多施設コホートを用いた特発性肺線維症における新規遺伝子多型の同定

2021 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 19J21080
• 研究機関: 京都大学
• 特別研究員: 中西 智子 京都大学, 医学研究科, 特別研究員(DC1)
• 研究期間 (年度): 2019-04-25 – 2022-03-31
• キーワード: 特発性肺線維症

研究実績の概要

日本人の多施設コホートにて特発性肺線維症(IPF)を234例集積し、全ゲノムシーケンスを行った。3,137例の健常者コントロールを対照群として、ゲノムワイド関連解析(GWAS)を行った。こちらのみでは有意な変異は同定されなかったが、UKBiobankや他人種由来のGWAS統計量と組み合わせ、9,789人のIPF症例と1,053,676人の対象群のデータを統合したところ、IPFに関連する独立した遺伝子座を29個同定し、うち9個が今回新たに同定された座位であった。その中でTERT遺伝子座のみが人種間で有意な異質性を示した。本研究については現在投稿準備中である。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [国際共同研究] マギル大学/モントリオール大学/シャーブルック大学(カナダ)
  • 国名: カナダ
  • 外国機関名: マギル大学/モントリオール大学/シャーブルック大学
• [国際共同研究] ヘルシンキ大学(フィンランド)
  • 国名: フィンランド
  • 外国機関名: ヘルシンキ大学
• [国際共同研究] ブロード研究所(米国)
  • 国名: 米国
  • 外国機関名: ブロード研究所
• [国際共同研究] カロリンスカ研究所/ウプサラ大学(スウェーデン)
  • 国名: スウェーデン
  • 外国機関名: カロリンスカ研究所/ウプサラ大学
• [雑誌論文] Multi-ancestry fine mapping implicates OAS1 splicing in risk of severe COVID-19 (2022)
  • 著者名/発表者名: Huffman Jennifer E.、Butler-Laporte Guillaume、Khan Atlas、Pairo-Castineira Erola、Drivas Theodore G.、Peloso Gina M.、Nakanishi Tomoko、Ganna Andrea、Verma Anurag、Baillie J. Kenneth、Kiryluk Krzysztof、Richards J. Brent、Zeberg Hugo、COVID-19 Host Genetics Initiative
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 54 ページ: 125～127
  • DOI: 10.1038/s41588-021-00996-8
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19 (2022)
  • 著者名/発表者名: COVID-19 Host Genetics Initiative
  • 雑誌名: Nature 巻: 608 ページ: E1～E10
  • DOI: 10.1038/s41586-022-04826-7
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Colocalization of Gene Expression and DNA Methylation with Genetic Risk Variants Supports Functional Roles of <i>MUC5B</i> and <i>DSP</i> in Idiopathic Pulmonary Fibrosis (2022)
  • 著者名/発表者名: Borie Raphael、Cardwell Jonathan、Konigsberg Iain R.、Moore Camille M.、Zhang Weiming、Sasse Sarah K.、Gally Fabienne、Dobrinskikh Evgenia、Walts Avram、Powers Julie、Brancato Janna、Rojas Mauricio、Wolters Paul J.、Brown Kevin K.、Blackwell Timothy S.、Nakanishi Tomoko、...、Schwartz David A.、Yang Ivana V.
  • 雑誌名: American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 巻: 206 ページ: 1259～1270
  • DOI: 10.1164/rccm.202110-2308OC
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Novel genes and sex differences in COVID-19 severity (2022)
  • 著者名/発表者名: Cruz Raquel、Diz-de Almeida Silvia、...、Nakanishi Tomoko、... et al.
  • 雑誌名: Human Molecular Genetics 巻: 31 ページ: 3789～3806
  • DOI: 10.1093/hmg/ddac132
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Clinical, radiological and pathological features of idiopathic and secondary interstitial pneumonia with pleuroparenchymal fibroelastosis in patients undergoing lung transplantation (2022)
  • 著者名/発表者名: Ikegami Naoya、Nakajima Naoki、Yoshizawa Akihiko、Handa Tomohiro、...、Nakanishi Tomoko、Niwamoto Takafumi、Chin Kazuo、Date Hiroshi、Hirai Toyohiro
  • 雑誌名: Histopathology 巻: 80 ページ: 665～676
  • DOI: 10.1111/his.14595
  • 査読あり
• [雑誌論文] The dynamic changes and sex differences of 147 immune-related proteins during acute COVID-19 in 580 individuals (2022)
  • 著者名/発表者名: Butler-Laporte Guillaume、Gonzalez-Kozlova Edgar、Su Chen-Yang、Zhou Sirui、Nakanishi Tomoko、et al.
  • 雑誌名: Clinical Proteomics 巻: 19 ページ: 1~11
  • DOI: 10.1186/s12014-022-09371-z
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Genetically increased circulating FUT3 level leads to reduced risk of idiopathic pulmonary fibrosis: a Mendelian randomisation study (2021)
