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2019 年度 実施状況報告書

PDIファミリーメンバーP5による小胞体内蛋白質品質管理の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K06520
研究機関東北大学

研究代表者

奥村 正樹  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (50635810)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワードP5 / SAXS / oxidative folding / IRE1
研究実績の概要

哺乳動物細胞の小胞体におけるタンパク質ジスルフィド結合の形成は、約20種類のPDIファミリータンパク質によって触媒される。我々は過去に、精製タンパク質を用いた生化学実験により、PDIファミリー酵素の中でも特にP5が基質に素早くジスルフィド結合を導入する能力を有することを見出したが(Sato et al., Sci. Rep. 2013; Kojima, Okumura et al., Structure 2014)、その作用機序は不明であった。また、P5は3つのチオレドキシン様ドメインa0,a,bで構成されるが、全長構造は未だ解かれていなかった。そこで、P5全長の構造を決定するため、X線小角散乱による構造解析を行った。その結果、P5は各ドメイン間がフレキシブルなリンカーで結ばれた新規な構造であることがわかった。さらに、各種P5変異体を作製し、カルシウム結合領域を等温滴定型カロリメトリ測定により決定した。カルシウム結合の有無によって、P5は酸化的フォールディング触媒に影響を及ぼさないが、シャペロン能は調節されることを見出した。一方で、PDIはカルシウムに応答して、酸化的フォールディング触媒能およびシャペロン能の調節があることをわかった。今後、P5のシャペロン能、酸化的フォールディングにおける触媒能、小胞体ストレス応答因子であるIRE1の機能制御能について明らかにするため、細胞生物学的実験を進めている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

現在、P5の新規構造について、論文投稿までこぎつけている。また、本課題から派生して、PDIファミリーによる小胞体ストレス応答因子の制御の新たな発見まで到達しており、当初の予定を大幅に上回る結果を得つつある。今後本課題を基盤とした論文投稿を進めるだけでなく、新たに発見した複数の成果を各々論文化することを次年度の目標とし、計画以上に進展している評価とした。

今後の研究の推進方策

P5の新規構造と生化学的検証について、論文化を目指す。一方で、これまでに得られた知見、すなわち、P5による小胞体ストレス応答因子IRE1の機能メカニズムについて、細胞生物学的見地から検証するため、各種アッセイ系を構築しつつあり、今後共焦点顕微鏡を用いた細胞内局在などの新規アプローチも含め、当初の計画よりも大幅に上回る学際的検証を次年度以降進める。

  • 研究成果

    (26件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 6件、 招待講演 10件) 図書 (3件)

  • [国際共同研究] KBSI(韓国)

    • 国名
      韓国
    • 外国機関名
      KBSI
  • [国際共同研究] University of Glasgow(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      University of Glasgow
  • [雑誌論文] The Protein Disulfide Isomerase Family: from proteostasis to pathogenesis.2020

    • 著者名/発表者名
      Matsusaki M, Kanemura S, Kinoshita M, Lee YH, Inaba K, Okumura M.
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta Gen Subj.

      巻: 1864 ページ: 129338

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.04.003.

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Diverse Structural Conversion and Aggregation Pathways of Alzheimer's Amyloid-β (1-40)2019

    • 著者名/発表者名
      Lin Y, Sahoo BR, Ozawa D, Kinoshita M, Kang J, Lim MH, Okumura M, Huh YH, Moon E, Jang JH, Lee HJ, Ryu KY, Ham S, Won HS, Ryu KS, Sugiki T, Bang JK, Hoe HS, Fujiwara T, Ramamoorthy A, Lee YH
    • 雑誌名

      ACS nano

      巻: 27 ページ: 8766 - 8783

    • DOI

      10.1021/acsnano.9b01578.

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Dynamic assembly of protein disulfide isomerase in catalysis of oxidative protein folding2019

    • 著者名/発表者名
      Okumura M, Noi K, Kanemura S, Kinoshita M, Saio T, Inoue Y, Hikima T, Akiyama S, Ogura T, Inaba K.
    • 雑誌名

      Nature Chemical Biology

      巻: 15 ページ: 499 - 509

    • DOI

      10.1038/s41589-019-0268-8.

