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2022 年度 実績報告書

アクチンフィラメントの伸長制御蛋白質によるアロステリックな結合解離機構の研究

研究課題

研究課題/領域番号 19K12217
研究機関名古屋大学

研究代表者

小池 亮太郎  名古屋大学, 情報学研究科, 助教 (20381577)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
キーワード動的構造 / 分子シミュレーション / アクチン
研究実績の概要

アクチンフィラメントの伸長は細胞の変形や運動という普遍的な生命現象に直結しており,多数の蛋白質によって制御される.キャッピング蛋白質(CP)はフィラメントの端に結合しその伸長を止めるが,CARMIL蛋白質はCPと結合し,フィラメントに結合したCPを引きはがすことができる.この結合解離の分子機構の調査を行ってきた.
ここではCPとの結合様式が詳細に明らかになっているV-1蛋白質をアクチンの代わりに用いた.CP/V-1複合体にCARMILが結合したモデル構造を作成し,CARMILがCPとV-1の結合を解離させる様子の計算機シミュレーションを試みた.これまでに得られたデータの中には,CPの運動の様子が徐々に変化しているものがあり,CP中の局所的な部位の運動が盛んになっていた.その部位の中にはV-1の結合に関わるものも含まれる.このことはCARMILがV-1結合部位の運動に作用することで,解離を促すモデルを示唆する.
また,CPの運動に影響するCARMILの部位を調べるために,弾性ネットワークモデルを使った解析を行った.これにより,CARMILのどの部位が運動に与える影響が大きいか推定することができる.本研究期間中にはアクチン制御蛋白質の1つであるTwinfilinの末端部分(TW-tail)がCPと結合している構造が新たに解明された.TW-tailとCPの結合部位とCARMILのそれとは良く重なる.しかし,TW-tailはCARMILとは異なりCPとV-1の結合を阻害しない.最終年度にはTW-tailについても同様に弾性ネットワークモデルを使った網羅的な解析を行った.これにより,TW-tailのどの部位もCARMILほど大きくCPの運動を変えないことが分かった.また,TW-tailとCARMILのCPへの結合を対比することで,CARMILが運動に影響を与える部位の特徴を明らかにした.

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2022

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Structures and mechanisms of actin ATP hydrolysis2022

    • 著者名/発表者名
      Kanematsu Yusuke、Narita Akihiro、Oda Toshiro、Koike Ryotaro、Ota Motonori、Takano Yu、Moritsugu Kei、Fujiwara Ikuko、Tanaka Kotaro、Komatsu Hideyuki、Nagae Takayuki、Watanabe Nobuhisa、Iwasa Mitsusada、Ma?da Yuichiro、Takeda Shuichi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 ページ: e2122641119

    • DOI

      10.1073/pnas.2122641119

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Structural changes of ATPase complexes in the PDB2022

    • 著者名/発表者名
      Ryotaro Koike
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会
  • [学会発表] 天然変性タンパク質データベース:IDEAL2022

    • 著者名/発表者名
      ANBO Hiroto, SAKUMA Koya, KADO Yumiko, SAKAMOTO Shigetaka, HOSODA Kazuo, SHIKAMA Noriko, DAIYASU Hiromi, TAKAGI Daisuke, YAMAGUCHI Atsuko, HATANAKA Hideki, KOIKE Ryotaro, HIROAKI Hidekazu, FUKUCHI Satoshi, OTA Motonori
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2022

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公開日: 2023-12-25  

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