| 研究課題/領域番号 |
19K20409
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| 研究機関 | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 |
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研究代表者 |
齋藤 裕 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 主任研究員 (60721496)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | エピゲノム / DNAメチル化 / PacBio / バイオインフォマティクス |
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| 研究実績の概要 |
細菌や真核微生物のエピゲノム研究では、様々な種類のDNAメチル化（5mC、6mA、4mC）を検出可能なPacBioシーケンサーが、Illuminaシーケンサーよりも広く使用されている。しかし、PacBioメチル化データを解析するためのバイオインフォマティクス技術は発展途上であり、特に、メチル化をサンプル間で比較して変化を検出する解析には確立された手法が存在しない。これまでに研究代表者は、Illuminaシーケンサーから得られるメチル化データの解析技術を開発してきた。この経験を活かして本研究では、PacBioデータからメチル化変化を高精度に検出する新しい解析技術を開発する。また、この手法を公開されている様々な微生物のPacBioデータに適用して、これまで見過ごされていた生育条件や発生段階によるメチル化変化の新たな発見を目指す。
今年度は、PacBioデータからメチル化変化を検出するための解析技術について理論の検討を行った。特に、細菌や真核微生物のメチル化の特徴として、ほ乳類のメチル化に比べてメチル化レベルが低いことが挙げられる。この特徴をうまく扱えるように、既存のCpHメチル化の理論などを参考に文献調査を行った。また、本研究で開発する解析技術をテストするためのデータとして、数種類の細菌および真核微生物（A. oryzae、L. starkey、T. reesei、C glutamicum）についてPacBioデータを取得した。次年度以降、理論の検証を進めプログラム実装を行い、テスト用データの解析を行う。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
理論の検証については若干遅れているが、テスト用データの取得は予定より進展している。全体として、おおむね順調に進展している。
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| 今後の研究の推進方策 |
継続して理論の検証を進め、プログラム実装を行う。解析技術を論文化した後、テスト用データを解析して生物学的に新しい知見を得ることも試みる。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
理論の検証が予定より若干遅れたため、2019年度に計算機使用料として計上していた予算を2020年度に使用する計画にした。
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