| 研究課題/領域番号 |
19K08554
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| 研究機関 | 金沢大学 |
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研究代表者 |
吉田 昌平 金沢大学, 附属病院, 助教 (30623657)
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| 研究分担者 |
野村 章洋 金沢大学, 附属病院, 特任准教授 (30707542)
細道 一善 金沢大学, 医学系, 准教授 (50420948)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | 心臓サルコイドーシス / RNA-seq / サルコイドーシス / JAK-STAT |
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| 研究実績の概要 |
本研究の目的は、心臓サルコイドーシスの心筋における転写産物(トランスクリプトーム)と、HLAタイピングに着目したゲノムシークエンスの解析を行い、心臓サルコイドーシスの病態を明らかにすることである。現在までに集積したサルコイドーシス症例を、心臓病変がある群と心臓病変がない群に群分けをしてRNA-seqを行なった。
すでに確立していた心筋生検検体からのmRNA抽出、ライブラリ作成、シークエンスの流れを用いで、十分なRNAリードデータが得られた。検体の中で２検体はPCAプロットにより外れ値と判断され、396個のDEGsが同定された。
さらにパスウェイ解析を行ったところ、心臓病変をもつサルコイドーシス症例において心臓発生に関するBMPシグナルとJAK-STATを介したIL-5シグナルに関するパスウェイの活性化が認められた。
難治性の皮膚サルコイドーシスに対してJAK2阻害剤を使用して皮膚症状の改善を認めたという報告があり、本パスウェイは心臓サルコイドーシスの病態にも関与している可能性、ひいては難治性心臓サルコイドーシスの治療に応用できる可能性があると考えた。
血液から抽出したDNAに対して次世代シークエンサーを用いた全ゲノム解析を予定していたが、今回のRNA-seqにおいて興味深いパスウェイが同定されたため、まずパラフィン切片に包埋されている検体に対してBMP、JAK-STATの免疫染色を行う予定としている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
心臓サルコイドーシスの症例を集積する過程で、心臓サルコイドーシスが疑われたが、心筋生検も含めて精査を行ったのちに心臓病変は認めないサルコイドーシスと判断された症例を数例認めた。そこで、現在までに集積したサルコイドーシス症例を、心臓病変がある群11例と心臓病変がない群3例に群分けをしてRNA-seqを行なった。
2サンプルがPCAplotで外れ値と判断されたため、26サンプルでの解析を行い、396個のdefferential expression genesを同定した。さらにそれを元にしてパスウェイ解析を行ったところ、心臓病変をもつサルコイドーシス症例において心臓発生に関するBMPシグナルとJAK-STATを介したIL-5シグナルに関するパスウェイの活性化が認められた(FDR=6.1x10-3)。
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| 今後の研究の推進方策 |
血液から抽出したDNAに対して次世代シークエンサーでの全ゲノム解析を予定していたが、興味深いパスウェイが同定されたため、まずパラフィン切片に包埋されている検体に対してBMP、JAK-STATの免疫染色を行う予定としている。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
ほぼ予定通りである。次年度使用分は抗体の購入、全ゲノムシークエンスに当てる予定としている。
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