| 研究課題/領域番号 |
19K12224
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| 研究機関 | 創価大学 |
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研究代表者 |
藤原 和夫 創価大学, 理工学部, 准教授 (90409780)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2024-03-31
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| キーワード | タンパク質－タンパク質相互作用 / 分類 / 二次構造 |
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| 研究実績の概要 |
本研究は、立体構造によらず相互作用面のみの構造により複合体を分類する手法を開発し、分類結果をWEBサイトOLIGAMIにおいて公開することを目的としている。
シングルドメインの蛋白質からなる二量体について7671PDBエントリ、3702立体構造類似グループ、1526相互作用面類似グループのデータセットを構築し、解析を行った。PDBエントリ毎に相互作用面全体に存在する接触残基ペアの二次構造について調査し、接触二次構造ペア数を算出した。また、相互作用面に存在する二次構造の割合に基づき7種類のInterface classを作成した。
本年度は、7種類のInterface classそれぞれにおいて、相互作用面に存在する二次構造（同一鎖内）の配向情報を用いて階層的クラスタリングを行った。ヘリックスとヘリックス、ヘリックスとストランド、ストランドとストランドの間の角度をそれぞれ算出し、３残基以上の接触がある場合は並行か逆並行に分け、接触数が少ない場合はその他とした。これらの個数をまとめたデータを作成し、階層的クラスタリングに用いた。例えば、1964の構造が分類されたEN:EN Interface classでは、5クラスターに分割した。目視で構造を確認した結果、(1)αヘリックス間の接触を持たない複合体、(2)分子間βシートを形成していて平行・逆平行以外の角度で多くの接触がみられる複合体、(3)分子間βシートを持たない複合体、(4)分子間βシートを形成している複合体、(5)αヘリックスの接触も確認ができる複合体に分類された。
今後、他のInterface classのクラスタリング結果を確認し、二次構造配向情報の改良を行い、クラスター内の複合体を鎖間の接触情報を用いてさらに階層的クラスタリングにより分割を行う。また、ホームページ上に公開することも計画している。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
本年度は、分類に機械学習を取り入れるという計画を予定通り実行できた。ただ、まだ全ての結果についての評価を行えていないので、「やや遅れている」とした。遅れの原因としては、コロナ禍ということで、大学の授業がオンラインとなり、そのために多くの労力が必要となったため研究に掛けられる時間が激減したことが挙げられる。
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| 今後の研究の推進方策 |
オンライン授業にも慣れてきたので、今後は、計画通り進められる予定である。
また、予定より多くの学生が来てくれたので、分類結果の検証とホームページへのデータの反映の作業の進みは良くなる予定である。したがって、研究計画の変更はしないでも当初の予定に追いつくと考えている。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
コロナ禍で出張がなくなり、予定していた旅費を使用しなかったため。
翌年度の使用計画としては、遅れを取り戻すためにアルバイトを多く利用し、人件費として使用する。
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