シンビオジェネシスの基礎となるプロモーター獲得原理の解明

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20017015
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 小保方 潤一 名古屋大学, 遺伝子実験施設, 招へい教員 (50185667)
• 研究分担者: 山本 義治 岐阜大学, 応用生物科学部, 准教授 (50301784)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• キーワード: シンビオジェネシス / プロモーター獲得 / クロマチンリモデリング / エピゲノム / H2A.Z / H3K4me3 / 植物ゲノム / ChIP-on-chip解析

研究概要

生物進化の過程では、しばしば、外来遺伝子が宿主の核ゲノムに取り込まれ、そこで新たなプロモーターを獲得して宿主の遺伝子制御系に組み込まれる。この現象の分子機構を、形質転換植物によるモデル実験系で解析した。その結果、新規プロモーターの獲得・出現過程には、「コード領域の5'末端近傍でクロマチンのリモデリングが誘導される」という核ゲノムのもつエピジェネティックな性質が関与していることが示唆された。

研究成果

• [雑誌論文] 高等植物におけるpol-II依存性プロモーター (2010)
  • 著者名/発表者名: 山本義治
  • 雑誌名: 横浜市立大学論叢 60 ページ: 133-142
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of photosynhetic sacoglossans from Japan. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto YY, Yusa Y, Yamamoto S. Hirano Y, Hirano Y, Motomura T, Tanemura T, Obokata J.
  • 雑誌名: Endocytobiosis Cell Res 19 ページ: 112-119
  • 査読あり
• [雑誌論文] Live imaging of chloroplast FtsZ1 filaments, rings, spirals, and motile dot structures in the AtMinE1 mutant and overexpressor of Arabidopsis thaliana. (2009)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara M, Sekine K, Yamamoto YY, Abe T, Sato N, Itoh R.
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol 50 ページ: 1116-1126
  • 査読あり
• [雑誌論文] Heterogeneity of Arabidopsis core promoters revealed by high density TSS analysis. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto YY, Yoshitsugu T, Sakurai T, Seki M, Shinozaki K, Obokata J.
  • 雑誌名: Plant J 60 ページ: 350-362
  • 査読あり
• [雑誌論文] Two RNA editing sites with cis-acting elements of moderate sequence identity are recognized by an identical site-recognition protein in tobacco chloroplasts. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi Y, Matsuo M, Sakamoto K, Wakasugi T, Yamada K, Obokata J.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 36 ページ: 311-318
  • 査読あり
• [雑誌論文] ppdb: a plant promoter database. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto YY, Obokata J.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 36 ページ: D977-981
• [雑誌論文] Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches. (2008)
  • 著者名/発表者名: Takabayashi A, Ishikawa N, Obayashi T, Ishida S, Obokata J, Endo T, Sato F.
  • 雑誌名: Plant J 57 ページ: 207-219
  • 査読あり
• [雑誌論文] Widespread translational inhibition by plant miRNAs and siRNAs. (2008)
  • 著者名/発表者名: Brodersen P, Sakvarelidze-Achard L, Bruun-Rasmussen M, Dunoyer P, Yamamoto YY, Sieburth L, Voinnet O.
  • 雑誌名: Science 320 ページ: 1185-1190
  • 査読あり
• [雑誌論文] LET-dependent effects of heavy-ion beam irradiation in Arabidopsis thaliana. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kazama Y, Saito H, Yamamoto YY, Hayashi Y, Ichida H, Ryuto H, Fukunishi N, Abe T.
  • 雑誌名: Plant Biotech 25 ページ: 113-117
  • 査読あり
• [雑誌論文] タバコ形質転換法 (2008)
  • 著者名/発表者名: 長尾一生、山本義治、小保方潤一
  • 雑誌名: 北海道大学低温科学研究所・日本光合成研究会、光合成研究法、低温科学 67 ページ: 617-621
  • 査読あり
• [雑誌論文] タバコ (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本義治、小保方潤一
  • 雑誌名: 北海道大学低温科学研究所・日本光合成研究会、光合成研究法、低温科学 67 ページ: 39-41
  • 査読あり
• [雑誌論文] 光合成をするウミウシ
  • 著者名/発表者名: 山本義治、種村尚典、遊佐陽一、平野弥生、平野義明、本村泰三、小保方潤一
  • 雑誌名: うみうし通信 60 ページ: 10-11
• [学会発表] 植物核に挿入されたコード領域はヌクレオソームと転写単位の再編成を引き起こす (2010)
  • 著者名/発表者名: 工藤久幸、松尾充啓、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
  • 学会等名: 第51回植物生理学会年会
  • 発表場所: 熊本大学
  • 年月日: 2010-03-18
• [学会発表] コアプロモーターと遺伝子の構造や機能との関係 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山本義治、小保方潤一
  • 学会等名: 第50回日本植物生理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 20090321-20090324
• [学会発表] Pol IIの転写開始位置の決定に関わるコード領域の役割 (2009)
  • 著者名/発表者名: 工藤久幸、山本義治、中邨真之、小保方潤一
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-12
• [学会発表] 植物プロモーター工場 (2009)
  • 著者名/発表者名: 吉岡洋平、Naznin Hushna Ara、百町満朗、小林安文、小山博之、小林佑理子、井内聖、小林正智、坂井優作、山本義治
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-12
• [学会発表] 植物ゲノムの流動性とプロモーターのダイナミズム-オルガネラから核への遺伝子移動はどのように生じるのか? (2009)
