| 研究課題/領域番号 |
19K06016
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| 研究機関 | 名古屋大学 |
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研究代表者 |
太田垣 駿吾 名古屋大学, 生命農学研究科, 講師 (50597789)
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| 研究分担者 |
落合 正樹 岐阜大学, 応用生物科学部, 助教 (80755827)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | バラ / トゲ / GRAS-Di / アソシエーション解析 / VIGS |
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| 研究実績の概要 |
本研究では、『ゲノムの倍数化とヘテロ性の高さにより遺伝解析が困難な栽培バラにおいて、いかに有用形質を高精度にマッピングし、育種に利用可能なDNAマーカーを開発するか』という学術的「問い」の解決を目指し、ゲノムワイドに遺伝子型判定を行うGRAS-Di解析を四倍体バラ交雑集団に適用することでトゲ無し形質のマッピングと形質判別用DNAマーカーの開発を行う.
本年度はまず令和元年度と令和２年度に取得したGRAS-DiリードをコウシンバラリファレンスゲノムOBDHにマッピングし、ゲノムワイドな一塩基多型情報を取得した。続いて茎に鋭いトゲを形成する切り花品種'PEKcougel'と茎にトゲを形成しない台木用品種ノイバラ’松島３号’との交雑に由来する２つのBC1F1集団を用い、ngsAssocPolyにて節間に形成されるトゲ数を形質値としたアソシエーション解析を実施した。その結果、節間にトゲを形成しない、もしくは節間にごく少数のトゲを形成する、という形質の分離が見られた１つ目のBC1F1集団（’松島３号’にF1 No.6を戻し交雑したもの）については第３染色体上にピーク領域が検出された。さらに、ピーク領域中に座乗する一塩基多型について遺伝子型の判定を行った結果、’PEKcougel’型の一塩基多型を持つ個体で節間に形成されるトゲ数が増加する傾向にあった。一方で前年度より取り組んでいるTobacco rattle virus (TRV) を用いたバラのVIGS系については先行研究に従って挿し木や腋芽へのアグロインフィルトレーションを実施したものの、感染個体を得ることは出来なかった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
研究期間を通して新型コロナウイルス感染拡大状況により交雑集団を維持・管理している岐阜大学および岐阜農林高校での形質調査やサンプリングの頻度を制限せざるを得ず、研究計画全体に遅れが生じた。そのため、令和３年度は本課題の主目的であるトゲ形成に関わる遺伝子が座乗する染色体領域の同定に成功したものの、ピーク領域中に存在する遺伝子群の詳細な解析には至らなかった。そのため、研究期間を１年間延長して追加解析を実施することとしたため、「やや遅れている」と判断した。
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| 今後の研究の推進方策 |
第３染色体に検出されたピーク領域中に座乗する遺伝子群の中からトゲ形成に寄与する遺伝子を絞り込むべく、申請者らが以前に実施したトゲ原基のRNA-seqデータとの統合解析を実施する。さらに見出された候補遺伝子についてALSVもしくはTRVを用いたVIGSを行い、組換えウイルス感染個体でトゲの形成頻度が変化するか否かを検証する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
研究期間を通して新型コロナウイルス感染拡大状況により交雑集団を維持・管理している岐阜大学および岐阜農林高校での形質調査やサンプリングの頻度を制限せざるを得ず、研究計画全体に遅れが生じた。そのため、令和３年度は本課題の主目的であるトゲ形成に関わる遺伝子が座乗する染色体領域の同定に成功したものの、ピーク領域中に存在する遺伝子群の詳細な解析には至らなかった。そのため、研究期間を１年間延長して追加解析を実施することとした。
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