| 研究課題/領域番号 |
19K10703
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| 研究機関 | 科学警察研究所 |
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研究代表者 |
武藤 淳二 科学警察研究所, 法科学第一部, 主任研究官 (80432186)
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| 研究分担者 |
堀田 明豊 国立感染症研究所, 獣医科学部, 主任研究官 (90392323)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | 次世代シークエンス / ロングリード / 野兎病菌 / ナノポアシーケンサー / 臓器試料 / ゲノム解析 / fastq / EPI2ME |
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| 研究実績の概要 |
昨年度、ノウサギ屍体の血餅サンプルの解析において、EPI2MEによるリード解析とCLCゲノミクスワークベンチによるマッピング解析で結果に相違が見られたことから、作成したツールで各菌種のリードを取り出し、リードの情報解析を先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（先進ゲノム支援）の支援を受けて実施した。具体的には、腐敗および死後２日屍体の血餅サンプルデータからEPI2MEで大腸菌、野兎病菌、Shigella boydiiおよびYersinia enterocoliticaと分類されたリード、死後２日屍体の脾臓サンプルデータから野兎病菌およびPuccinia graminisと分類されたリードを取り出し、菌種ごとにリードの詳細な解析を行った。死後２日屍体サンプルのリードを解析した結果、野兎病菌と分類されたリードは野兎病菌由来であったのに対し、それ以外のリードは宿主由来であった。一方、腐敗屍体サンプルのリードを解析した結果、野兎病菌と分類されたリードは野兎病菌由来であったが、それ以外のリードはYersinia enterocoliticaや大腸菌など原核生物に由来するリードであった。またナノポアシーケンスにもかかわらず、どのサンプルもリード長が短かったことが分かり、低分子DNA除去などロングリードを得るのに適したサンプル調製法について知見が得られた。この結果に基づき、死後２日屍体サンプルのデータを宿主の代表としてユキウサギのゲノムにマッピングし、マッピングされなかったリードをEPI2ME解析したところ、宿主や野兎病菌以外の細菌に分類されるリード数の大幅な減少が確認された。また、ロングリードを得るのに適した方法で腐敗屍体血餅サンプルを調製し直し、ナノポアシーケンスしたデータをNanoPlotで解析したところ、クオリティの向上は見られなかったが、平均リード長の３倍近い増加が確認された。
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