| 研究課題/領域番号 |
19K07527
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| 研究機関 | 東京女子医科大学 |
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研究代表者 |
本間 一 東京女子医科大学, 医学部, 講師 (10617468)
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| 研究分担者 |
有末 伸子 大阪大学, 微生物病研究所, 助教 (00242339)
市野 進一郎 国立民族学博物館, 人類基礎理論研究部, 特任助教 (30402754)
塚原 高広 名寄市立大学, 保健福祉学部, 教授 (90328378)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | Plasmodium / キツネザル / マダガスカル / ゲノム / 分子疫学 / 進化系統解析 / 動物園 |
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| 研究実績の概要 |
マダガスカルの野生キツネザルに寄生するマラリア原虫類の分子疫学および新規ゲノム解析を行うことを目的とした研究であるが、コロナ禍の影響により本年度も海外調査はできなかった。そこで、国内の動物園から提供を受けたキツネザルおよびその近縁サル種の糞便検体について、アンプリコンメタゲノム解析による病原体の網羅的検出を行った。まず、非侵襲的に採集された検体についてマイクロサテライト解析による個体識別解析を行った。次に、別個体から排出されたと識別された検体に由来する糞便DNAを用いて、原核生物の16S rRNA遺伝子と真核生物の18S rRNA遺伝子を標的としたアンプリコンをPCRにより得て、イルミナMiSeqでシーケンス解析を行った。得られたシーケンスデータを用いて糞便中の微生物・寄生虫の群集構造を明らかにするため、バイオインフォマティクス解析のパイプラインを構築した。構築したパイプラインを用いてシーケンスデータを解析を進め、糞便検体に構成される多様な生物群集が明らかになりつつある。これまで得られた結果では、キツネザル糞便からはブラストシスティス、アメーバ、トリコモナスなどの原虫や、糞線虫などの線虫類といった多様な生物種が検出された。糞便中に構成される真核生物と原核生物の生物群集を非計量多次元尺度法 (non metric multidimensional scaling, NMDS)により可視化したところ、宿主のサル種の違いにより糞便中の生物群集も異なることが示唆された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
4: 遅れている
理由
新型コロナウイルスSARS-CoV-2の流行が未だ収束を見せず、海外調査は難しい状況にあり、当初の計画遂行はできていない。研究の進捗は遅れている。
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| 今後の研究の推進方策 |
海外調査は難しい状況が続くものと予想されるが、新型コロナウイルスの感染状況次第では調査を行う。国内動物園より提供いただいた試料について、メタゲノム解析をさらに進めていく。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
コロナ禍の影響もあり当初の研究計画遂行は困難な状況にあり、進捗に遅れが出ていることから次年度使用額が生じた。海外調査にかかる諸経費や次世代シーケンス解析に使用する。
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