| 研究実績の概要 |
昨年度、ブタNAFLD肝癌切片におけるイメージング質量分析による空間プロテオミクス、同連続切片からLC-MS/MSを利用し、抽出されたタンパクのannotationを加えた質的プロテオミクスを融合することにより、癌部に高発現するPeptide/Proteinとして以下の7つを同定した。①Glutamate dehydorogenase 1,②Vimentin,③Serum albumin, ④Myosin-9, ⑤Complement C3, ⑥Malate dehydrogenase, ⑦60S ribosomal protein L29。今年度、DAVID（The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery）を使用し、LC-MS/MSにて得られたデータにfunctional annotationを追加する試みを行った。癌部が正常肝部に比較して、Significance >= 20, 絶対値Fold Change >= 2を閾値として高発現している遺伝子数は8個、Significance >= 20, 絶対値Fold Change <= 1/2を閾値として低発現している遺伝子数は29個であった。対応遺伝子数が少なすぎるという観点からclustering不十分であり、Significance >= 10, 絶対値Fold Change >= 1.5, or <= 1/1.5に下げたところ、高発現遺伝子は10個、低発現遺伝子は35個であった。それらはそれぞれfunctional annotation clusteringとして、2つと5つのclusterに分類された。
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