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DNAの静的・動的な変化を総合的に解析し、診断するシステムを作成することは、各人の発がんのリスクと現状を把握する上で極めて重要である。遺伝子上のわずかな違いを長鎖の核酸から検出することはそれぞれの標的に対する極めて厳しい条件の設定が必要であり、高い測定誤差を一元的に解決する系までは到達していない。これからの遺伝子研究で必要なのは、配列の中の見たいところだけを見ることができる手法であり、同時に時間短縮・省力化・高信頼性が期待されている。また、安定したデータを得るために解析の装置化が重要課題であり、メチレーション解析においてはデータの定量性も課題になる。本研究では、有機合成化学、光化学、分子生物学の手法を有効に活用して、これら諸問題を解決するための新発想の方法を提案することを目指した。今年度は、がん遺伝子研究に役立つプローブセットを開発することを検討した。まずは、がん関連遺伝子群に対しても十分にプローブが機能することを確認するため、がんとの相関が比較的明らかになっているシトシンメチレーション部位に対して検討を行った。具体的には、がんに関連する遺伝子群の中からp53遺伝子やRb1遺伝子、BRCA1遺伝子やMSH2遺伝子などのがん抑制遺伝子を第1のターゲットとして設定し、それらの解析にフィットした解析プローブの作成と測定条件の最適化の検討を行った。特に、メチレーション解析では反応条件の最適化がまだ不十分であったので、反応の性質、例えば、反応時間、反応温度、反応の配列依存性などを、もう一度再構成し、各シトシン塩基でのメチレーションの状態について定量的に解析できるように試みた。加えて、キット化に向けて、アッセイの結果を速やかに解析するための手法の開発も必要であり、同時多項目解析を可能とする解析系の作製の検討も行った。
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