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ATLの発症、進行に関わる遺伝因子の同定を以下の方法に従い実施した。
1 ゲノムスキャン(1次スクリーニング)
ゲノムスキャンは、イルミナ社から市販されている約55万個のSNPをのせたインフィニウム610Kチップを用いて行なった。ATL患者200検体、HTLV-1ウイルス陽性非発症者200検体を順次スキャンし、ベースコールプログラムを用いてジェノタイプ生データを得た。得られた生データをすべてデータベースに取り込み、すべてのSNPをヒトゲノムリファレンス配列上にマップする標準化作業を行った。
3 データの品質管理(QC)と統計解析
得られた多型情報について、統計解析の前に以下の項目についてQCを行った。
1) タイピングを終えた検体間の類縁関係を、Plinkによるidentical by descent(IBD)解析を用いて検定し、同一人物あるいは同胞と考えられる検体を除外した。
2) タイピングデータに対し以下の計算を行い、1項目でも該当するマーカーは、統計解析から除外した。
患者、キャリアいずれかにおいてアッセイ成功率が95%を下回る
患者、キャリアいずれかにおいてハーディー・ワインバーグ平衡がp<0.001
キャリアにおいてマイナーアレル頻度が0.05を下回る
その後、QCを通過した検体、マーカーに対して、以下の統計解析を行っている。
関連解析はアレル頻度、ジェノタイプ頻度の比較により行なう。
集団の構造化についてはジェノミックコントロール、アイゲンヴェクターなどを用いて補正を行う。
患者集団内での頻度が統計学的有意に達するSNPがあるか検討する。
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