| 研究課題/領域番号 |
19K24361
|
|---|
| 研究種目 |
研究活動スタート支援
|
| 配分区分 | 基金 |
|---|
| 審査区分 |
1002:人間情報学、応用情報学およびその関連分野
|
|---|
| 研究機関 | 筑波大学 |
|---|
研究代表者 |
土屋 貴穂 筑波大学, 医学医療系, 助教 (70853167)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2019-08-30 – 2021-03-31
|
| キーワード | バイオインフォマティクス / エピジェネティクス / データベース / 転写因子認識配列 / 細胞型 / 一塩基多型 |
|---|
| 研究成果の概要 |
転写因子認識配列の多様性を捉えることは、複雑な遺伝子発現制御機構を紐解く上で重要である。本研究課題では、従来手法では捉えられなかった転写因子認識配列の多様性を捉えることを目指し、ChIP-Atlasに集約された約10万のChIP-seqデータに対して我々が開発したMOCCSを適用した。我々のアプローチにより、様々な細胞型における各転写因子の認識配列とその結合特異性スコアを解析し、細胞型ごとの転写因子認識配列の多様性が明らかとなった。
|
| 自由記述の分野 |
バイオインフォマティクス
|
| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究課題では、様々な細胞型における各転写因子の認識配列とその結合特異性スコアを解析し、細胞型ごとの転写因子認識配列の多様性が明らかとなった。本研究結果で得られた知見は、転写因子を標的とした創薬など応用面にも貢献し得る。そして、本研究結果で得られた知見を社会発信するために、現在、生物種や細胞型による転写因子認識配列の多様性を閲覧・比較できるデータベースを構築している。論文投稿の準備も行っている。本研究課題の期間終了後も、種間・細胞型間の転写因子認識配列の比較と転写調節共益因子の同定や変異の影響予測などの応用に発展させることを目指す。
|
