高感度なタンパク質構造解析法であるトップダウン質量分析は、タンパク質を丸ごとイオン化し、その化学構造情報を取得することを可能にする。トップダウン質量分析を用いて生体サンプルに含まれる目的タンパク質成分の構造情報を効果的に取得するには、複雑なタンパク質成分を質量分析前に分画する処理が不可欠である。本研究で我々は、SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動を用いてタンパク質成分を高分解能に分画する手法を開発し、高感度なトップダウン質量分析を実現するための前分画ワークフローの確立に成功した。開発手法によるサンプル前処理は化学架橋質量分析によるタンパク質複合体の構造解析にも有効であった。
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