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2021 年度 実施状況報告書

心筋トランスクリプトーム解析による、遺伝性不整脈の新たな病態解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K17581
研究機関国立研究開発法人国立循環器病研究センター

研究代表者

園田 桂子  国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 研究所, 上級研究員 (90824417)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
キーワードトランスクリプトーム解析 / RNAシークエンス / 遺伝性不整脈 / リード抜去
研究実績の概要

本研究の目的は、抜去リード付着心筋やホルマリン固定パラフィン包埋検体 (FFPE検体) など、今まで解析されなかった心筋検体のトランスクリプトーム解析を行うことにより、遺伝性不整脈疾患の解明されていない原因を明らかにすることである。R2年度に当施設のFFPE検体を用いたRNAシークエンスは不可能と判断し、R3年度はリード付着検体から抽出したRNAを用いた解析を進める方針としていた。
R1年に抽出したRNAについて確認したところ、RNAの量・質ともにRNAシークエンス施行可能と判断できる基準に至っていないことが分かった。理由は、リード付着心筋自体の量が少ないこと、リード抜去から組織回収まで時間が一定にならずRNAの分解が進行している症例が多いこと、心筋からのRNA抽出効率は他組織に比べ低いことが考えられた。RNA抽出方法を再検討し、最終的にはカラムを用いた繊維組織用の抽出方法を用いて、Brugada症候群2例、肥大型心筋症1例の右室心筋から基準を満たすRNAを終出することができた。
RNAシークエンス解析では比較に用いるコントロールデータが必要である。私が使用できる正常右室心筋の組織やRNAは当施設内になかったため、市販の右室正常心筋のRNAを注文したが、今年度中に入荷しなかった。
R4年にコントロール心筋と症例心筋のRNAシークエンス解析を行う予定である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

コントロール心筋RNAの入荷がR3年度中に間に合わず、RNAスシークエンスがR4年度に延期になったため。

今後の研究の推進方策

R3年に抽出しなおした疾患症例のRNAと購入した正常心筋のRNAを用いて、次世代シークエンサーによるRNAシークエンスを施行する。次世代シークエンス用ライブラリ作
成については、市販の試薬キットを購入し、当研究室に現存する機器を用いて実施する。RNAシークエンスは、当施設の供用機器であるNextSeq (Illumina)を使用する。RNAシークエンス結果の解析は、当研究室のWorkStationとオープンソースのソフトウェアを用いて施行する。臨床所見とシークエンス解析結果の関連性について、臨床情報を当施設のバイオバンクを通して収集し、当研究所のパソコンで既にインストールされているSPSSあるいはRを用いて統計学的解析を行う。

次年度使用額が生じた理由

R3年度に予定していたRNAシークエンス解析が施行できず、次年度使用額が生じた。次年度に施行するRNAシークエンスに予算を充てる予定である。

  • 研究成果

    (1件)

すべて 2022

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件)

  • [雑誌論文] Association Between Deleterious SCN5A Variants and Ventricular Septal Defect in Young Patients With Brugada Syndrome2022

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Keisuke、Sonoda Keiko、Aoki Hisaaki、Nakamura Yuko、Watanabe Seiichi、Yoshida Yoko、Hoshino Kenji、Ozawa Junichi、Imamura Tomohiko、Aiba Takeshi、Kato Koichi、Makiyama Takeru、Kusano Kengo、Horie Minoru、Ohno Seiko
    • 雑誌名

      JACC: Clinical Electrophysiology

      巻: 8 ページ: 297~305

    • DOI

      10.1016/j.jacep.2022.01.007

    • 査読あり / オープンアクセス

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公開日: 2022-12-28  

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