| 研究課題/領域番号 |
19K22460
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| 研究機関 | 東京都立大学 |
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研究代表者 |
野澤 昌文 東京都立大学, 理学研究科, 准教授 (50623534)
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| 研究期間 (年度) |
2019-06-28 – 2023-03-31
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| キーワード | miRNA / ショウジョウバエ / 大規模シーケンス / 遺伝子発現 |
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| 研究実績の概要 |
昨年度に引き続き、おもにキイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）を用いてmiRNAと標的遺伝子のペアを効率的にシーケンスする方法の改良を試みた。いくつかの条件を検討したが、いずれの条件においても得られたリードのうちmiRNAと標的遺伝子がペアになっているリードはごくわずかであり、手法の確立には至らなかった。
一方、昨年度に行ったナノポアロングリードシーケンスとイルミナショートリードシーケンスを組み合わせた高精度ゲノム構築については、特にロングリードシーケンスのためのDNA抽出法とシーケンス法のプロトコルを確立することができた。また、解析の手法についてもおおよそ確立できた。また、通常配列決定が困難なY染色体配列を常染色体やX染色体と識別する手法を利用し、約1MbpのY染色体配列を決定することに成功した。得られた高精度ゲノム配列はmiRNA-標的遺伝子ペアの染色体上の位置を同定するうえで有用であると期待している。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
4: 遅れている
理由
今のところ、効率的なmiRNA-標的遺伝子ペアの同定法を確立できていないため。また、今年度も昨年度に引き続き、新型コロナウイルスの影響で実験解析に影響があったため。所属機関で発生した火災も多少影響したため。
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| 今後の研究の推進方策 |
研究期間の1年間の延長を認めていただいたので、あと1年でmiRNA-標的遺伝子ペアを同定するための手法確立の糸口をつかみたいと考えている。また、キイロショウジョウバエの変異体を用いたmiRNA-標的遺伝子ペアの同定も並行して行う予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
miRNA-標的遺伝子ペアの効率的な同定法を確立できず、予算を消化できなかったため。また、昨年度の引き続き、新型コロナウィルスの影響で予定通り研究が進まなかったため。
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