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2008 年度 実績報告書

エックス線1分子計測によるイオンチャネル開閉ダイナミクスの解析

研究課題

研究課題/領域番号 20050010
研究機関福井大学

研究代表者

清水 啓史  福井大学, 医学部, 助教 (50324158)

キーワードイオンチャネル / 1分子計測 / 構造変化 / 放射光
研究概要

カリウムイオンチャネルの動的構造変化の全体像を解明するため、X線1分子計測法を改良して発展させること、蛍光によるカリウムチャネルの構造変化観測系を確立すること、およびX線1分子計測法で得られた画像データの解析プログラムの作製に取り組んだ。
X線1分子計測法では従来1秒間に30枚の画像を取得していた(30フレーム/秒)。しかしこの速度はイオンチャネルの構造変化の全体像を明らかにするには遅すぎることが観測データから示唆された。本年度は、観測システムを刷新し、微弱な信号を高速で観測できる観測システムの構築に成功した。観測速度は1秒間に5000枚の画像を取得できる速さである(5000フレーム/秒)。この観測速度はイオンチャネルの1分子電流計測のデータ取得速度と同等であり、動態と機能の関連を調べる点において大変有意義である。また、蛍光による構造変化観測については、蛍光プローブのチャネルへの導入位置と蛍光プローブの組み合わせを検討することにより、開閉構造変化を蛍光エネルギー移動(FRET)を用いて検出できる観測系を構築することに成功した。画像解析プログラムについては、従来法である30フレーム/秒の観測速度で得られた画像データを用いて、信号(回折スポット)とバックグラウンドノイズを区別できるアルゴリズムの開発に成功した。しかし、30フレーム/秒の観測速度ではスポットの形状や輝度が画像ごとに大きく変動するため、画像間での回折スポットの追跡は非常に困難であった。現在は5000フレーム/秒の高い時間分解能の画像を用いて追跡アルゴリズムを開発中である。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (6件)

  • [雑誌論文] Topological mapping of the asymmetric drug binding to the human ether-a-go-go-related gene product (HERG) potassium channel by use of tandem dimers2008

    • 著者名/発表者名
      Toshihiko Myokai, Sunghi Ryu, Hirofumi Shimizu, Shigetoshi Oiki
    • 雑誌名

      Molecular Pharmacology 73

      ページ: 1645-41

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Kチャネルのイオン透過機構 : 新しい流動電位測定法により明らかになったイオン-水流束比2008

    • 著者名/発表者名
      老木成稔, 安藤博之, 久野みゆき, 清水啓史, 岩本真幸
    • 雑誌名

      生物物理 48

      ページ: 246-252

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Twisting Conformational Changes of Single KcsA Potassium Channel upon Gating using Diffracted X-ray Tracking2008

    • 著者名/発表者名
      Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto, Yuji C. Sgsaki, and Shigetoshi Oiki
    • 雑誌名

      Research Frontiers 2007

      ページ: 42-43

  • [学会発表] KcsAカリウムイオンチャネル開閉ねじれ運動のX線1分子計測2009

    • 著者名/発表者名
      清水啓史、老木成稔
    • 学会等名
      表面・界面を観る非線形分光の新しい展開
    • 発表場所
      和光
    • 年月日
      2009-03-23
  • [学会発表] KcsAカリウムチャネルの開閉に伴うねじれ構造変化の1分子動画計測2008

    • 著者名/発表者名
      清水啓史、岩本真幸、今野卓、二瓶亜三子、佐々木裕次、老木成稔
    • 学会等名
      日本生化学会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20081209-12
  • [学会発表] Global Twisting Motion of Single Molecular KcsA Potassium Channel Upon Gating2008

    • 著者名/発表者名
      Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto, Amiko Nihei, Takashi Konno, Yuji C. Sasaki, Shigetoshi Oiki
    • 学会等名
      New Approaches to Complexity of Protein Dynamics by Single Molecule Measurements Experiments and Theories
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      20081207-09
  • [学会発表] Visualization of conformational changes of single molecular KcsA potassium channels revealed global twisting motions upon gating2008

    • 著者名/発表者名
      Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto, Amiko Nihei, Takashi Konno, Yuji, C. Sasaki, Shigetoshi Oiki
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] KcsAカリウムイオンチャネルの構造ダイナミクス2008

    • 著者名/発表者名
      清水啓史
    • 学会等名
      分子高次系機能解明のための分子科学ミニ公開シンポジウム
    • 発表場所
      福井
    • 年月日
      20080708-09
  • [学会発表] イオンチャネル開閉ねじれ運動の1分子動画計測2008

    • 著者名/発表者名
      清水啓史
    • 学会等名
      ナノバイオテクノロジー研究会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2008-06-19

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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