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2021 年度 実施状況報告書

計算科学と実験の融合によるベータバレル型膜中会合タンパク質の分子デザイン

研究課題

研究課題/領域番号 19KK0178
研究機関東北大学

研究代表者

田中 良和  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (20374225)

研究分担者 山下 恵太郎  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 客員共同研究員 (20721690) [辞退]
松浦 友亮  大阪大学, 工学研究科, 招へい教授 (50362653)
喜多 俊介  北海道大学, 薬学研究院, 助教 (10702003)
研究期間 (年度) 2019-10-07 – 2023-03-31
キーワード膜孔形成タンパク質 / デザイン / 単粒子解析
研究実績の概要

膜孔形成毒素は標的細胞の細胞膜に膜孔を形成する。膜孔は原子レベルで正確なナノメートルオーダーの孔(ナノポア)であり、これを利用した分子センサーが開発されている。更なる分子センサーの開発のために、目的に応じたサイズ・形状のナノポアを自在に作成できる技術が必要となる。本研究では、実験と計算科学を併用して膜孔のデザインを実現し、任意の分子特性のナノポアを作り出すことを目指す。本研究では黄色ブドウ球菌の膜孔形成毒素に着目して分子デザインを実施する。黄色ブドウ球菌の膜孔形成毒素は、2種類に分類される。1つはホモ7量体の膜孔を形成するアルファヘモリジン、もう一方は、2種類の異なるポリペプチド(LukF、Hlg2)が4分子ずつ会合してヘテロ8量体の膜孔を形成するガンマヘモリジンである。前年度までの研究において、アルファヘモリジンとガンマヘモリジンの立体構造情報に基づき、10種類以上のキメラタンパク質を設計・調製し、その分子特性を評価した。その結果、AFキメラのいくつかでは強い溶血活性が確認され、一方で、AG変異体はいずれも活性がなかった。そこで2021年度は、これらのキメラ変異体の立体構造を電子顕微鏡単粒子解析により解析し、溶血活性の有無と立体構造の相関について調査した。強い溶血活性を示すAF変異体についてはアルファヘモリジンと類似した7量体の構造を形成していることがわかった。また、溶血活性を示さないAG変異体については、AF変異体と同様に7量体を形成するものの、膜貫通領域が短いことがわかり、これが溶血活性を示さない原因であると推察された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

意図した分子が設計されていることを電顕単粒子解析により明らかにできており、予定通りの進捗といえる。また、活性と構造の相関についての知見など、今後につながる有用な情報も得られており、最終年度の研究にむけた準備を整えることができたため、順調に進展していると考えた。

今後の研究の推進方策

2021年度までの研究により、活性の有無に関わらず、AF変異体もAG変異体も7量体として会合することができることはわかった。今後はこれらの変異体が会合した場合のシナジー効果についての詳細な知見を得ることを目指す。これにより、二成分性が会合する原理についての詳細が明らかにできると期待する。

次年度使用額が生じた理由

コロナウイルス感染拡大により当該年度に海外での研究活動ができなくなり、次年度に実施する必要が出たため。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 2件、 招待講演 4件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] スタンフォード大学/ベイラー大学(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      スタンフォード大学/ベイラー大学
  • [国際共同研究] ミュンスター大学(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      ミュンスター大学
  • [国際共同研究] マヒドン大学(タイ)

    • 国名
      タイ
    • 外国機関名
      マヒドン大学
  • [国際共同研究] リヴィウ大学(ウクライナ)

    • 国名
      ウクライナ
    • 外国機関名
      リヴィウ大学
  • [雑誌論文] Chimeric mutants of staphylococcal hemolysin, which act as both one‐component and two‐component hemolysin, created by grafting the stem domain2022

    • 著者名/発表者名
      Ghanem Nouran、Kanagami Natsuki、Matsui Takashi、Takeda Kein、Kaneko Jun、Shiraishi Yasuyuki、Choe Christian A.、Uchikubo‐Kamo Tomomi、Shirouzu Mikako、Hashimoto Tsubasa、Ogawa Tomohisa、Matsuura Tomoaki、Huang Po‐Ssu、Yokoyama Takeshi、Tanaka Yoshikazu
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: 0 ページ: 0

    • DOI

      10.1111/febs.16354

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of conditions for efficient cell-sized liposome preparation using commercially available reconstituted in vitro transcription-translation system2022

    • 著者名/発表者名
      Uyeda Atsuko、Reyes Sabrina Galianes、Kanamori Takashi、Matsuura Tomoaki
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 133 ページ: 181~186

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2021.10.008

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cell-Free Synthesis of Human Endothelin Receptors and Its Application to Ribosome Display2022

    • 著者名/発表者名
      Nakai Hiroki、Isshiki Kinuka、Hattori Masato、Maehira Hiromasa、Yamaguchi Tatsumi、Masuda Keiko、Shimizu Yoshihiro、Watanabe Takayoshi、Hohsaka Takahiro、Shihoya Wataru、Nureki Osamu、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime、Matsuura Tomoaki
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 94 ページ: 3831~3839

