| 研究課題/領域番号 |
19K09923
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| 研究機関 | 国立研究開発法人国立がん研究センター |
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研究代表者 |
小林 謙也 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (80648311)
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| 研究分担者 |
森 泰昌 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (00296708)
吉本 世一 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (00462242)
安藤 瑞生 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (60511467)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | 頭頸部癌 / 腫瘍内不均一性 / ゲノム進化 |
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| 研究実績の概要 |
本研究は予後不良頭頸部扁平上皮癌の時間的・空間的な腫瘍内不均一性を解明することを目的としている。標準治療367例から抽出した、局所頸部再発症例６３例の初回腫瘍、再発腫瘍126検体のフルカバレッジのTP53変異解析、PIK3CA、AKT、HRASの変異解析を次世代シークエンサーにて施行した。初回治療は原則的には外科的切除が施行されており、術後断端陽性例、頸部節外浸潤陽性例に対しては術後化学・放射線を行っていた。TP53に関しては、22%で新たな変異が蓄積しており、16%で初回治療に認めていた変異が消失していた。変異型に関しては、ナンセンス変異が41%、ミスセンス変異が59%であり、これは、初回腫瘍における変異型と比率に差は認めなかった。およそ1/3の症例で初回変異ステータスと再発変異ステータスが異なっていた。TP53の蓄積は口腔癌で、TP53変異の消失は咽頭喉頭癌で多い傾向あった。PIK3AC、AKT、HRASは初回変異を引きついた症例はみとめなかった。初回腫瘍と再発腫瘍を深くシーケンスすることで、腫瘍発育、再発の時間経過と共に、TP53に新たな変異が入ることが明らかになった。また、変異ステータスはことなっており、腫瘍内不均一性の存在が明らかになった。変異の蓄積、消失に関しては、腫瘍の局在が関与しており、亜部位によって異なる衛生環境や栄養環境やゲノムが関与していることが明らかになった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
今年度は367例のコホートより局所再発予後不良症例63例を抽出し次世代シーケンサーによる変異解析を行った。TP53の全エクソン領域を詳細に解析するため、24のアンプリコンを独自で作成し、depthを深く設定してTP53全エクソンシーケンスを実施した。FFPE検体はホルマリン固定によってDNAが断片化するため、核酸検査には限界があると考えられている。そのため、アンプリコンサイズを小さくし、お互いを重複させるようにプライマーを設定する工夫を行った。これらの工夫に時間を要した。
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| 今後の研究の推進方策 |
ゲノムの変化も含めた予後不良因子を解析を行い、初回腫瘍と再発腫瘍のゲノム変化が予後に及ぼす影響を明らかにする。現在はTP53、PIK3CA、AKT、HRAS、の変異を解析したのみであるが、WESを施行し多数の遺伝子の変異の変化を明らかにする。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
計画が遅れ今年度施行できなかった研究を翌年度に送らせて施行する予定である。
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