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2021 年度 実績報告書

遺伝子発現制御機構におけるシスエレメント機能の論理解析

研究課題

研究課題/領域番号 19K05766
研究機関名古屋大学

研究代表者

兒島 孝明  名古屋大学, 生命農学研究科, 講師 (40509080)

研究分担者 井原 邦夫  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (90223297)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワードAspergillus oryzae / 転写因子 / バイオインフォマティクス / 合成生物学
研究実績の概要

Aspergillus oryzaeにおける転写因子による発言制御機構の解明と、A. oryzaeによる標的有用物質の高効率生産を目的として、以下のアプローチを実施した。
1) 転写因子KojRの転写制御機構の解析 KojRを用いたgSELEX-Seqを再度実施したところ、結合コンセンサス配列としてZn(II)2Cys6型転写因子が結合するモチーフとして知られているCGGトリプレットモチーフが検出された。また、昨年度に引き続き、KojR欠損株を用いたRNA-Seqを実施した。現在、取得データの解析中である。なお、この研究成果は、1件の国内学会で発表され、2022年度中にデータをまとめた上で査読付きのジャーナルに投稿予定である。
2) 転写因子AlcR、AraR、CreA、ManRの結合部位の網羅的同定 炭素源代謝に関連する種々の転写因子のゲノム上での結合部位をgSELEX-Seqによって網羅的に解析した。とりわけ、カーボンカタボライト抑制に関与するCreAでは、先行研究で報告されている(C/G)(C/T)GG(A/G)G配列が結合コンセンサス配列として明瞭に検出され、この転写因子によって制御される候補遺伝子のリストを取得した。なお、この研究成果は、1件の国内学会で発表され、2022年度中にデータをまとめた上で査読付きのジャーナルに投稿予定である。
3) 転写因子AoXlnRにを用いたプロモーター機能の論理解析 昨年度に得られた研究成果をもとに論文を作成・投稿し、プレプリントとしてbioRxivに掲載済みである。なお、この研究成果は、4件の国内学会で発表されたほか、近日中に査読付きのジャーナルに投稿予定である。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2022 2021

すべて 雑誌論文 (1件) (うちオープンアクセス 1件) 学会発表 (6件)

  • [雑誌論文] Construction of transcript regulation mechanism prediction models based on binding motif environment of transcription factor AoXlnR in Aspergillus oryzae.2021

    • 著者名/発表者名
      Oka, H., Kojima, T., Kato, R., Ihara, K., and Nakano, H.
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1101/2021.07.28.454268

    • オープンアクセス
  • [学会発表] 麹菌由来の転写因子AoXlnRによる発現制御と結合部位近傍におけるDNA構造との関連性の解明.2022

    • 著者名/発表者名
      岡大椰,兒島孝明,加藤竜司,井原邦夫,中野秀雄
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [学会発表] 麹菌におけるC源代謝に関連する転写因子の制御機構の網羅的解析2022

    • 著者名/発表者名
      小笠原菜々子,水谷友香,岡大椰,兒島孝明,中野秀雄
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [学会発表] 麹菌由来の転写因子AoXlnRの結合部位近傍における配列環境情報と遺伝子発現量の関連性の解析.2022

    • 著者名/発表者名
      岡大椰, 兒島孝明, 加藤竜司, 井原邦夫, 中野秀雄
    • 学会等名
      第1回天野エンザイム酵素研究助成報告会
  • [学会発表] 無細胞タンパク質合成系を用いた転写制御機構の網羅的解析システムの効率化2021

    • 著者名/発表者名
      八木本 亜実、岡 大椰、兒島 孝明、中野秀雄
    • 学会等名
      生物工学若手研究者の集い 夏のオンラインセミナー2021
  • [学会発表] 結合領域周辺におけるDNA 構造パラメーターに基づく麹菌由来転写因子AoXlnRの転写結合メカニズム予測モデルの構築.2021

    • 著者名/発表者名
      岡大椰, 兒島 孝明, 加藤竜司, 井原邦夫, 中野秀雄
    • 学会等名
      第73回日本生物工学会
  • [学会発表] 麹菌におけるコウジ酸代謝関連転写因子 KojR の制御遺伝子の網羅的解析2021

    • 著者名/発表者名
      水谷友香, 岡大椰, 兒島孝明, 中野秀雄
    • 学会等名
      第73回日本生物工学会

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公開日: 2023-12-25  

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