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.1c04714

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural insights reveal the second base catalyst of isomaltose glucohydrolase2021

    • 著者名/発表者名
      Tagami Takayoshi、Chen Minghao、Furunaga Yuta、Kikuchi Asako、Sadahiro Juri、Lang Weeranuch、Okuyama Masayuki、Tanaka Yoshikazu、Iwasaki Tomohito、Yao Min、Kimura Atsuo
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: 289 ページ: 1118~1134

    • DOI

      10.1111/febs.16237

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biochemical properties of CumA multicopper oxidase from plant pathogen, Pseudomonas syringae2021

    • 著者名/発表者名
      Ishida Konan、Tsukamoto Yuya、Horitani Masaki、Ogawa Tomohisa、Tanaka Yoshikazu
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 85 ページ: 1995~2002

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab123

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A SARS-CoV-2 antibody broadly neutralizes SARS-related coronaviruses and variants by coordinated recognition of a virus-vulnerable site2021

    • 著者名/発表者名
      Onodera Taishi、Kita Shunsuke、Adachi Yu、Moriyama Saya、Sato Akihiko、Nomura Takao、Sakakibara Shuhei、Inoue Takeshi、Tadokoro Takashi、Anraku Yuki、Yumoto Kohei、Tian Cong、Fukuhara Hideo、Sasaki Michihito、Orba Yasuko、Shiwa Nozomi、Iwata Naoko、Nagata Noriyo、Suzuki Tateki、Sasaki Jiei、et all
    • 雑誌名

      Immunity

      巻: 54 ページ: 2385~2398.e10

    • DOI

      10.1016/j.immuni.2021.08.025

    • 査読あり
  • [学会発表] 要素から創る無細胞分子システムの構築と応用2022

    • 著者名/発表者名
      松浦友亮
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会 産学連携委員会
    • 招待講演
  • [学会発表] Bottom-up construction of synthetic cells and its relation to Earth-Life science2022

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Matsuura
    • 学会等名
      10th ELSI symposium (Online organized by ELSI, Tokyo Tech)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] SARS-CoV-2スパイク蛋白質と中和抗体NT-193複合体のX線結晶構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      喜多俊介、小野寺大志、安達悠、森山彩野、野村尚生、田所高志、安楽佑樹、湯本航平、田聡、福原秀雄、鈴木干城、橋口隆生、高橋宜聖、前仲勝実
    • 学会等名
      第39回PFシンポジウム
  • [学会発表] Design of staphylococcal two-component pore forming toxin to change pore formation property2021

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会シンポジウム実験と理論の共同による生命金属動態研究の最前線
    • 招待講演
  • [学会発表] In vitro directed evolution of membrane proteins using ribosome and liposome display2021

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Matsuura
    • 学会等名
      New Proteins by Evolution and Engineering (Online organized by OIST)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新型コロナウイルスspike蛋白質と中和抗体NT-193複合体のX線結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      喜多俊介、小野寺大志、安達悠、森山彩野、野村尚生、田所高志、安楽佑樹、湯本航平、田聡、福原秀雄、鈴木干城、佐々木慈英、福士秀悦、里深博幸、香月康宏、押村光雄、橋口隆生、高橋宜聖、前仲勝実
    • 学会等名
      令和3年(2021年)度日本結晶学会年会
  • [学会発表] 脂質抗原提示分子CD1dの熱安定性解析2021

    • 著者名/発表者名
      秋田穂, 日下裕規, TIAN Cong, 田所高志, 井貫晋輔, 新山真由美, 杉山成, 村田道雄, 藤本ゆかり, 喜多俊介, 前仲勝実
    • 学会等名
      第 44 回日本分子生物学会年会(MBSJ2021)
  • [学会発表] MHC classI様分子CD1dとアミド型α-GarCer複合体のX線結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      秋田穂, 日下裕規, 田聡, 田所高志, 井貫晋輔, 新山真由美, 杉山成, 村田道雄, 藤本ゆかり, 喜多俊介, 前仲勝実
    • 学会等名
      令和3年(2021年)度日本結晶学会年会
  • [学会発表] X-ray crystal structure analysis of lipid antigen presenting molecule CD1b in complex with endogenous ligand from silkworm2021

    • 著者名/発表者名
      Cong Tian、Hiroki Kusaka、Takashi Tadokoro、Shunsuke Kita and Katsumi Maenaka
    • 学会等名
      令和3年(2021年)度日本結晶学会年会
  • [学会発表] Functional analysis of lipid loading of CD1b mediated by Saposin proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Cong Tian、Hiroki Kusaka、Takashi Tadokoro、Shunsuke Kita and Katsumi Maenaka
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [図書] 医学のあゆみ2021

    • 著者名/発表者名
      安楽佑樹, 喜多 俊介, 前仲 勝実
    • 総ページ数
      532-538
    • 出版者
      医歯薬出版

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公開日: 2022-12-28  

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