  • 著者名/発表者名: 小保方潤一
  • 学会等名: 2009年度日本植物学会近畿支部会・藻類談話会合同大会
  • 発表場所: 神戸大学
  • 年月日: 2009-11-14
• [学会発表] マイクロアレイデータを用いたシス配列予測 (2009)
  • 著者名/発表者名: 吉岡洋平、Naznin Hushna Ara、百町満朗、小林安文、小山博之、小林佑理子、井内聖、小林正智、山本義治
  • 学会等名: 日本植物病理学会関西支部会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2009-10-18
• [学会発表] Analysis of cis-regulatory elements in the promoters of genes related with disease resistance. (2009)
  • 著者名/発表者名: Naznin Hushna Ara, Yohei Yoshioka, Mitsuro Hyakumachi, Yoshiharu Y. Yamamoto.
  • 学会等名: 日本植物病理学会関西支部会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2009-10-17
• [学会発表] シロイヌナズナの全身的抵抗性誘導に関するマイクロアレイデータの比較解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 吉岡洋平、Naznin Hushna Ara、山本義治、百町満朗
  • 学会等名: 日本植物病理学会関西支部会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2009-10-17
• [学会発表] 植物プロモーターデータベースppdbの構築 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山本義治、佐藤直樹、小保方潤一
  • 学会等名: 日本育種学会秋季大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2009-09-26
• [学会発表] シロイヌナズナ葉緑体ゲノム由来の核DNA (nupDNA)のプロモーター獲得について (2009)
  • 著者名/発表者名: 山本義治、松尾充啓、小保方潤一
  • 学会等名: 日本遺伝学会年会
  • 発表場所: 松本
  • 年月日: 2009-09-16
• [学会発表] クラミドモナスにおけるオルガネラ間相互作用の解析ー単細胞藻類だからみえること (2009)
  • 著者名/発表者名: 松尾充啓、福澤秀哉、田畑哲之、小保方潤一
  • 学会等名: 第7回クラミドモナスワークショップ
  • 発表場所: 名古屋大学野依学術交流館
  • 年月日: 2009-03-26
• [学会発表] 葉緑体から核への遺伝子移動はどのように生じるのか? (2009)
  • 著者名/発表者名: 小保方潤一
  • 学会等名: 第4回「光計測技術と生物発光リアルタイム測定システムの応用」研究会
  • 発表場所: 名大・野依学術交流館
  • 年月日: 2009-03-06
• [学会発表] ppdb 2. 0:植物プロモーターデータベース (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本義治、小保方潤一
  • 学会等名: BMB2008(第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド神戸
  • 年月日: 20081209-20081212
• [学会発表] コード領域の上流近傍における転写開始位置の決定機構 (2008)
  • 著者名/発表者名: 工藤久幸、山本義治、中邨真之、大谷将人、長谷川桂子、小保方潤一
  • 学会等名: BMB2008(第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会)
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 20081209-20081212
• [学会発表] Promoter prediction from genome sequence (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto YY, Oboakta J.
  • 学会等名: The 55th NIBB Conference & Arabidopsis Workshop 2008 "Frontier of Plant Science in the 21st Century
  • 発表場所: Okazaki Conference Center, Okazaki
  • 年月日: 20080913-20080915
• [学会発表] 高等植物におけるコアプロモーターと遺伝子機能・構造の関係 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本義治、小保方潤一
  • 学会等名: 日本遺伝学会第80回大会
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 20080903-20080905
• [学会発表] プロモーター下流の転写領域による転写開始位置制御機構 (2008)
  • 著者名/発表者名: 工藤久幸、山本義治、中邨真之、大谷将人、長谷川桂子、小保方潤一
  • 学会等名: 日本遺伝学会第80回大会
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 20080903-20080905
• [学会発表] 『盗葉緑体』によって光合成を行う嚢舌目ウミウシの検索 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本義治、種村尚典、遊佐陽一、平野弥生、平野義昭、本村泰三、小保方潤一
  • 学会等名: 第8回日本光合成研究会
  • 発表場所: 野依記念学術交流館、名古屋大学
  • 年月日: 20080530-20080531
• [学会発表] 光合成シグナルと呼吸シグナルによる光合成装置の相補的な形成制御 (2008)
  • 著者名/発表者名: 松尾充啓、小保方潤一
  • 学会等名: 第8回日本光合成研究会
  • 発表場所: 名大・野依記念
  • 年月日: 20080530-20080531
• [学会発表] 包括的ゲノム解析が明らかにする植物ゲノムの流動性とプロモーターのダイナミズム (2008)
  • 著者名/発表者名: 小保方潤一
  • 学会等名: 第8回名古屋大学遺伝子実験施設公開セミナー「新たなDNA解析:次世代DNA解析のすべてとDNA解析の新分野への展開」
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2008-12-16
• [図書] Extraction of position-sensitive promoter constituents In Computational biology(new research, Russe AS) (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto YY, bokata J.
  • 総ページ数: 441
  • 出版者: Hauppauge, Nova Science Publishers
• [図書] ベーシックマスターシリーズ細胞生物学第1章細胞の誕生 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小保方潤一
  • 総ページ数: 327
  • 出版者: オーム社
• [図書] 遺伝子が「一生を過ごす」場としてのゲノム(生る-生命誌年刊号, vol 53-56) (2008)
  • 著者名/発表者名: 小保方潤一
  • 総ページ数: 206
  • 出版者: JT姓名誌研究館
• [図書] Machinery of RNA editing in plant organelles.(ed. by Harold C. Smith, Frontiers of RNA and DNA Editing) (2008)
  • 著者名/発表者名: Shikanai, T., Obokata, J.
  • 総ページ数: 426
  • 出版者: Wiley Press
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.gene.nagoya-u.ac.jp/~obokata-g/Site/Top.html
• [備考]
  • URL: http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp/cgi-bin/index.cgi