  • 著者名/発表者名: Nakanishi Tomoko、Cerani Agustin、Forgetta Vincenzo、Zhou Sirui、Allen Richard J.、Leavy Olivia C.、Koido Masaru、Assayag Deborah、Jenkins R. Gisli、Wain Louise V.、Yang Ivana V.、Lathrop G. Mark、Wolters Paul J.、Schwartz David A.、Richards J. Brent
  • 雑誌名: European Respiratory Journal 巻: 59 ページ: 2003979～2003979
  • DOI: 10.1183/13993003.03979-2020
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Age-dependent impact of the major common genetic risk factor for COVID-19 on severity and mortality (2021)
  • 著者名/発表者名: Nakanishi Tomoko、Pigazzini Sara、...、Richards J. Brent、Ganna Andrea
  • 雑誌名: Journal of Clinical Investigation 巻: 131 ページ: 1~13
  • DOI: 10.1172/JCI152386
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A Neanderthal OAS1 isoform protects individuals of European ancestry against COVID-19 susceptibility and severity (2021)
  • 著者名/発表者名: Zhou Sirui*、Butler-Laporte Guillaume*、Nakanishi Tomoko*、...、Richards J. Brent
  • 雑誌名: Nature Medicine 巻: 27 ページ: 659～667
  • DOI: 10.1038/s41591-021-01281-1
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Mapping the human genetic architecture of COVID-19 (2021)
  • 著者名/発表者名: COVID-19 Host Genetics Initiative
  • 雑誌名: Nature 巻: 600 ページ: 472～477
  • DOI: 10.1038/s41586-021-03767-x
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Rare loss-of-function variants in type I IFN immunity genes are not associated with severe COVID-19 (2021)
  • 著者名/発表者名: Povysil Gundula、Butler-Laporte Guillaume、Shang Ning、Wang Chen、Khan Atlas、Alaamery Manal、Nakanishi Tomoko、et al.
  • 雑誌名: Journal of Clinical Investigation 巻: 131 ページ: 1~7
  • DOI: 10.1172/JCI147834
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Integrated immunovirological profiling validates plasma SARS-CoV-2 RNA as an early predictor of COVID-19 mortality (2021)
  • 著者名/発表者名: Brunet-Ratnasingham Elsa、Anand Sai Priya、...、Nakanishi Tomoko、et al.
  • 雑誌名: Science Advances 巻: 7 ページ: 1~16
  • DOI: 10.1126/sciadv.abj5629
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Pan-ancestry exome-wide association analyses of COVID-19 outcomes in 586,157 individuals (2021)
  • 著者名/発表者名: Kosmicki Jack A.、Horowitz Julie E.、...、Nakansihi Tomoko、et al.
  • 雑誌名: The American Journal of Human Genetics 巻: 108 ページ: 1350～1355
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2021.05.017
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] 線維化性間質性肺疾患における遺伝的背景の人種及び疾患横断的検討 (2022)
  • 著者名/発表者名: 中西智子
  • 学会等名: 第62回日本呼吸器学会学術講演会
• [学会発表] Age-dependent impact of the major common genetic risk factor for COVID-19 on severity and mortality (2021)
  • 著者名/発表者名: Nakanishi T, Cordioli M, Richards JB, Ganna A
  • 学会等名: Workshop: Research Response to COVID-19 in the Nordic Countries. Nordic Society of Human Genetics and Precision Medicine
  • 国際学会
• [学会発表] Genetically increased circulating FUT3 level is associated with reduced risk of Idiopathic Pulmonary Fibrosis: a Mendelian Randomization Study. (2021)
  • 著者名/発表者名: Nakanishi T, Cerani A, Forgetta V, Zhou S, Allen RJ, Leavy OC, Koido M, Assayag D, Jenkins RG, Wain LV, Yang IV, Lathrop GM, Wolters PJ, Schwartz DA, Richards JB.
  • 学会等名: The 2021 Annual Meeting of the American Society of Human Genetics.
  • 国際学会
• [図書] α1-アンチトリプシン欠乏症 診療の手引き2021［第2版］ (2021)
  • 著者名/発表者名: 佐藤 晋、佐藤 匡、瀬山 邦明、中西 智子、巽 浩一郎、平井 豊博
  • 総ページ数: 23
  • 出版者: 厚生労働科学研究費補助金（難治性疾患政策研究事業）／難治性呼吸器疾患・肺高血圧症に関する調査研究班