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2008 年度 実績報告書

網羅的エピゲノムデータのモチーフ解析によるmiRNAの転写制御への関与の検討

研究課題

研究課題/領域番号 20016002
研究機関群馬大学

研究代表者

畑田 出穂  群馬大学, 生体調節研究所, 准教授 (50212147)

研究分担者 堀居 拓郎  群馬大学, 生体調節研究所, 助教 (00361387)
中井 謙太  東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
キーワードエピジェネティクス / マイクロアレイ / DNAメチル / miRNA
研究概要

<研究の目的と進め方>
我々はこれまでマイクロアレイを用いたDNAメチル化の網羅的解析法であるMIAMI法を用いて肺癌と正常肺との比較し、癌で脱メチル化されている配列の近傍においてtgctgggaという配列が有意に多く、しかもこの配列はmicroRNA(miRNA)のひとつであるmiR-610の3'側に末端の配列と一致していることをみいだした。ところで哺乳類でRNAinterference(RNAi)機構と転写の関係はあまりわかっていないが、最近、プロモーター配列に対する21merの2重鎖RNA(dsRNA)を導入することにより転写活性化がおこるdsrnA-inducedgene activation(RNAa)という現象が報告されている。そこで我々はmiR-610がin vivoにおけるRNAaに関与する転写制御miRNAではないかと考え、機能の検証をおこなう。さらにMIAMI法による解析の対象を癌以外にも広げてデータベース化し、同様のモチーフ解析、機能の検証を進め、見つかってきた転写制御miRNAの共通性を探る。
<2008年度の成果>
転写制御候補miRNAの機能解析
転写制御候補のmiRNAであるmiR-6610を対応する8塩基のモチーフを転写調節領域にもつレポータープラスミド(あるいはモチーフに変異を導入したレポータープラスミド)と同時に細胞にトランスフェクションし、転写活性を検討した。8塩基のモチーフ含む転写調節領域としては肺癌で脱メチル化されている遺伝子であるASB18を用い293細胞にトランスフェクションした。その結果、予想に反しまったく転写の活性化はみられなかった。またレポーターのDNAメチル化に関してもCOBRA法で検討をおこなったが、まったくメチル化の変化はみられなかった。そこで今度は内在性の遺伝子に対する影響をマイクロアレイによる発現解析によりおこなった。そして発現の活性化のみられた遺伝子の上流に8塩基のモチーフが多いかどうかの検討をおこなった。その結果、8塩基のモチーフは発現上昇している遺伝子に若干多く見られたが統計的に有意というほどではなかった。
MIAMI法によるDNAメチル化の変化する配列のデータ収集
脂肪の分化のモデル系である3T3-L1細胞の分化誘導をはじめ、様々な系でMIAMI法を用いて網羅的DNAメチル化解析をおこなった。その結果、例えば3T3-L1細胞の分化においてはArhgef19遺伝子の脱メチル化が重要な役割をなしていることなどがわかった。また高脂肪食における肥満マウスモデルにおいても発現変化がみられ、生活習慣病におけるエピジェネティクに変化をする遺伝子として興味深く今後の展開が期待される。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Dicer is required for maintaining adult pancreas2009

    • 著者名/発表者名
      Morita S, Hara A, Kojima I, Horii T, .Kimura M, Kitamura T, Ochiya T, Nakanishi K, Matoba R, Matsubara K, Hatada I
    • 雑誌名

      PLoS ONE 4

      ページ: e4212

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Astrocyte-specific genes are generally demethylated in neural precursor cells prior to astrocytic differentiation2008

    • 著者名/発表者名
      Hatada I, Namihira M, Morita S, Kimura M, Horii T, Nakashima K
    • 雑誌名

      PLoS ONE 3

      ページ: e3189

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A comparative analysis of the transcriptome and signal pathways in hepatic differentiation of human adipose mesenchymal stem cells2008

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Y, Banas A, Murata S, Ishikawa M, Lim CR, Teratani T, Hatada I, MatsubaraK, K ato T, Ochiva T
    • 雑誌名

      FEBS J 275

      ページ: 1260-1273

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mecp-2 dependent repression of an imprinted miR-184 released by depolarization2008

    • 著者名/発表者名
      Nomura T, Kimura M, Horii T, Morita S, Soejima H, Kudo S & Hatada I
    • 雑誌名

      Hum Mol Genet 28

      ページ: 1192-1199

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Loss of Genomic Imprinting in Mouse Parthenogenetic Embryonic Stem Cells2008

    • 著者名/発表者名
      Horii T, Kimura M, Morita S, Nagao Y & Hatada I
    • 雑誌名

      Stem cells 26

      ページ: 79-88

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Geome-wide demethylation during neural differentiation of P19 embryonal carcinoma cells2008

    • 著者名/発表者名
      Hatada I,Morita S, Kimura M, Horii T, Yamashita R & Nakai K
    • 雑誌名

      J Hum Genet 53

      ページ: 185-191

    • 査読あり
  • [学会発表] Profiling and characterization of DNA methylation targets2009

    • 著者名/発表者名
      Hatada I
    • 学会等名
      JapanDenmark Joint Workshop on "Molecular Cancer Research"
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      20090119-10
  • [学会発表] Profiling of DNA methylation targets2008

    • 著者名/発表者名
      Hatada I
    • 学会等名
      Decoding Epigenetic Code
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      20081215-16
  • [図書] Genomic-wide DNA Methylation Profiling Methods From RLGS to MIAMI In Progress in DNA Methylation Research2008

    • 著者名/発表者名
      Hatada I
    • 総ページ数
      256
    • 出版者
      Nova Publishes

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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