胃癌におけるクロマチン構造異常による癌化機構の解明

2023 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 19KK0415
• 研究機関: 千葉大学
• 研究代表者: 岡部 篤史 千葉大学, 健康疾患オミクスセンター, 特任准教授 (80778118)
• 研究期間 (年度): 2020 – 2024
• キーワード: クロマチン構造 / 胃癌

研究実績の概要

本国際共同研究では、胃癌におけるクロマチン構造解析により、胃癌分子サブタイプとクロマチン構造異常との関連を明らかにし、癌化・癌悪性化メカニズムを解明する。新型コロナにより渡航が叶わなかったが、新たにEBV陰性胃癌臨床検体、EBV陽性胃癌臨床検体を用いたHi-C解析を進めた。また、胃癌Patientderived xenograft（PDX）を用いて全エクソン解析、RNA-seq解析、InfiniumによるDNAメチル化解析を進め、データを取得した。
同じ胃癌PDXサンプルを用いたHi-C解析、ChIP-seqによるヒストン修飾解析を進めるため、条件検討を進めている。

現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

新型コロナウイルスの世界的な蔓延により、渡航が難しく、計画が大きく変更せざるを得なかった。当初渡航することで進める予定であった解析は、可能な範囲で国際共同研究を進めるため、国内で取得可能なデータの取得と解析を進めた。また、ZoomによるWeb会議によりディスカッションを進めている。

今後の研究の推進方策

これまでに取得した胃癌細胞株でのクロマチン構造解析データ、胃癌PDXサンプルでのクロマチン構造解析データを遺伝子変異、遺伝子発現、DNAメチル化データと統合的に解析を進める。また、新型コロナの状況も落ち着いたことから、シンガポール渡航を進め、胃癌臨床サンプルを用いたクロマチン構造のデータ取得と、統合解析を進めていきたい。

研究成果

• [雑誌論文] Enhancer infestation drives tumorigenic activation of inactive B compartment in Epstein-Barr virus-positive nasopharyngeal carcinoma (2024)
  • 著者名/発表者名: Mizokami Harue、Okabe Atsushi、Choudhary Ruchi、Mima Masato、Saeda Kenta、Fukuyo Masaki、Rahmutulla Bahityar、Seki Motoaki、Goh Boon-Cher、Kondo Satoru、Dochi Hirotomo、Moriyama-Kita Makiko、Misawa Kiyoshi、Hanazawa Toyoyuki、Tan Patrick、Yoshizaki Tomokazu、Fullwood Melissa Jane、Kaneda Atsushi
  • 雑誌名: eBioMedicine 巻: 102 ページ: 105057～105057
  • DOI: 10.1016/j.ebiom.2024.105057
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Chromatin activation with H3K36me2 and compartment shift in metastatic castration-resistant prostate cancer (2024)
  • 著者名/発表者名: Kanaoka Sanji、Okabe Atsushi、Kanesaka Manato、Rahmutulla Bahityar、Fukuyo Masaki、Seki Motoaki、Hoshii Takayuki、Sato Hiroaki、Imamura Yusuke、Sakamoto Shinichi、Ichikawa Tomohiko、Kaneda Atsushi
  • 雑誌名: Cancer Letters 巻: 588 ページ: 216815～216815
  • DOI: 10.1016/j.canlet.2024.216815
  • 査読あり
• [雑誌論文] Aberrant Upregulation of RUNX3 Activates Developmental Genes to Drive Metastasis in Gastric Cancer (2024)
  • 著者名/発表者名: Suda Kazuto、Okabe Atsushi、Matsuo Junichi、Chuang Linda Shyue Huey、Li Ying、Jangphattananont Nawaphat、Mon Naing Naing、Myint Khine Nyein、Yamamura Akihiro、So Jimmy Bok-Yan、Voon Dominic Chih-Cheng、Yang Henry、Yeoh Khay Guan、Kaneda Atsushi、Ito Yoshiaki
  • 雑誌名: Cancer Research Communications 巻: 4 ページ: 279～292
  • DOI: 10.1158/2767-9764.CRC-22-0165
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] The Link of mRNA and rRNA Transcription by PUF60/FIR through TFIIH/P62 as a Novel Therapeutic Target for Cancer (2023)
  • 著者名/発表者名: Kitamura Kouichi、Hoshino Tyuji、Okabe Atsushi、Fukuyo Masaki、Rahmutulla Bahityar、Tanaka Nobuko、Kobayashi Sohei、Tanaka Tomoaki、Shida Takashi、Ueda Mashiro、Minamoto Toshinari、Matsubara Hisahiro、Kaneda Atsushi、Ishii Hideshi、Matsushita Kazuyuki
  • 雑誌名: International Journal of Molecular Sciences 巻: 24 ページ: 17341～17341
  • DOI: 10.3390/ijms242417341
  • 査読あり
• [学会発表] Chromatin structural aberrations induced by oncovirus infection (2023)
  • 著者名/発表者名: 岡部篤史
  • 学会等名: 第82回日本癌学会総会
  • 招待講演
• [学会発表] The virus-host genomic interactions drive heterochromatin disruption and oncogenic activation of enhancers (2023)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Okabe, Takahiro Fujii, Harue Mizokami, Keisuke Matsusaka, Masaki Fukuyo, Bahityar Rahmutulla, Patrick Tan, Hironori Yoshiyama, Atsushi Kaneda
  • 学会等名: 第16回エピジェネティクス研究会年会
• [学会発表] 癌ウイルス感染が誘導するクロマチン構造異常 (2023)
  • 著者名/発表者名: 岡部篤史, 藤井貴大、溝上晴恵、松坂恵介、福世真樹、Bhityar Rahmutulla、Patrick Tan、金田篤志
  • 学会等名: 第34回日本消化器癌発生学会総会
• [学会発表] Chromatin structural alteration induced by oncovirus infection aberrantly activate transcriptional regulation (2023)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Okabe, Takahiro Fujii, Harue Mizokami, Keisuke Matsusaka, Masaki Fukuyo, Bahityar Rahmutulla, Patrick Tan, Hironori Yoshiyama, Atsushi Kaneda
  • 学会等名: 第46回日本分子生物学会年会