遺伝性消化管腫瘍症候群の遺伝学的検査の深化と次世代型遺伝医療の基盤研究

2019 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 19K07763
• 研究機関: 近畿大学
• 研究代表者: 田村 和朗 近畿大学, 理工学部, 客員教授 (20278823)
• 研究分担者: 冨田 尚裕 兵庫医科大学, 医学部, 名誉教授 (00252643) ; 川下 理日人 近畿大学, 理工学部, 講師 (00423111)
• 研究期間 (年度): 2019-04-01 – 2022-03-31
• キーワード: 遺伝性腫瘍 / 二次的所見 / 遺伝学的検査 / 発症前診断 / バイオインフォマティクス / がんゲノム医療 / コンパニオン診断

研究実績の概要

がんゲノム医療進展とともに二次的所見としての遺伝性腫瘍の検出率は高まっており、その適切な対応はがん対策において重要な課題である。家族集積性、若年性、多発性/多重性など、臨床および遺伝疫学的情報に基づく場合、またコンパニオン診断やがん遺伝子パネル検査の結果から遺伝性腫瘍の診断に至る場合があるが、いずれにしても遺伝学的検査の精度の向上が求められている。マルチ遺伝子パネル検査、サンガー法と、新たに開発したcopy number variation(CNV) 解析法（Nested PCR based quantitative CNV analysis(NPQ-CNV), 特願2016-235223, 特願2017-232450）を併用して適切な診断がなされる方法を探索してきた。
また、家系のマネージメントや定期的な術後追跡調査が高いコンプライアンスをもって維持でき、個々の情報更新が間段なく遂行できるよう近畿大学で開発した家系情報ソフトGenieDraw（特願2013－205265、特願2014-201918）に遺伝学的リスク評価を自動で算出する機能を加え用いている。
さらに検出されたバリアントに対してはバイオインフォマティクス解析を行い、新たな観点から病的意義づけを行ってきた。
疾患として、家族性腺腫性ポリポーシス、MUTYH関連ポリポーシス、ポリメラーゼ校正関連ポリポーシス、若年性ポリポーシス、PTEN過誤腫症候群（カウデン病）、ポイツ・ジェガーズ症候群、リンチ症候群、遺伝性乳がん卵巣がん症候群、リ・フラウメニ症候群等を対象に遺伝学的検査と家系員の発症前診断を進めてきた。
さらにミスマッチ修復遺伝子異常にかかわるマイクロサテライト不安定性（MSI）に関し、通常の1～2 塩基対の反復のみならず、4塩基対の反復配列における不安定性（EMAST）に関してもその意義と臨床応用について検討している。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

従来は臨床および遺伝疫学的特徴を基に遺伝学的検査にいたった例が多くを占めたが、最近は遺伝性乳がん卵巣がん症候群に対する治療薬の開発でコンパニオン診断を介して診断に至る例が増加してきた。また、マイクロサテライト不安定性を有する固形癌に免疫チェックポイント阻害剤が適応になり、ミスマッチ修復遺伝子産物の機能不全をきたすリンチ症候群やconstitutional mismatch repair deficiencyの診断例が増加してきた。
検出されたバリアントに対しては従来のin silico解析に加え、フラグメント分子軌道法 (FMO法)を用いて、正確に意義付けが可能と考えている。
これらは、国内外の学術集会で報告するとともに、家族性腺腫性ポリポーシス、リンチ症候群に関して誌上発表（英文誌）するとともに、さららに誌上報告の準備を行っている。

今後の研究の推進方策

遺伝性腫瘍は稀な疾患として認識されてきた。一方、腫瘍の数パーセントを占めることもよく認識されている。年間100万人の腫瘍が検出される昨今、遺伝性腫瘍の総数は相当数あり、当事者およびその家系員へのその対応は適切に行われる必要がある。その際、遺伝学的検査の精度向上はもとより検出結果の適切な評価が望まれる。解析の向上のためには生殖細胞系列と腫瘍組織のDNA、RNA両面からの解析が必要と考えている。また、バイオインフォマティクスの向上が必要と考え、フラグメント分子軌道法 (FMO法)のさらなる改良が望まれる。
さらに臨床および遺伝情報とゲノム情報を統合し、当事者および家系員の健康管理ツールの開発も必要と考えている。そのために、①有用な臨床還元可能なゲノム情報の抽出、②化学療法の薬剤選定の支援：遺伝学的検査結果によるコンパニオン診断、③遺伝カウンセリングと癌対策：多職種によるがんゲノム医療による「精密予防(precision prevention)」、「精密医療(precision medicine)」、「精密ケア(precision care)」の実践行い、次世代のモデル化を図っていく必要がある。

次年度使用額が生じた理由

（1）旅費に関しては国際学会の時期が当該年度外になり、予算執行がかなわなかった。（2）人件費・謝金はデータ整理などが研究者間でスムーズに行われたため、使用する機会がなかった。

