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2021 年度 研究成果報告書

微生物エピゲノム変化の解明に向けたPacBioメチル化データ解析技術の開発

研究課題

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研究課題/領域番号 19K20409
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

齋藤 裕  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 主任研究員 (60721496)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
キーワードエピゲノム / DNAメチル化 / PacBio / 微生物 / バイオインフォマティクス
研究成果の概要

細菌や真核微生物のエピゲノム研究では、6mAを含む様々な種類のDNAメチル化を検出可能なPacBioシーケンサーが広く使用されている。PacBioによる配列決定では、ポリメラーゼがメチル化部位に遭遇すると、その塩基を取り込むために長い時間を費やし、その時間はinter pulse duration(IPD)と呼ばれる値として測定される。PacBioメチル化解析のためのバイオインフォマティクス手法では、メチル化検出やメチル化率推定などの様々な下流タスクにIPDを用いるための機械学習モデルがいくつか開発されてきた。本研究では、これらの機械学習モデルの改良を行った。

自由記述の分野

バイオインフォマティクス

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で開発した微生物エピゲノムデータ解析技術により、病原菌や環境細菌叢におけるエピゲノム研究を加速できる。これにより、人類の健康や環境問題の解決などに貢献できると期待される。

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公開日: 2023-01-30  

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