| 研究課題/領域番号 |
19K07442
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| 研究機関 | 北里大学 |
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研究代表者 |
渡邉 真理子 北里大学, 医療衛生学部, 助教 (90270701)
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| 研究分担者 |
堀江 良一 北里大学, 医療衛生学部, 教授 (80229228)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | EBウイルス / LCL / アレイCGH法 / RNAシークエンス / CD30 ligand |
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| 研究実績の概要 |
これまでの研究で、樹立した2種類のEBウイルス感染B細胞株であるLCL (Lymphoblastoid cell line)を用い、CD30刺激による細胞分裂障害とゲノム異常誘発のモデルを作製した。
今年度はこのモデルを用いてCD30刺激を行い、回収したLCL細胞からDNA、RNAを抽出してアレイCGH（Comparative Genomic Hybridization) 法およびRNAシークエンス解析を行い、CD30刺激に伴うDNAのコピー数変化や遺伝子発現変化の網羅的解析を行った。LCL細胞1株当たりN=3で解析を進めたところ、アレイCGH法で一部の実験を再度行う必要があることが判明した。統計学的な解析を行うためには、N=3で解析を進める必要があり再実験を行った。得られたアレイCGH法のデータならびにRNA シークエンスで得られたデータのさらなる解析整理を進め、病態進展に伴う遺伝子マーカーの同定や腫瘍化メカニズムの解明に繋がる遺伝子の探索を行なった。アレイCGH法による解析では、樹立した2種類のLCLで、CD30刺激により誘発されるゲノム異常としてZCCHC11、HPS3、NEUROG2、SEC63、MTBP、SYK、KNDC1、EFNB2、PKN1を特定した。また、RNAシークエンス解析の結果から、2種類のLCLで157遺伝子において発現量が有意に変動（2倍以上の増加あるいは1/2以下の減少）していることが明らかとなった。Gene Ontology （GO）解析の結果、生物学的プロセスのGO Termのトップ3としてmodylation by virus of host morpholory or physiology、immune response、response to hypoxiaがあげられ、LCLにおいてCD30シグナルは免疫応答や低酸素応答に関与することが推察された。
今後はこれらの結果を論文としてまとめる計画である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
コロナ禍により多少遅れてはいるが、ほぼ計画通りに遂行できている。
アレイCGH(array comparative genomic hybridization)法でゲノム異常の解析を行った際、LCL細胞1株当たりN=3で解析を進めたところ、一部の実験を再度行う必要があることが判明した。統計学的な解析を行うためにはN=3で解析を進める必要があり、再実験を行い今年度末にデータを得ることができた。
アレイCGHによるゲノム異常の解析ではLCLごとにかなりバラツキがあり、CD30が特定の領域にゲノム異常を誘発するというよりはゲノム不安定性の誘発に関与すると考えられた。したがってターゲット領域のゲノム解析は行わず、RNA シークエンスの結果も踏まえて予後マーカについて検討していく予定である。
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| 今後の研究の推進方策 |
アレイCGHとRNAシークエンスの結果も踏まえた予後マーカについての検討と並行して、論文作成のためのデータ解析ならびに必要な追加実験を行い、論文として投稿予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
2021年度で終了予定であったが、アレイCGH（array comparative genomic hybridization）法でゲノム異常の解析を行った際、LCL細胞1株当たりN=3で解析を進めたところ一部の実験を再度行う必要があることが判明した。統計学的な解析を行うためにはN=3で解析を進める必要があり、再実験を行い今年度末にデータを得ることができたが、論文としてまとめあげることができなかった。
生じた次年度使用額は、論文作成のための追加実験費および論文校正費にあてる予定である。
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