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多用なキンギョ品種に見られる変異体の分子メカニズムを解明することで、私たちヒトや哺乳類一般を含む脊椎動物に共通する形態や体色の発生の分子メカニズムが明らかになることが期待される。また、硬骨魚類の進化の研究に貢献すると考えられる。例えば、キンギョではヒレの過剰な伸長を持つ品種があるが、これはソードテールという種では、一般的に見られる形質である。これら硬骨魚類の形態形成を制御するメカニズムの解明に繋がり比較ゲノムの観点からも意義深い。さらに、キンギョは全ゲノム重複を約1400万年前に経験しており、全ゲノム重複後の進化という点からも興味が持たれる。
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