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2022 年度 実施状況報告書

量子ビーム相関解析法による生体高分子構造・ダイナミクスの探求

研究課題

研究課題/領域番号 19KK0071
研究機関京都大学

研究代表者

井上 倫太郎  京都大学, 複合原子力科学研究所, 准教授 (80563840)

研究分担者 杉山 正明  京都大学, 複合原子力科学研究所, 教授 (10253395)
守島 健  京都大学, 複合原子力科学研究所, 助教 (40812087)
奥田 綾  京都大学, 複合原子力科学研究所, 助教 (80825646)
研究期間 (年度) 2019-10-07 – 2024-03-31
キーワード中性子散乱 / マルチドメインタンパク質 / 重水素化
研究実績の概要

2021年度もCOVID-19の蔓延及びそれに伴う原子炉の再稼働の遅れにより、オンサイト(ILL,グルノーブル)で実験を行うことが出来なかったため、本プロジェクトの中心的な計測手法であるSAXS/SANS同時測定システムの運用及び高度化を行うことが出来なかった。そこで、本システムの最適条件の探索を目的として主に二つのプロジェクトに注目した。最初のプロジェクトとして、24時間周期を司る時計タンパク質の2者複合体であるKai-AC複合体に着目した。2021年度においては特に複合体中のKaiCの部分構造解析に注目したが、2022年度においては複合体中のKaiAの部分構造解析を国内の小角中性子散乱装置(SANS-U)を用いて、逆転コントラスト同調SANS測定(iCM-SANS)を行った。その結果、フリーのKaiAと比較して複合対中では僅かにKaiAのサイズが大きくなることを示唆するデータの取得に成功した。計算機シミュレーション及び他の測定手法と組み合わせてこの変化の起源を解明している。更に、二つ目の試料として、4つのドメインから構成されるマルチドメインタンパク質に対して一部のドメインを75%軽水素化、残りの三つのドメインを軽水素化したセグメント重水素化試料を作成した。本試料のiCM-SANS測定をオーストラリア中性子散乱施設で同時期にビームタイムを確保していたILLの研究者と共に行った。75%重水素化ドメインを導入する部位を変化させることでSANSプロファイルが変化することを実験的に示すことができた。こちらの結果に対しても、他測定手法と計算機シミュレーションを組み合わせた解析を進めている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

2022年度においても、COVID-19の蔓延及びそれに伴う原子炉の再稼働の遅れによりにより特に共同研究先(ILL,グルノーブル)での実地の小角中性子散乱実験が行えなかった。そのため、本プロジェクトの中心的な計測手法であるSAXS/SANS同時測定システムの運用及び高度化を行うことが出来なかった。一方、国内実験やオーストラリア中性子散乱施設でのSANS実験を効果的に利用することで研究のactivity自身は落とさずに進めることはできた。2023度においては、COVID-19に対する規制緩和及び原子炉が順調に再稼働したことを加味して、本研究課題に参画している若手研究者二名をILLに派遣し、SAXS/SANS同時測定システムの高度化を進めていく予定である。

今後の研究の推進方策

2023年度においては、時計タンパク質の24時間周期における構造変化をSAXS/SANS同時測定行う予定である。更に、4つのドメインから構成されるマルチドメインタンパク質に対してセグメント重水素化ルチドメインタンパク質を作成し、その試料に対してiCM-SEC-SANS測定を行いドメイン選択的な散乱プロファイルを高品質で得ることを予定している。加えて、iCM-SEC-SANS測定と同期させたSAXS測定、即ちiCM-SEC-SANS-SAXS測定のシステム開発も現地スタッフとの協力の上進める予定である。

次年度使用額が生じた理由

2022年度においてもCOVID-19の感染拡大及びそれに伴う原子炉の再稼働の遅れにより、想定していた国外施設への出張実験の大半が延期或いはキャンセルがあった。そのため、旅費及び物品費の使用が限定的となった。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2022 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 4件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] ILL(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      ILL
  • [雑誌論文] Tracking the Structural Development of Amyloid Precursors in the Insulin B Chain and the Inhibition Effect by Fibrinogen2022

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Naoki、Inoue Rintaro、Makino Yoshiteru、Sekiguchi Hiroshi、Shibayama Naoya、Naito Akira、Sugiyama Masaaki、Chatani Eri
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 126 ページ: 10797~10812

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c05136

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Shimizu Masahiro、Okuda Aya、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Yunoki Yasuhiro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 ページ: 9970-1-13

    • DOI

      10.1038/s41598-022-13982-9

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins Using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance2022

    • 著者名/発表者名
      Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Inoue Rintaro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 62 ページ: e202214412-1-5

    • DOI

      10.1002/anie.202214412

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pathway Dependence of the Formation and Development of Prefibrillar Aggregates in Insulin B Chain2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshikawa Yuki、Yuzu Keisuke、Yamamoto Naoki、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki、Iwasaki Tetsushi、So Masatomo、Goto Yuji、Tamura Atsuo、Chatani Eri
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 27 ページ: 3964~3964

    • DOI

      10.3390/molecules27133964

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Data Collection for Dilute Protein Solutions via a Neutron Backscattering Spectrometer2022

    • 著者名/発表者名
      Tominaga Taiki、Nakagawa Hiroshi、Sahara Masae、Oda Takashi、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki
    • 雑誌名

      Life

      巻: 12 ページ: 675~675

    • DOI

      10.3390/life12050675

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Dynamics and Structure of Intrinsically Disordered Region of Hef as Studied by Solution Scattering2022

    • 著者名/発表者名
      INOUE, Rintaro; ODA, Takashi; NAKAGAWA, Hiroshi; TOMINAGA, Taiki; KAWAKITA, Yukinobu; SATO, Mamoru; SUGIYAMA, Masaaki
    • 学会等名
      SAS2022
    • 国際学会
  • [学会発表] Domain Conformation of Multi-domain Protein ER-60 Studied with Hybrid Approach of Coarse-grained Simulations and Small-angle X-ray Scattering2022

    • 著者名/発表者名
      SHIMIZU, Masahiro; OKUDA, Aya; MORISHIMA, Ken; SATO, Nobuhiro; INOUE, Rintaro; YUNOKI, Yasuhiro; URADE, Reiko; SUGIYAMA
    • 学会等名
      SAS2022
    • 国際学会
  • [学会発表] Integrated Method with Analytical Ultracentrifugation and Small-Angle Scattering (AUC-SAS) for the Structural Analysis of a Biomacromolecule in a Polydisperse Solution.2022

    • 著者名/発表者名
      MORISHIMA, Ken; OKUDA, Aya; SATO, Nobuhiro; SHIMIZU, Masahiro; YUNOKI, Yasuhiro; INOUE, Rintaro; URADE, Reiko; SUGIYAMA, Masaaki
    • 学会等名
      SAS2022
    • 国際学会
  • [学会発表] Solution Structure Analysis of the Multi-domain Protein, ER-60 by Small Angle Scattering2022

    • 著者名/発表者名
      OKUDA, Aya; SHIMIZU, Masahiro; MORISHIMA, Ken; INOUE, Rintaro; SATO, Nobuhiro; YUNOKI, Yasuhiro; URADE, Reiko; SUGIYAMA,
    • 学会等名
      SAS2022
    • 国際学会
  • [備考]

    • URL

      https://www.rri.kyoto-u.ac.jp/PSlab/s-publication.html

URL: 

公開日: 2023-12-25  

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