| 研究課題/領域番号 |
19K06589
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| 研究機関 | 広島市立大学 |
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研究代表者 |
鷹野 優 広島市立大学, 情報科学研究科, 教授 (30403017)
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| 研究分担者 |
近藤 寛子 北見工業大学, 工学部, 助教 (60700028)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | 水素結合 / 二次構造 / 分子力場 / 蛋白質 / 分子動力学シミュレーション / 量子化学計算 |
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| 研究実績の概要 |
二次構造中の水素結合エネルギーを定量的に見積もることは蛋白質の立体構造形成原理の理解に加え，分子力場の改良にも役立つ.今年度は3_10ヘリックス (3_10H)およびπヘリックス(PiH)の水素結合エネルギーを水素結合結合1つあたりのエネルギーをnegative fragmentation approachを使って計算し，αヘリックス(AH)の結果との比較を行った.また，分子力場(Amber99SB)による水素結合エネルギーの計算も同様に行った．
また、βシートについて，平行βシート(PB)と逆平行βシート(APB)の2種類に対して、それぞれ長さ1-5残基の2本鎖モデルを構築し，negative fragmentation approachを使って，個々の水素結合エネルギーを計算した.今後，計算結果の解析を進める．
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
ヘリックス、シート、ターンにおける計算は順調に実施できたものの，電子状態などの詳細な解析がやや遅れた。
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| 今後の研究の推進方策 |
ヘリックス、シート、ターンにおける水素結合エネルギーの解析を行い，各二次構造の評価結果が揃った後に，さらに詳細な解析を行い，分子力場の改良について 検討する予定である.
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| 次年度使用額が生じた理由 |
新型コロナウイルス感染症拡大により、参加を予定していた学会や研究会などがオンライン開催になり、旅費の執行がなかったため。今年度の旅費や論文出版の費用として執行する予定である。
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