| 研究課題/領域番号 |
19K07017
|
|---|
| 研究機関 | 名城大学 |
|---|
研究代表者 |
今西 進 名城大学, 薬学部, 准教授 (00757502)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
|
| キーワード | 質量分析 / 定量プロテオミクス / タンパク質リン酸化 / シミュレーション / スペクトルライブラリ |
|---|
| 研究実績の概要 |
タンパク質リン酸化の部位特異的かつ網羅的な定量法の開発を行った。フィンランドTurku大学との共同研究により開発したリン酸化シミュレーション用ソフトウェアSimPhosphoを応用し、データ非依存的測定法であるSWATH測定によるリン酸化ペプチドの定量解析法を検討した。
TripleTOF 6600を用いて前年度に取得した合成リン酸化ペプチドの測定データに対し、リン酸化シミュレーション条件の最適化を試みた。脱リン酸化ペプチドのIDA測定データおよび同定結果に対し、SimPhosphoを用いて異なる条件でリン酸化ペプチドをシミュレーションした。前年度に検討した条件を用いて、Skyllineソフトウェア上でライブラリを構築し、リン酸化ペプチドのSWATH測定データを解析した。得られた結果を比較したところ、最適なシミュレーション条件を用いることにより、SWATH測定データから高精度にリン酸化部位を検出することができた。
今後はより複雑なSWATH測定データを用い、リン酸化部位特異的かつ網羅的な定量を行えるよう、SimPhosphoおよびSkylineの解析条件を検討していく。そこで、生体試料を酵素消化後、TiO2カラムを用いてリン酸化ペプチドの濃縮を行い、IDA測定およびSWATH測定を行った。また、リン酸化シミュレーションに用いるため、濃縮サンプルの一部に対して酵素的脱リン酸化を行い、IDA測定を行った。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
新型コロナウイルスに対する感染拡大対策のため、大学キャンパス内での研究が一時中止となった。そのため、進行中であった試料調製、測定、解析等を途中で止めなければならなかった。
|
| 今後の研究の推進方策 |
生体試料からより複雑なSWATHデータを取得し、SimPhosphoとSkylineの互換性をさらに検討しつつ、その有効性を検証する。また、Skyline以外のSWATHデータ解析ソフトウェアとSimPhosphoの互換性も検討していく。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
（理由）新型コロナウイルスに対する感染拡大対策のため、大学キャンパス内での研究が一時中止になり、参加予定であった国際学会も対面での開催は中止となった。主にこれらの理由により、次年度使用額が生じた。
（使用計画）次年度使用額は、研究の遅れを取り戻すため、主に消耗品の購入に使用する予定である。また、研究成果を積極的に発表するため、学会参加費等にも使用する予定である。
|
