2021 年度実施状況報告書

多段階発がん仮説における融合遺伝子の役割

研究課題

研究課題/領域番号	19K07430
研究機関	愛知県がんセンター(研究所)
研究代表者	細田和貴愛知県がんセンター(研究所), がん情報・対策研究分野, 研究員 (00728412)
研究分担者	谷田部恭国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (90280809)
研究期間 (年度)	2019-04-01 – 2023-03-31
キーワード	膵癌 / KRAS / RNAシーケンス / 融合遺伝子
研究実績の概要	KRAS変異陰性膵管癌およびその前駆病変であるIPMNのDNA/RNAターゲットシーケンスを行った。KRAS変異陰性膵管癌10例および膵管癌の前駆病変であるIPMN（KRAS変異陰性）11例に対し、53遺伝子の融合遺伝子、および膵管癌・IPMN関連遺伝子を含む29遺伝子の変異について検索した。結果、3例の膵管癌（2例はcolloid carcinoma, 1例はclear cell carcinoma）で3種類の融合遺伝子（STRN-ALK, TRIP11-BRAF, FGFR2-CCDC147）が検出された。DNA解析からはTP53 (4/10); GNAS, ARID1A (3/10); RNF43, AKT1 (2/10); SMAD4, CDKN2A, BRAF, PTEN (1/10)で変異が認められた。IPMNにおいては融合遺伝子が検出されなかったが、DNAシーケンスで多種類の変異が認められた（GNAS (8/11), TP53 (7/11), ARID1A (4/11), RNF43 (4/11), CDKN2A, SMAD4, EGFR (3/11); MAP2K1, ERBB4, TGFBR2, MET (2/11); BRAF, AKT1, CTNNB1, STK11, PTEN, ALK, FGFR1, FGFR2, FGFR3, DDR2 (1/11)）。これら合計21病変（19症例）の遺伝子、融合遺伝子解析より見えてきたKRAS変異（-）膵癌・IPMNの特徴として①colloid癌における融合遺伝子の関与(2/4)、②通常型膵管癌では稀なドライバー遺伝子変異AKT1遺伝子変異の関与(2/4)である。これらの異常はIPMNにおいても稀であるため、KRAS変異陰性膵癌、特にcolloid癌の発生に関連する異常であることが示唆される。
現在までの達成度 (区分)	現在までの達成度 (区分) 2: おおむね順調に進展している理由本実験はおおむね終了したが、その結果より追加実験（valication）の必要が生じた。1年研究期間を延長し、valication研究を追加することで、本研究課題の科学的価値を高めることができる。
今後の研究の推進方策	この10例の解析で検出した融合遺伝子や遺伝子異常の、KRAS変異陰性膵管癌における発生頻度と分布をみる必要がある。2022年度は、KRAS変異陰性膵癌の症例を追加し、検証することを計画している。当センターでは主にEUS-FNA検体で膵管癌と病理診断された1394例に対してKRAS遺伝子変異解析を行っており、このうち66例のKRAS変異陰性症例がある。このコホートを用い、上記の遺伝子解析で明らかにされた分子異常（遺伝子変異 BRAF, AKT1）、融合遺伝子（ALK, BRAF, FGFR2, NRG1）の頻度と分布について検証実験を行う。
次年度使用額が生じた理由	本年度研究から新たな知見が得られたが、本研究の科学的価値を高めるため、この結果を検証する必要が生じた。残りの助成金を用いて次年度に追加実験を行う。具体的には、当科では主にEUS-FNA検体で膵管癌と病理診断された1394例に対してKRAS遺伝子変異解析を行っており、このうち66例のKRAS変異陰性症例がある。このコホートを用い、上記のNGS解析で明らかにされた分子異常（遺伝子変異 BRAF, AKT1）、融合遺伝子（ALK, BRAF, FGFR2, NRG1）の頻度と分布について調べる。