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2020 年度 実績報告書

高速AFM/光ピンセット複合装置を用いた生体分子の機能動態の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K15409
研究機関金沢大学

研究代表者

梅田 健一  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任助教 (60746915)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
キーワード高速AFM / 光ピンセット / DNA / 生体機能動態 / 外力印加 / 生体フォールディング現象
研究実績の概要

前年度に開発を行った長鎖ヘアピンコンカテマーを用いて実験を行い、研究計画通りに高速AFMを用いて、光ピンセットにより誘起されたヘアピン構造のアンフォールディングおよびリフォールディングを可視化することに成功した。分子は基板上に吸着しているため、その吸着力を制御することは困難であり、これら二つの現象を可視化するのは難しいと考えていたが、実験系の最適化により、本目標を達成することができた。光ピンセットトラジェクトリーの解析の結果、このアンフォールディングとリフォールディングの過渡時間はいずれも1 s程度であることが分かった。ヘアピンの内在的なフォールディング時間は30μs程度であり、これよりも3万倍程度遅く観察されることが分かった。理論計算による考察により、これは分子が基板に吸着しているために、その動きが表面拡散律速になっているためであることが分かった。また、そのおかげで時間分解能が数十msである高速AFMを用いて、そのダイナミクス可視化可能であることが分かった。
更に、予想していなかった現象として、ヘアピンの根元にあるDNAの不連続性サイトを核として、ssDNAのピーリングが生じるダイナミクスの可視化にも成功した。また、そのssDNAが再度アニーリングにより、元のdsDNAに戻る過程を可視化することにも成功した。こうした現象は宙に浮いた状態では実現可能であるが、基板に吸着した状態でも、観察できたことは予想外の結果であった。更に、ピーリングに伴いssDNAの末端がヘアピン的な二次構造を形成することも分かった。この二次構造は一つあるいは二つのボール構造をとり、時々刻々と形状を変化させることが分かった。配列から二次構造をシミュレーションしたところ、おおよそ実験結果を再現できることが分かった。このように、当初予定したよりも生体フォールディング現象に関して深い知見を得ることができた。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Factors Affecting the Processivity of Chitinases during Interfacial Enzymatic Hydrolysis of Crystalline Chitin2020

    • 著者名/発表者名
      Qu Mingbo、Watanabe-Nakayama Takahiro、Sun Shaopeng、Umeda Kenichi、Guo Xiaoxi、Liu Yuansheng、Ando Toshio、Yang Qing
    • 雑誌名

      ACS Catalysis

      巻: 10 ページ: 13606~13615

    • DOI

      10.1021/acscatal.0c02751

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular-Scale Solvation Structures of Ionic Liquids on a Heterogeneously Charged Surface2020

    • 著者名/発表者名
      Umeda Kenichi、Kobayashi Kei、Minato Taketoshi、Yamada Hirofumi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 11 ページ: 8094~8099

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c02356

    • 査読あり
  • [学会発表] 高速AFM用超微小カンチレバーの開発2021

    • 著者名/発表者名
      ○片山紀希、向井智哉、梅田健一、古寺哲幸
    • 学会等名
      日本生物物理学会令和2年度中部支部会

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公開日: 2021-12-27  

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