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タンパク質リン酸化の部位特異的かつ網羅的な定量法の開発を行った。フィンランドTurku大学との共同研究により開発したリン酸化シミュレーション用ソフトウェアSimPhosphoを応用し、データ非依存的測定法であるSWATH測定によるリン酸化ペプチドの定量解析法を検討した。
TripleTOF 6600を用いて取得した合成リン酸化ペプチドのSWATH測定データに対し、リン酸化シミュレーション条件の最適化を引き続き行った。脱リン酸化ペプチドのIDA測定データおよび同定結果に対し、SimPhosphoを用いて異なる条件でリン酸化ペプチドをシミュレーションした。これまでに検討した条件を用いて、Skyllineソフトウェア上でライブラリを構築し、リン酸化ペプチドのSWATH測定データを解析した。その結果、シミュレーション条件を変更することにより、リン酸化部位同定における精度および感度が大幅に変動することが確認された。
また、これまでは特定バージョンのSkylineでのみ本解析手法を用いることができたが、データフォーマットを一部変更することにより、最新バージョンのSkylineにおいても互換性を得ることができた。
今後は、シミュレーション条件がリン酸化部位同定にどのように影響し得るのかその関連性を検討し、より最適な解析条件を確立を試みる。また、生体試料などの複雑なSWATH測定データにおいて、高精度かつ高感度なリン酸化ペプチドの網羅的定量解析を試みていく。
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