    • 査読あり
  • [学会発表] Direct observation of actions of Protein Disulfide Isomerase in the catalysis of oxidative folding2020

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      KBSI seminar
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] PDIファミリーのシャペロン機能の新展開2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第3回 タンパク質可塑性についての研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] PDIファミリーメンバーP5の新規構造と機能2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹, 金村進吾, 松崎元紀, 木下岬, 荒井堅太, 平山千尋, 天貝佑太, 門倉広, 秋山修志, 稲葉謙次
    • 学会等名
      第42回分子生物学会年会
  • [学会発表] PDIファミリー酵素によるヒト由来ガレクチンの構造機能制御機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      金村進吾, 黒井邦巧, 松崎元紀, 山口宏, 中林孝和, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • 学会等名
      第42回分子生物学会年会
  • [学会発表] 小胞体内タンパク質の品質管理のフロンティア~温故知新~2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      関西学院大学理工学部講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内のタンパク質品質管理機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      次世代研究者シンポジウム2019、名古屋大学
    • 招待講演
  • [学会発表] Coupling effects of thiol and urea-type groups for promotion of oxidative folding2019

    • 著者名/発表者名
      Motonori Matsusaki, Shunsuke Okada, Kenji Inaba, Takahiro Muraoka, Masaki Okumura
    • 学会等名
      International symposium on unfolded proteins, protein folding, and disease-causing aggregation, Korea
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural insights into the protein homeostasis mechanism in the endoplasmic reticulum2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      International symposium on unfolded proteins, protein folding, and disease-causing aggregation, Korea
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新規レドックス分子のデザイン法確立と酸化的フォールディングへの応用2019

    • 著者名/発表者名
      松崎元紀, 岡田隼輔, 荒井堅太, 日高雄二, 稲葉謙次, 村岡貴博, 奥村正樹
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
  • [学会発表] PDIファミリーによるβ2-microglubulinの品質管理機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      木下岬, 金村進吾, 松崎元紀, 李映昊, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
  • [学会発表] PDI family酵素によるヒト由来ガレクチンの機能制御機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      金村進吾, 黒井邦巧, 松崎元紀, 山口宏, 中林孝和, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
  • [学会発表] PDIファミリーが触媒する前駆体タンパク質の酸化的フォールディング機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      増田光紀, 金村進吾, 木下岬, 山口宏, 日高雄二, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
  • [学会発表] Understanding the mechanism by PDI family control proteostasis2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Structures and functions of PDI family members involved in proteostasis2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      University of Glasgow, UK
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] PDIファミリーによる小胞体内品質管理機構の最前線2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      成蹊大学セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] 「可塑性」の学際的接点2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第1回 タンパク質可塑性についての研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] Newly developedthiol-disulfide exchange agent,guanidino-thiol2019

    • 著者名/発表者名
      Motonori Matsusaki, Shunsuke Okada, Kenta Arai, Yuji Hidaka, Kenji Inaba, Takahiro Muraoka, Masaki Okumura
    • 学会等名
      14th ER redox club meeting, Herrsching am Ammersee, Germany
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamic assembly/disassembly of Protein Disulfide Isomerase during the catalysis of oxidative protein folding2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura, Kentaro Noi, Shingo Kanemura, Misaki Kinoshita, Tomohide Saio, Yuichi Inoue, Takaaki Hikima, Shuji Akiyama, Teru Ogura, Kenji Inaba
    • 学会等名
      14th ER redox club meeting, Herrsching am Ammersee, Germany
    • 国際学会
  • [図書] 生化学2020

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      生化学会
  • [図書] 月間「細胞」構造生物学の最前線2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      北隆館
  • [図書] 月刊「細胞」エレクトロンバイオダイナミクスが支える生命の生存戦略2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      北隆館

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公開日: 2021-01-27  

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