| 研究課題/領域番号 |
19K12376
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| 研究機関 | 神戸市環境保健研究所 |
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研究代表者 |
中西 典子 神戸市環境保健研究所, その他部局等, 研究員 (50615490)
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| 研究分担者 |
野本 竜平 神戸市環境保健研究所, その他部局等, 研究員 (60642238)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | レジオネラ属菌 / 比較ゲノム / アメーバ類 / 増殖能 / 菌種間相互作用 |
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| 研究実績の概要 |
本研究では、アメーバ内のレジオネラ属菌種間の相互作用に着目し、アメーバ内での動態およびゲノムワイドな多株比較解析からレジオネラ属菌種間のゲノム上の可動性遺伝領域の構造及び組換えの実態を明らかにし、さらにオミクス解析によるアメーバ内のレジオネラ属菌の挙動を分子レベルで明らかにする。
本年度は、アメーバ内でのレジオネラ属菌の挙動を把握するために、種々の環境からL. pneumophilaとともに分離されたレジオネラ属菌の代表株を選定し、浴槽水由来L. londiniensis、L. israelensis、L. micdadei、L. cherrii、L. rubrilucens、L. gormanii、冷却塔由来のL. rubrilucens、L. anisa、土壌由来のL. longbeachaeについて、ドラフトゲノムを決定した。今後、これらの菌株についてはNanoporeと併せて完全長配列を決定するために、L. pneumophilaでMinIONを併用した完全長配列決定が簡単に実施可能であることを確認した。今後、これらの菌株について完全長配列を決定し、RNA-seqによるトランスクリプトーム解析のためのリファレンス配列として使用する。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
4: 遅れている
理由
新型コロナウイルス感染症の流行に伴い業務量が増加し、本研究のエフォートが下がってしまったため、進行が遅れている。
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| 今後の研究の推進方策 |
現在までの計画の遅れを取り戻すために、下記の項目について集中的に実施する予定である。
アメーバ内でのレジオネラ属菌の挙動を把握するためにオミクス解析を実施する。さらに、アメーバ内におけるレジオネラ属菌異種間相互作用について、多株比較ゲノム解析からゲノム上の可動性遺伝領域（MGEs）の構造比較や組換えによるゲノムのモザイク化についても解析し、レジオネラゲノム上の組換えに関するホットスポットを明らかにする。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
新型コロナ感染症の検査対応のため業務負担が増加し、予定していた解析が実施できなかったため。RNA-seqの試薬や比較ゲノムのための予定ゲノム解析対象株を増やし、次世代シーケンサー解析を含めた核酸配列解析用試薬として使用し、引き続き適切に予算を執行していく予定である。
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