| 研究課題/領域番号 |
19K20395
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| 研究機関 | 早稲田大学 |
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研究代表者 |
福永 津嵩 早稲田大学, 高等研究所, 講師(任期付) (80791433)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | 多重検定補正 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子機能推定 |
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| 研究実績の概要 |
本年度は、本研究計画について二本の論文の研究発表を行った。一本目は、昨年投稿した高精度ゲノム進化史推定論文についてreviseを行い、Bioinformatics Advances誌から論文を発表した。二本目は、偽陽性を抑えながら相関関係の検出を行う逆ポッツ法を系統プロファイル法に適用した論文について投稿を行い、Bioinformatics誌から論文を発表した。
また、本年度行った研究は次の通りである。(1)昨年度開発した、ゲノム進化史推定を行うMirage法は計算速度・メモリ量の観点から大規模ゲノムデータセットに適応することは難しかった。本年度はプログラムのリファクタリングに加え、決定的混合パターン法という新たな近似手法をMirageに導入することで、ほとんど精度の減少を引き起こさずに、現存の全微生物ゲノムデータセットに適応できるようソフトウェアを改良した。本研究は現在論文投稿中である。 (2) 逆ポッツ法を二項間関係から論理関係の枠組みに適応すべくアルゴリズムの拡張を行った。現在、数理的な拡張及び実装は終わっているものの、シミュレーションデータに適応したところ極めて大きな計算時間を要することや、また精度良いパラメータ推定には大規模なデータセットが必要になることが明らかとなっている。そのため、直接には実データへの適用が難しいことが判明しており、速度向上のため精度の低下をある程度許容するか今後の方針を検討している段階にある。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
本来研究を予定していた遺伝子発現データとの組み合わせなどの研究は行えていないが、偽陽性を抑え高精度に相関関係を検出るす逆ポッツ法が、系統プロファイル解析に有用であることを新たに示せたことから、研究は概ね順調に進展していると考えている。
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| 今後の研究の推進方策 |
偽陽性の検出を防いで論理関係を検出するソフトウェアについて、実データへの適用を進める。また、このソフトウェアと、ゲノム進化史推定手法であるMirageを組み合わせることで、系統バイアスも抑えながら論理関係を検出することを目指す。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
本年度は複数の国内学会・国際学会に出張予定であったが、新型コロナウイルス によるパンデミックのため、学会は中止あるいはオンライン開催となったため、当初旅費として予定していた額を利用しなかった。次年度は、学会が現地開催となるようであればその旅費として使用する他、大規模データ解析のためのスーパーコン ピュータの借用などに研究をしようする予定である。
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