研究課題
本研究はHelicobacter cinaediの特定のクローンにのみ存在するDNA修飾であるPhosphorothioate（PT）化修飾に着目しその役割を明らかにすることを目的としている．DNAのPT化修飾は近年明らかになった新規のDNA修飾であり，メチル化修飾では塩基がメチル化されるのに対し，PT化修飾ではデオキシリボースを繋ぐリン酸基の酸素が硫黄に置換される．メチル化修飾は外来DNAから自己のDNAを守るRestriction-Modification（RM）システムの一環であるだけでなく，遺伝子の発現調節を介して病原性や環境適応に寄与している．一方，PT化修飾の役割には不明な点が多い．そこで，本研究ではH. cinaediのPT化修飾が，病原性や環境適応においてどのような役割を果たしているのかに着目する．本年度はゲノム支援のサポートにより，PT 化修飾部位がヨウ素により容易に切断されることを利用して PT 化修飾を検出する方法（PT IC seq 法）によりPT化の頻度を算出する解析結果を得て解析を行った．また，dnd遺伝子群のノックアウト株のトランスクリプトーム解析により，発現変動が認められた遺伝子について，複数株のノックアウト株を作製しトランスクリプトーム解析を行った．
3: やや遅れている
ヨウ素により容易に切断されることを利用して PT 化修飾を検出する方法（PT IC seq 法）によるPT化頻度の算出は，ヨウ素処理法が適切ではなかったのか，うまくいかなかった．他の計画は計画通りである．
PT化修飾に関連する細菌のphenotypeとdnd遺伝子群の環境ストレス応答性との関連について網羅的に様々な細菌性状を比較していく．また，dnd遺伝子群のノックアウト株のトランスクリプトーム解析により，発現変動が認められた遺伝子について，複数株のノックアウト株を作製しトランスクリプトーム解析を行った結果とPhenotypeとの関連も検討する．また，PT化修飾を調節する遺伝子についてもtrasncriptome解析を行い，野生株との比較解析を進める．
年度末納品等にかかる支払いが令和3年4月1日以降となったため、当該支出分については次年度の実支出額に計上予定。令和2年度分についてはほぼ使用済みである。
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Proceedings of the National Academy of Sciences
巻: 118 ページ: e2026337118
10.1073/pnas.2026337118
