|
転写因子のターゲット予測については、DNAの構造や物性をとおして配列を認識する間接認識について詳しい解析を行った。これまで、DNAの配列に依存したコンフォメーションエネルギーを、調和近似による平均場ポテンシャルから求めていたが、コンフォメーションパラメータの分布そのものの情報から直接に計算する方法を開発した(清水謙多郎研究室との共同研究)。これを用いて、間接認識の特異性を評価したところ、従来の方法よりも高い特異性が得られた。間接認識は、ヌクレオソームのポジショニングにも重要と思われる。そこで、平均場ポテンシャルを用いてヌクレオソーム複合体構造の配列と構造のスレッディングを行い、エネルギーを計算した。その結果、ヌクレオソーム配列は複合体構造に特異性を示し、また、塩基ステップに対するエネルギーはDNAのピッチで周期的に変動することがわかった。現在、これらの結果を用いて、ヌクレオソームのポジショニングの予測を行っている。また、転写制御ネットワークを解析するため、実験的によく調べられている酵母ゲノムの転写系について、ターゲット遺伝子のプロモータ上に結合する転写因子のコンテクストを解析し、その組成、転写因子間の順序や距離などの情報をもとにクラスタリングを行い機能との相関を調べた。
一方、これらの研究の基盤となる蛋白質・核酸相互作用熱力学データベース、蛋白質・核酸複合体構造データベース、ストラクチュロームにおける分子相互作用ネットワークのデータベース/ツール、PDBnet、転写制御ポータルサイトなどの開発・改良を行った。
|
