ロングリードシーケンスを基盤とした高解像度口腔マイクロバイオーム解析系の構築

2020 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19K22722
• 研究種目: 挑戦的研究(萌芽)
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 中区分57:口腔科学およびその関連分野
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 竹下 徹 九州大学, 歯学研究院, 准教授 (50546471)
• 研究期間 (年度): 2019-06-28 – 2021-03-31
• キーワード: 常在微生物叢 / rRNA / ロングリードシーケンサー

研究成果の概要

本研究では第三世代ロングリードシーケンサーを用いて細菌rrnaオペロン領域全体を解読する簡便ながら高度な菌種識別が可能な新たな口腔微生物群集解析系の確立を目指した。細菌rrnaオペロン領域の網羅的増幅に適したプライマー配列を選択したのち、既知の細菌種のゲノムDNAおよび口腔細菌群集由来のDNA検体を用いて本領域の増幅が可能なことを確認した。さらに実際にロングリードシーケンサーを用いて細菌群集検体の解析を行い本領域の高い塩基配列多様性を確認した。これらの結果からロングリードシーケンサーとrrnaオペロン領域を利用した本解析系が高精度かつ高解像度な細菌群集解析法として有用であることが示唆された。

自由記述の分野

口腔衛生学

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究により第三世代ロングリードシーケンサーを用いてrrnaオペロン全体を解析する新たな細菌群集解析系の有用性が明らかとなった。本解析系の使用により細菌群集を構成する菌種の高精度な識別はもちろん、ある部位から別の部位、あるいは別の個体への細菌の移行などを正確かつ簡便に追跡することも可能になる。本解析系は口腔常在微生物叢研究においてこれまでの手法では見えてこなかった発見をもたらし新たな切り口をもたらすことが期待できる。