研究成果

• [雑誌論文] Long-term clinical outcomes and follow-up status in Japanese patients with familial adenomatous polyposis after radical surgery: a descriptive, retrospective cohort study from a single institute (2020)
  • 著者名/発表者名: Babaya A, YamanoT, MatsubaraT, TakenakaY, SongJ, KimuraK, YasuharaM, KataokaK, Beppu N, UchinoM, IkedaM, IkeuchiH, MatsubaraM,TamuraK, Tomita N
  • 雑誌名: International Journal of Colorectal Disease 巻: 35 ページ: 675-684
  • DOI: https://doi.org/10.1007/s00384-020-03524-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Importance of Gastric Cancer for the Diagnosis and Surveillance of Japanese Lynch Syndrome Patients (2019)
  • 著者名/発表者名: Ikenoue T, Arai M, Ishioka C, Iwama T, Kaneko S, Matsubara N, Moriya Y, Nomizu T, Sugano K, Tamura K, Tomita N, Yoshida T, Sugihara K, Naruse H, Yamaguchi K, Nojima M, Nakamura Y, Furukawa Y; Japanese society for cancer of the colon and rectum (JSCCR)
  • 雑誌名: J Hum Genet. 巻: 64 ページ: 1187-1194
  • DOI: 10.1038/s10038-019-0674-5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genetic and genomic basis of the mismatch repair system involved in Lynch syndrome. (2019)
  • 著者名/発表者名: Tamura K, Kaneda M, Futagawa M, Takeshita M, Kim S, Nakama M, Kawashita N, Tatsumi-Miyajima J.
  • 雑誌名: Int J Clin Oncol 巻: 24 ページ: 999-1011
  • DOI: 10.1007/s10147-019-01494-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 脊髄小脳変性症の遺伝子診断と近畿圏における病型 (2019)
  • 著者名/発表者名: 仲間美奈, 西郷和真, 平野牧人, 濱田征宏, 金城ちなつ, 寒川 真, 長谷川隆典, 北口正孝, 三井良之, 巽 純子, 田村和朗, 楠 進
  • 雑誌名: 日本遺伝カウンセリング学会誌 巻: 40 ページ: 95-100
  • 査読あり
• [雑誌論文] 認定遺伝カウンセラー®の雇用に対する検査会社の視点 (2019)
  • 著者名/発表者名: 仲間美奈, 白山大揮, 田村和朗, 川下理日人, 萩原央記, 巽 純子, 南 武志
  • 雑誌名: 日本遺伝カウンセリング学会誌 巻: 40 ページ: 85-93
  • 査読あり
• [学会発表] Genetic testing for Juvenile Polyposis Syndrome (2020)
  • 著者名/発表者名: Kato F, Tamura K
  • 学会等名: Second International Cancer Research Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] Knowledge level and learning needs regarding genomic medicine of nurses and counseling staff in cancer medical care (2020)
  • 著者名/発表者名: Araki M, Takeshita M, Seto T, Moriwaki S, Nakama M, Saigoh K, Tamura K, Tatsumi-Miyajima J
  • 学会等名: Second International Cancer Research Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] Implications of Elevated Microsatellite Alterations at Selected Tetranucleotide repeats (EMAST) analysis in colorectal cancer (2020)
  • 著者名/発表者名: Taniguchi M, Tamura K
  • 学会等名: Second International Cancer Research Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] Li-Fraumeni症候群の遺伝学的検査とその意義 (2019)
  • 著者名/発表者名: 加藤芙美乃、木戸滋子、尾崎依里奈、江口真理子、西久保敏也、冨田尚裕、田村和朗
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第64回大会
• [学会発表] 大腸がんにおける塩基除去修復遺伝子OGG1異常 (2019)
  • 著者名/発表者名: 小野 嶺、加藤芙美乃、谷口真紀、冨田尚裕、田村和朗
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第64回大会
• [学会発表] がんの遺伝カウンセリングのための家系図管理の実際 (2019)
  • 著者名/発表者名: 菅原宏美、秋丸憲子、浦川優作、日下 咲、巽 純子、田村和朗
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第64回大会
• [学会発表] MUTYH遺伝のスプライスバリアント量が大腸がんに関与する (2019)
  • 著者名/発表者名: 田村和朗、兼田宗英、二川摩周、竹下美保、谷口真紀、加藤芙美乃、冨田尚裕
  • 学会等名: 第25回日本家族性腫瘍学会学術集会
• [学会発表] 大腸がんにおけるEMAST(Elevated Microsatellite Alterations at Selected Tetranucleotide repeats)解析の意義 (2019)
  • 著者名/発表者名: 竹下美保、谷口真紀、加藤芙美乃、二川摩周、兼田宗英、冨田尚裕、田村和朗
  • 学会等名: 第25回日本家族性腫瘍学会学術集会
• [学会発表] 遺伝性消化管腫瘍のゲノム解析と臨床的意義 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田村和朗
  • 学会等名: 第38回消化器病態生理勉強会
  • 招待講演
• [学会発表] ゲノム医療時代のチーム医療 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田村和朗
  • 学会等名: 第25回関西がんチーム医療研究会
  • 招待講演
• [学会発表] Quantitative balance of splice variants of the MUTYH gene is involved in colorectal cancer (2019)
  • 著者名/発表者名: Tamura K, Tomita N
  • 学会等名: 第78回日本癌学会