• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2020 年度 実績報告書

全自動NMR構造解析システムを用いた高分子量タンパク質の解析

研究課題

研究課題/領域番号 19J40094
研究機関大阪大学

研究代表者

古板 恭子  大阪大学, 蛋白質研究所, 特別研究員(RPD)

研究期間 (年度) 2019-04-25 – 2022-03-31
キーワード溶液NMR / フロリゲン / 機械学習
研究実績の概要

2020年度は、高分子量タンパク質の測定に適した13C核観測測定の高感度化法を開発した。具体的には、データ取得方法を工夫することで、13C核観測測定の高感度化を目指した。通常の2次元NMR測定では1回のスキャンで1回データ取得を行うが、このときデータの半分が観測されずに捨てられている。1H核観測測定ではsensitivity-enhancement法と呼ばれる、通常捨てられる成分をデータとして取得する方法があるが、13C核観測測定ではsensitivity-enhancement法に相当する感度向上法が存在していなかった。本研究では、1回のスキャンに2回のデータ取得を行うことで、通常捨てられるデータを取得して利用することに成功した。この方法を用いてアミノ酸およびタンパク質の測定をしたところ、通常の測定と比較してアミノ酸では2倍、タンパク質では1.8倍のピーク強度の増大見られ、世界で初めて13C観測の高感度化を達成した。この成果はJ. Magn. Reson誌に論文として発表した。
また、分子量がおよそ1.3万と2万の2種類のタンパク質について全自動構造解析システムを用いた解析を実施した。分子量1.3万のタンパク質については、完全自動でよく収束した構造が決定できた。一方、分子量2万のタンパク質では、13C-edited NOESYスペクトルにおいて機械学習を利用したノイズフィルターがうまく機能しなかった。これはスペクトルのシグナルノイズ比が悪いためにピークの形状が悪く、ピークとノイズの識別が難しいことが原因だと考えられた。タンパク質が高分子量になるほど良質なスペクトルを得ることが難しいため、高分子量タンパク質の自動構造決定には自動ピーク検出の改良が今後の課題だと考えられた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

2020年度は13C直接観測の高感度化を達成し、また自動構造解析システムの利用法についての検討を進め、ある程度の成果を得たものの、フロリゲン複合体の解析は進展していないため。

今後の研究の推進方策

今後は全自動NMR構造解析システムを用いたフロリゲンの立体構造解析を進めるとともに、フロリゲン変異体の溶液NMRによる解析を通してフロリゲンの花成制御機構の解明を目指す。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Sensitivity enhancement by sequential data acquisition for 13C-direct detection NMR2021

    • 著者名/発表者名
      Furuita Kyoko、Sugiki Toshihiko、Takamuku Mika、Hattori Yoshikazu、So Masatomo、Kawata Yasushi、Ikegami Takahisa、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Journal of Magnetic Resonance

      巻: 322 ページ: 106878~106878

    • DOI

      10.1016/j.jmr.2020.106878

    • 査読あり
  • [学会発表] 小胞体膜貫通タンパク質VAPのペプチド認識機構の研究2020

    • 著者名/発表者名
      古板恭子, 平岡万里菜, 藤原敏道, 児嶋長次郎
    • 学会等名
      第59回NMR討論会
  • [学会発表] 好冷性細菌 Anabaena variabilis由来のグリシンリッチドメインを持たないRNA結合タンパク質RbpDの溶液構造の特徴2020

    • 著者名/発表者名
      森田勇人,田中邑樹,古板恭子,杉木俊彦,児嶋長次郎
    • 学会等名
      第59回NMR討論会

URL: 

公開日: 2021-12-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi