| 研究課題/領域番号 |
19K09137
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
田中 敏明 東京大学, 医学部附属病院, 届出研究員 (30647540)
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| 研究分担者 |
石原 聡一郎 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (00376443)
畑 啓介 東京大学, 医学部附属病院, 特任講師 (60526755) [辞退]
野澤 宏彰 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (80529173)
川合 一茂 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (80571942)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | ミトコンドリアDNA / 潰瘍性大腸炎関連大腸癌 |
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| 研究実績の概要 |
2020年は、東京大学腫瘍外科教室の潰瘍性大腸炎手術検体から凍結切片を得られた32例について、DNA抽出を行うとともに、患者臨床情報の収集・匿名化処理を行い、ライブラリー調製まで到達していた。本年は、調製したライブラリーをNGSにて解析する予定であったが、ライブラリー調整後のサンプルの定量を行ったところ、収量が低くNGS解析に適する規定コピー数が確保できなかった。そのため、再度調製を行うために、QIAGEN 333502 QIAseq Targeted DNA PanelならびにAgilent High Sensitivity DNA Kit (Agilent 5067-4626) 等の試薬を再度新規購入するとともに、学外の共同研究者を大学に招聘し指導下で予備のサンプルで調製手技を確認したのち、再度32サンプルについて調製を行った。結果、全てでサンプル濃度100nM以上の十分な収量を得られた。続くNGS解析のために、4月1日付けでサンプルをNGS解析施設に発送、解析結果を待っている。今後は、NGSの出力データを共同研究者の元で解析を行い、研究責任者が臨床情報との関連を検討する予定である。また、東京大学腫瘍外科学教室で行われた2020年度の潰瘍性大腸炎サンプルについても、凍結保存を継続して行い21例採取、今後追加して解析できる様にDNA抽出を行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
昨年度調製したライブラリーの収量が非常に低かったため、手技指導や再度の調製を行ったため、予定よりも進捗が遅れた。手技指導や再度の調製についても、コロナ下での大学の入構制限など重なり、手技の遂行に時間を要した。
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| 今後の研究の推進方策 |
本年度前半には、NGSの解析のデータ結果が判明し、その後、データ処理は共同研究者により施行、臨床情報との関連についての検討は、研究責任者が行う予定。本年は、学会での発表は、コロナ下であり、開催状況により行いうるかは不明。学会発表の有無にかかわらず、論文発表は行う方針。
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