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2020 年度 実施状況報告書

プロトン構造とゆらぎの解析による銅アミン酸化酵素補酵素生合成機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K05694
研究機関大阪大学

研究代表者

岡島 俊英  大阪大学, 産業科学研究所, 准教授 (10247968)

研究分担者 村川 武志  大阪医科大学, 医学部, 助教 (90445990)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワード結晶構造解析 / 翻訳後修飾 / ゆらぎ / 補酵素 / 酵素
研究実績の概要

本研究は、Arthrobacter globiformis由来銅含有アミン酸化酵素(AGAO)の自己触媒的な補酵素トパキノン(TPQ)の生成反応を対象として、酵素触媒反応に果たす金属イオンの役割の一端を詳細に解明することを目的とする。これまでにTPQ形成反応においてligand-metal charge transfer(LMCT)中間体が、AGAOの分子表面の2つのCys残基の変異(C315S, C636S)によって活性中心のTyr382と銅イオンとの間に形成されることが判明した。これら変異の効果はこれまで不明であったが、AGAOの詳細な構造解析と生化学的な解析によって、野生型酵素ではCys315とCys636がS-S結合しており、変異によって、そのS-S結合が形成されていないことがわかった。それによってCys636を含むC末10残基のコンフォメーションが大きく変化していることがわかった。さらに、分子内部にあるCys317-Cys343間のジスルフィド結合が少なくとも部分的に切断されていることが判明した。このような構造変化は分子全体のゆらぎを大きく変化させ、それにより活性中心のコンフォメーション変化が遅くなることでAGAOのTPQ形成の際の反応速度の変化に寄与する可能性がある。その結果、野生型酵素では蓄積することのないLMCT中間体を観測できるようになった可能性を現在考えている。このほかにもTPQ形成機構におけるアポ型酵素のプロトン化状態の重要性を解析するため、AGAOのZn結合型アポ酵素の高分解能中性子回折データの収集にも成功した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

各種の構造データに加え、生化学的解析によって、予定通りの成果を得ているため。

今後の研究の推進方策

引き続きLMCT中間体形成機構の解明を進める。加えて、活性中心を大きく改変した新規酸化酵素の創生に着手する。また、量子化学的な検討も実施する。

次年度使用額が生じた理由

コロナ感染症の蔓延による休業期間があり、想定よりも物品費と旅費の使用額が少なくなった。次年度に物品費と旅費として予算を使用し、研究の推進をはかる予定である。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2020 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 2件) 備考 (5件)

  • [雑誌論文] Unique protonation states of aspartate and topaquinone in the active site of copper amine oxidase2020

    • 著者名/発表者名
      Shoji Mitsuo、Murakawa Takeshi、Boero Mauro、Shigeta Yasuteru、Hayashi Hideyuki、Okajima Toshihide
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 10 ページ: 38631~38639

    • DOI

      10.1039/d0ra06365g

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] In crystallo thermodynamic analysis of the catalytic reaction in bacterial copper amine oxidase2020

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Murakawa, Seiki Baba,Toshihide Okajima
    • 雑誌名

      SPring-8/SACLA Research Frontiers 2019

      巻: 1 ページ: 20-21

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 宙に浮く水素イオン?!-大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界-(4月28日、プレス発表)2020

    • 著者名/発表者名
      村川武志、栗原和男、庄司光男、柴崎千枝、角南智子、玉田太郎、矢野直峰、山田太郎、日下勝弘、鈴木 守、重田育照、黒木良太、林 秀行、矢野貴人、谷澤克行、安達基泰、岡島俊英
    • 雑誌名

      J-PARC News

      巻: 181 ページ: 2-2

  • [学会発表] QM/MM法による銅アミン酸化酵素のプロトン化状態についての理論解析2020

    • 著者名/発表者名
      庄司 光男、村川 武志、重田 育照、林 秀行、岡島 俊英
    • 学会等名
      第34回分子シミュレーション討論会
  • [学会発表] 銅アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析2020

    • 著者名/発表者名
      庄司 光男、村川 武志、重田 育照、林 秀行、岡島 俊英
    • 学会等名
      量子生命科学会第2回大会
  • [学会発表] Neutron crystallography of copper amine oxidase: Novel protonated structure in the active site2020

    • 著者名/発表者名
      岡島俊英
    • 学会等名
      錯体化学会第70回討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] 銅アミン酸化酵素の高分解能中性子結晶構造と触媒反応機構2020

    • 著者名/発表者名
      岡島俊英
    • 学会等名
      2020 年度iBIX-JAXA-KEK 物構研-QST 合同タンパク質研究会
    • 招待講演
  • [備考] 銅アミン酸化酵素の中性子結晶構造解析に成功 ―宙に浮いているようにみえる水素イオンなど初めて解明

    • URL

      https://www.ibaraki.ac.jp/news/2020/04/28010784.html

  • [備考] 宙に浮く水素イオン?! ―大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界―

    • URL

      https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2020/20200428_1

  • [備考] 宙に浮く水素イオン?! ―大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界―

    • URL

      https://www.sanken.osaka-u.ac.jp/hot_topics/topics_20200428/

  • [備考] 宙に浮く水素イオン?!―大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界―

    • URL

      https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/release-20200428/

  • [備考] 宙に浮く水素イオン?!―大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界―

    • URL

      http://www.tsukuba.ac.jp/attention-research/p202004280400.html

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公開日: 2021-12-27  

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