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2019 年度 実施状況報告書

全ゲノム関連解析によるハンナ型間質性膀胱炎の疾患感受性遺伝子と新規治療標的の探索

研究課題

研究課題/領域番号 19K18552
研究機関東京大学

研究代表者

秋山 佳之  東京大学, 医学部附属病院, 助教 (20529135)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワード全ゲノム関連解析 / ハンナ型間質性膀胱炎
研究実績の概要

ハンナ型間質性膀胱炎患者(Case症例)から末梢血DNAを採取し、Asian Screening Array chip(ASA chip)によりジェノタイピングして得られたデータに対し、クオリティコントロールを行った結果、 case 92例、 control348 例における 514,304 バリアントのジェノタイピング情報を得た。これを基に、東アジア人集団のリファレンスパネルを用いることで遺伝型imputation を行った結果、常染色体上の 8,364,162 バリアント、男性における X 染色体上の 238,023 バリアント、女性における X 染色体上の232,370 バリアントが得られた。また、 MHC 領域のバリアントについては特に HLA imputation を行ったところ、 5332 バリアントが得られた。得られた imputed dosage を用いて、血縁関係にないサンプル( case 92 例、 control 327 例)における間質性膀胱炎ハンナ型 に関するケースコントロール関連解析を行ったが 、ゲノムワイド有意水準を満たす関連を示すバリアントは検出されなかった。MHC 領域のバリアントの中で最も強い関連を示したの
は、 HLA DQB1 遺伝子の 10 番目 のアミノ酸部位 であった。(オムニバスp値:3.3×108-5))

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

当初の計画よりも多くのサンプルが採取できたためプレリミナリーに先行解析を施行することが出来、また当初予測に近い結果が得られている。

今後の研究の推進方策

サンプル数をさらに増やし、本解析へ進む。現在、順調にサンプル数を伸ばしており予定通り年度内に本解析を施行する予定である。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件)

  • [国際共同研究] University of Iowa(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      University of Iowa
  • [雑誌論文] Interstitial cystitis/bladder pain syndrome: The Evolving Landscape, Animal Models, and Future Perspectives.2020

    • 著者名/発表者名
      Akiyama Y, Luo Yi, Hanno P, Maeda D, Homma Y.
    • 雑誌名

      International journal of Urology

      巻: Epub Ahead of Print ページ: 0

    • DOI

      10.1111/iju.14229

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Clinical guidelines for interstitial cystitis/bladder pain syndrome.2020

    • 著者名/発表者名
      Homma Y, Akiyama Y, Tome H, Furuta A, Ueda T, Maeda D, Lin AT, Kuo HC, Lee MH, Oh SJ, Kim JC, Lee KS
    • 雑誌名

      International journal of Urology

      巻: Epub Ahead of Print ページ: 0

    • DOI

      10.1111/iju.14234

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Update on the pathophysiology of interstitial cystitis/bladder pain syndrome.2020

    • 著者名/発表者名
      Akiyama Y
    • 雑誌名

      Current Bladder Dysfunction Reports

      巻: 15 ページ: 1, 8

    • DOI

      10.1007/s11884-019-00569-w

URL: 

公開日: 2021-01-27  

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