| 研究課題/領域番号 |
19K16201
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| 研究機関 | 北里大学 |
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研究代表者 |
勝村 啓史 北里大学, 医学部, 准教授 (10649544)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | エピジェネティクス / メダカ / メチル化DNA / 表現型可塑性 |
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| 研究実績の概要 |
本研究では，自然集団における遺伝的多様性の程度とエピジェネティックな多様性の程度を，ゲノム網羅的取得するDNA配列とDNAメチル化の変動領域から求め，それら多様性が相互に関連し合うのか，それとも独立なのかを検証することを目的とする．本年度は，冬と夏で採取した野生メダカ集団を対象に，季節で大きく変動するDNAメチル化領域を検出するため，ハイスループットシークエンサーを用いたメチローム解析を進めた．加えて，2020年度に実施するゲノム多様性解析の準備を進めた．詳細は以下の通りである．
【消化管DNAを用いたMBD-seqによるDNAメチル化変動領域の同定】
香川県において冬と夏（2年間4季節）に採集したメダカを用いて，DNAメチル化が変動するゲノム領域を見つける．6集団（KSH，KEJ，KHT，KAO，KKB，KSM）より4個体ずつで4季節，計96個体を用いて，MBD（Methyl-CpG binding domain protein）-seqを実施するために，メチル化DNAを濃縮したDNAライブラリを作成した．2020年度において，ハイスループットシークエンサーに供し，季節間で大きくメチル化の程度が変化する集団を見つけることを目指す．
【RAD-seqによるゲノムワイドSNPによる遺伝的多様性の評価】
上記MBD-seqによるDNAメチル化変動領域の同定に用いた6つの集団（KSH，KEJ，KHT，KAO，KKB，KSM）について，RAD-seqによるゲノム多様性解析に用いることができるサンプル（各集団から50個体程度）を把握した．それらをRAD-seqに供するために，新規プライマーの検討と実験デザインについて構築した．
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
多少の遅れはあるものの，大方当初の研究計画通り進んでいるため．
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| 今後の研究の推進方策 |
シークエンサーにより出力された配列データの解析を進め，季節間で大きくメチル化の程度が変化する集団を検出する．また，ゲノムワイドSNPによる遺伝的多様性の評価のため，RAD-seqライブラリを作成し，ハイスループットシークエンサーに供する．
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| 次年度使用額が生じた理由 |
理由：本年度は異動後1年目であり，研究環境の整備から始めたため，ライブラリの作成と調整に時間を取られてしまった．そのため，シークエンス解析が年度をまたいでしまったので，次年度への繰越が生じた．
使用計画：ハイスループットシークエンサーの受託解析に使用する．
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