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2019 年度 実施状況報告書

プラディミシンを利用した糖鎖研究用ツールの開発

研究課題

研究課題/領域番号 19K05712
研究機関名古屋大学

研究代表者

中川 優  名古屋大学, 生命農学研究科, 准教授 (90452284)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワードPradimicin / 糖鎖 / 糖タンパク質染色 / 酵母検出 / 天然物
研究実績の概要

Pradimicin A (PRM-A) は,マンノース (Man) に結合するユニークな天然物である。PRM-Aは有用な糖鎖研究用ツールとなる可能性を秘めているが,高い凝集性を示すために取り扱いが難しく,糖鎖研究に全く活かされていない。本研究では,「カルボキシ基のアミド化」という単純な構造変換によってPRM-Aの凝集性を大幅に抑制できるという独自の知見に基づき,糖鎖研究に利用できるPRM-A誘導体の開発を目指している。
本年度は,2-aminoethanolをアミド縮合した誘導体PRM-EAを用いて,ドットブロット法における糖タンパク質の検出を試みた。5種の糖タンパク質をブロットしたポリフッ化ビニリデン膜をPRM-EA水溶液で処理したところ,糖鎖の末端にManをもつ糖タンパク質3種がPRM-EAに由来する赤色に染色されることが確認できた。本結果は,PRM-EAがManを有する糖タンパク質の検出薬として利用できることを示唆するものである。さらに,スペーサーを介してPRM-Aを二分子連結した二量体を5種合成し,細胞壁にManを含む酵母Candida rugosaに処理したところ,短いスペーサーを有する二量体が本酵母細胞を架橋して沈殿させると同時に赤色に染色することが明らかになった。細胞壁にManをもたない大腸菌Escherichia coliは二量体処理によって沈殿を形成しなかったことから,本二量体は酵母検出に利用できることが示唆された。
一方,PRM-A産生菌から単離されるquinocidin (QCD) のアミド誘導体が中性水溶液中でシステインおよびグルタチオンと付加体を形成することを明らかにした。本天然物はタンパク質中のシステイン残基とも共有結合を形成することが想定されることから,本化合物も研究用ツールとして利用できる可能性がある。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究では,PRM-Aのアミド化を分子設計の基盤として,① 糖鎖研究用ツール,② 酵母検出薬,③ Man以外の糖に結合する誘導体の開発を目指している。本年度は,PRM-EAによって糖タンパク質を染色できること,さらに二量体によって酵母細胞を赤色沈殿として検出できることを明らかにしたことから,①および②に該当する誘導体の開発を達成できたと判断したため。

今後の研究の推進方策

今後は,本年度に開発した誘導体の最適化を計画している。具体的には,PRM-EAおよび二量体を構造修飾することによりManに対する結合活性を向上させ,糖タンパク質および酵母の検出感度を改善した誘導体の開発を試みる。さらに,PRM-Aを固定したアガロースゲルを調製して糖タンパク質の精製が可能かどうかを検討するとともに,アントラキノンを連結させたPRM-A誘導体を合成して光照射によって糖鎖のMan残基を切断できる誘導体の開発研究も行う予定である。また,PRM-AのMan認識メカニズムに関する独自の知見に基づき,合成が容易な単純化アナログを開発することも試みる。
これらの研究と並行して,本年度に開発したQCDアミド誘導体の応用研究も行う予定である。応用の一つとしては,タンパク質のシステイン残基を標的とした不可逆的阻害剤の開発を計画している。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (7件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Relationship among structure, cytotoxicity, and Michael acceptor reactivity of quinocidin2020

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa, Y.; Sawaki, Y.; Miyanishi, W.; Shimomura, S.; Shibata, T.; Ojika, M.
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem.

      巻: 28 ページ: 115308

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2020.115308

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The endocyclic oxygen atom of D-mannopyranose is involved in its binding to pradimicins2020

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Y.; Yamaji, F.; Ojika, M.; Sugawara, T; Akase, D.; Aida, M.; Igarashi, Y.; Ito, Y.; Nakagawa, Y.
    • 雑誌名

      Tetrahedron Lett.

      巻: 61 ページ: 151530

    • DOI

      10.1016/j.tetlet.2019.151530

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Paving the way for practical use of sugar-binding natural products as lectin mimics in glycobiological research2020

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa, Y.
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 21 ページ: 1567-1572

    • DOI

      10.1002/cbic.201900781

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular basis of mannose recognition by pradimicins and their application to microbial cell surface imaging2019

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa, Y.; Doi, T.; Takegoshi, K.; Sugahara, T.; Akase, D.; Aida, M.; Tsuzuki, K.; Watanabe, Y.; Tomura, T.; Ojika, M.; Igarashi, Y.; Hashizume, D.; Ito, Y.
    • 雑誌名

      Cell Chem. Biol.

      巻: 26 ページ: 950-959

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2019.03.013

    • 査読あり
  • [学会発表] マンナン存在下での抗真菌試験に基づく糖結合性天然物の探索2020

    • 著者名/発表者名
      宮西 航,小鹿 一,中川 優
    • 学会等名
      日本農芸化学会2020年度大会
  • [学会発表] 3,4-Dihydroquinolizinium化合物のチオールに対する反応性評価2020

    • 著者名/発表者名
      川合計太朗, 小鹿 一, 中川 優
    • 学会等名
      日本農芸化学会2020年度大会
  • [学会発表] プラディミシン誘導体を利用した糖タンパク質の染色2020

    • 著者名/発表者名
      垣原眞太朗, 都築麗江, 小鹿 一, 五十嵐康弘, 伊藤幸成, 中川 優
    • 学会等名
      日本農芸化学会2020年度大会
  • [学会発表] マンノースとの結合におけるプラディミシンAの二糖部分の役割2020

    • 著者名/発表者名
      大矢柚香, 小鹿 一, 五十嵐康弘, 伊藤幸成, 中川 優
    • 学会等名
      日本農芸化学会2020年度大会
  • [学会発表] プラディミシンAのアミド誘導体の合成と活性評価2019

    • 著者名/発表者名
      宮西 航, 小鹿 一, 五十嵐康弘, 伊藤幸成, 中川 優
    • 学会等名
      第38回日本糖質学会年会
  • [学会発表] Pradimicin Aの二量体による真菌の染色2019

    • 著者名/発表者名
      田浦寛太,都築麗江,小鹿 一,五十嵐康弘,伊藤幸成,中川 優
    • 学会等名
      第61回天然有機化合物討論会
  • [学会発表] プラディミシンAのアミド誘導体を用いた糖タンパク質の染色2019

    • 著者名/発表者名
      垣原眞太朗, 都築麗江, 小鹿 一, 五十嵐康弘, 伊藤幸成, 中川 優
    • 学会等名
      日本農芸化学会 関西・中部支部2019年度合同大会
  • [備考] プラディミシンのマンノース認識機構と菌細胞表面イメージングへの応用(ユサコ株式会社:日本人論文紹介)

    • URL

      https://www.usaco.co.jp/article/detail.html?itemid=1064&dispmid=610

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公開日: 2021-01-27  

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