19 severity.2020

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi T
    • 学会等名
      International Discussion Group on COVID Related Activities
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2022-12-28  

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